Linux:Zorin OS Lite(?)

2014-05-04 :  Linux系
Linux系の記事は、昨年(2013-06-12)の、
QtiPlot:関数 Fittingツール
以来、ほぼ1年振り。


“USBブートの Live Linux をハードディスクインストールしたいのだが、・・・”
なる質問を受けた。

OSは何?・・・Ubuntu(?)かな

Webブラウザは?・・・「midori」???


どこから手に入れたのか???

【XPパソコンの買い替え前に】なるサイトの、
サポート終了のWindowsXPパソコンを有効活用しませんか?
だそうナ。

このページには、
  2014年4月9日にWindowsXPのサポートが終了しました。
  サポート終了後のWindowsXPを今までどおり使い続けることは大変危険です。

  WindowsXPのサポート終了対策として、一般的なのは以下の方法です。

  ・・・・・
  ・・・・・

  オンラインショッピングや動画視聴、DVDを観るくらいの
  ライトな用途なら最新パソコンなんて不要です。

  当サイトでは、Windowsユーザーでも扱いやすく、軽快で、しかも無料の
  「Zorin OS Lite」というLinuxディストリビューションをご紹介しています。

  ・・・・・

などとある。


面白い。
一寸、「Zorin」で検索してみた。

Zorin 8 のインストール
と云うページも見つかる。

本家は、
Zorin OS - Home
ですね。

「Get it」メニューには、
「Free」「Premium」の2版があり、
それぞれに、「Zorin OS 8」「Zorin OS 6(LTS)」がある。

そして、「Free」→「Zorin OS 8」には、
「Core」「Educational」「Lite」「Gaming」の版がある。
他のものも、それぞれ幾つかの版がある。

で、注意書があって、
ダウンロードするには、「Google Chrome」か「Firefox」で!
また、フル機能を使うにはHDDにインストールを!
(Liveモードでは、一部の機能は不安定になる)

「Core」「Educational」「Gaming」には、32ビット版/64ビット版両方あるが、
「Lite」版は、32ビット版のみ。
  Zorin OS 8 Lite is the streamlined version of Zorin OS
  for old and low-spec computers.
と云うこと。


また、
「Joichi のブログ / ジョウイチのブログ / Joichi-Blog / Joichi's Blog」の
Zorin OS をインストールしてみました
  Zorin OS を Virtual Box にインストールしてみました。

には、

  インストールした結果
  ・ある程度 Linux について知識がないと、
    追加の日本語関係のファイルをインストールできないと思われました。
    リポジトリを変更しないと、
    追加の日本語関係のファイルは、インストールできませんでした。
  ・Ubuntu 12.04 LXDE に比べると、反応 (リスポンス) がワンテンポとか
    ツウーテンポ程遅いという感じかしました。
    アドバンテージで、Windows 7 よりも格段に速いとなっていますが、
    これに関しては疑問の余地があるという感じでした。
  ・快適に使うために、メモリーは、1GB 以上必要と思われました。
  ・デスクトップは、Windows XP や 7 にちょっと似たところがありますが、
    Windows XP や 7 と同様にカスタマイズできませんでした。
  ・標準で Wine やファイヤーウォール関係のソフトが
    インストールされていました。
  ・Windows のアプリケーションが、
    インストールしやすいような設定になっていました。
  ・確認はしませんでしたが、Windows と同様に共有化できるという感じでした。
    サンバのクライアントファイルがインストールされていました。
  ・アプリケーションのメニューアイテムを
    日本語表示にすることが出来ませんでした。


さらに、
「PCパーツまとめ」の 2014/03/27(木)09:44:59 記事:
Windows風ディストリ「 Zorin OS 8」正式版が公開!
には、
  「Zorin OS」は、Windowsユーザーが違和感なくLinuxに移行
  できるよう開発されたディストリビューションだ。
  Windows 7のユーザーインタフェースを意識した作りになっており、
  「スタートメニュー」を模したランチャー「Zorin Menu」を用意している

  1月27日に登場したZorin OS 8は、
  Ubuntu 13.10をベースにWindowsユーザー向けのソフトを追加した構成。
  標準でWindows互換環境の「Wine」をインストール済みで、
  Wineのフロントエンドツール「PlayOnLinux」も組み込んでいる。

とあった。


ひとつ入れてみよう。
で、どれを選ぶか???


「Windowsはもういらない」の、2014年01月30日 の記事:
WindowsからUbuntuへの乗換えるならZorin OS
には、
  以前、Windows 8が発表された時に書いた記事がありますので、
  もう一度紹介させてください。
  すっかり、Zorin OSのことを忘れていましたが、PlayOnLinuxを検索していて、
  たまたまZorin OSのことがヒットして、思い出すことができました。
  というのも、MS Windowsのアプリケーションを動作させるための
  PlayOnLinuxが最初から同梱されていることを改めて気づきました。
  ・・・・・
  Zorin OS 8とZorin OS 6(LTS)がありますが、よほど新しいものが
  好きでない限り、 Zorin OS 6(LTS)の方をおすすめします。
  Zorin OS 6(LTS)はubuntu 12.04 の軽量化リパッケージ版だと
  考えられるので、2017年4月までとサポート期間が長いことが、その理由です。
とある。


また、本家のサイトには、
  Zorin OS 6.4 Core is the standard desktop version of Zorin OS.
とある。

結論:
「Zorin OS 6」→「Core」→「64 bit」
かな?
これは、「.iso」イメージ・ファイルで、1.5GB ある?

で、
  ダウンロードは「Firefox」にしてや。
との“注意書”がある!


本日はここまで。
です。



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140223
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QtiPlot:関数 Fittingツール

2013-06-12 :  Linux系
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さて、本文。

昨年「OpenFOAM v2.1.1 入れてみた
  Linux Mint 13(Maya) は即ち、Ubuntu 12.04(precise)
と書いた、その日(2012-12-21) に、
本家(?)の「Ubuntu 12.04」x64 をダウンロードし、
これも又、VM マシンで、インストールしていた。


前回記事「関数 Fittingツール 2題(2)
のLinux マシンは、
「CAELinux2011」即ち「Ubuntu 10.04」なので、(若干古い)

久しぶりに、「Ubuntu 12.04 x64」を立ち上げてみた。

そこで、「Ubuntu Software Center」で、
「関数 Fittingツール」を漁っていた。

「LabPlot」は、10.04 のみの対応なので、無し。

代わりに(?)「QtiPlot」が見つかった。

「Kubuntuにっき(仮)」なるブログに、
QtiPlotで実験データを解析して、関数でFittingしてみる
と云う記事がある。

また、Wikipedia では、
QtiPlot
  QtiPlot is a platform-independent cross-platform computer program
   for interactive scientific graphing and data analysis.
  It is similar to the proprietary programs Origin or SigmaPlot,
   and is being used to substitute these in universities.
つまり、
  プラットフォーム独立/クロスプラットフォームで、
   対話型の、科学系 グラフ作成・データ解析プログラム。
  商用製品「Origin」「SigmaPlot」に似ており、
   大学では、それら製品の代替品として使われている。
と云うこと?


早速、
「Ubuntu 12.04 x64」にインストール。
と云っても、
「Ubuntu Software Center」なら、
クリックしていくだけ。

すると、左(これって、メニュー欄?)に登録される。

実行も、そのアイコン(?)をクリックするだけ。

QtiPlot.png

これは、・・・・・

少々、弄ったり、Web検索したり


もう少し、勉強してみます。



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関数 Fittingツール 2題(2)

2013-06-09 :  Linux系
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さて、本文。

前回記事「関数フィッティングツール 2題
の続きから、・・・

「Fityk」フリー版の V0.9.8 をダウンロードし、
(VMマシンの)MS-Win XP にインストールして、
若干、動かしてみた。

でも、何かの操作をすると、「突然死」する。
これじゃ、使い物に成らない!!!

やはり、最新版(有償モノ) V1.2.1 じゃ無いとダメ???

そうそう、このフリー版は、「Ubuntu Software Center」に有りますね。


さて、ここからが今回の記事本文(?)

今回は、共に、Linux 用のモノ。


1つ目は、「xcrvfit - curve fitting tool
  A graphical X-windows program for binding curve studies
   and NMR spectroscopic analysis.

これは、「MacOSX」と「Linux」にのみ対応。

それで、(VMの)「CAELinux2011」で、
 「Linux x86_64 (11 MB) - Intel x86 64 bit」
をダウンロード。(V5.0.3)

展開(解凍)するだけで、実行出来る。

しかも、
アイコンがあるので、それをダブルクリックするだけ。


適当に「Data File」を作り、
「Fit Function」を実行。

小さなデータだからでしょうが、
即時にグラフが表示される。

xcrvfit.png


フィッティングする関数は、表示選択方式なので、
(逆に云えば、それだけしか出来ないが)

或る意味、使いやすい。



2つ目は、
LabPlot
   LabPlot is a free software data analysis and visualization application
  built on the KDE Platform.
   It integrates well into a KDE workspace
  but can just as well be used in another desktop environment.

   LabPlot allows you to import Origin data files
  and export plots to many different formats.

なんか、「Origin」に対抗しているような???


これは、同じく「CAELinux2011」です。

「Ubuntu Software Center」で調べてみたら、
ありました。
しかも、既にインストール済み!!!
(V1.6.0 が)

早速、動かしてみた。
メニューの「Science」の中にある。

起動時に、
 「KDE のプロセス間通信でエラー発生」
 「dcopserves が動いているかチェックせよ」
とかと、出るが、
かまわず先に進めると、動いた。


こちらも、適当に「Spreadsheet」を作り、
(「Spreadsheet」メニューの)「Plot 2D」をして、
「Analysis」メニューの「Nonlinear Fit」をやってみた。

LabPlot.png


変数(求める係数)が9ヶまで出来る。

指数関数4つまで!!!
  「 y = a*exp(b*x) + c*exp(d*x) + e*exp(f*x) + g*exp(h*x) + i 」
こんな式までできる。



この「LabPlot」は使えそう。

もう少し、勉強してみます。



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Gerris:フリー CFD ツール

2013-06-06 :  Linux系
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さて、本文。

前回記事「OpenFOAM:改造(2)
もそうですが、

CFDツールは、もっぱら、
VM仮想マシンながら、「CAELinux2011」で、「OpenFOAM」です。

他の、フリーソフトで何か無いか?

探していて、
Gerris Flow Solver
を見つけた。

  Gerris is a Free Software program for the solution of
   the partial differential equations describing fluid flow.
つまり(?)
  Gerris は、流体の流れを記述する偏微分方程式を解く
  フリー ソフトウェア プログラムです。
と云うことか?

Have a look at the Introduction for more information.
から、
Installation summary

  Ubuntu/Debian systems
  Installing Gerris using the debian snapshot release is easy.
へ行き、

 1.Get the key:
   wget http://gerris.dalembert.upmc.fr/debian/popinet_key.asc
   sudo apt-key add popinet_key.asc

 2.・・・ append the following lines to /etc/apt/sources.list
は、
  Ubuntu 10.04 ('lucid lynx')
なので、
sudo vi で、
   deb http://download.opensuse.org/re・・・
行を追加。

 3.For Ubuntu distributions you will also need ・・・・・

は、よく分からないので、パス(で良いのかな?)

 4.Update APT and install the packages:
  sudo apt-get update
  sudo apt-get install {gerris,gfsview}-snapshot
は、実行。


ここまでで、

  「gerris2D -V」

は動いた(様に見えた)



早速、CAELinux2011 との共有フォルダに、

「/Gerris/tuto」フォルダを作り、

The Gerris Tutorial
の「2 A simple simulation file」にある、
「vorticity」
をやってみようと、・・・・・

そこにある、6行の「vorticity.gfs」ファイルを作り、(コピー&ペースト)

「gerris2D vorticity.gfs」
としたが、
「シミュレーション・ファイルじゃない」とエラー!!!

「.gfs」がシミュレーション・ファイルのハズ???



あれこれ思案したが、
「Ubuntu Software Center」ではどうなのか???
検索窓に「Gerris」と打ち込むと、
なんと、見つかるではないか!

こちらで、インストールにチェックを入れて
進めると、
最初の分がアンインストールされて、新たにインストールされた。


そうしたら、
「gerris2D vorticity.gfs」
で、進んだ?


でも、問題が残っていた。

それは、
テキストファイルの行末の問題。

そう、MS-Win でテキストファイルを作ったから。

キチンとLinux流儀に合っていなかった。

エディタで直して、
「Gerris」がキチンと動いた。


OpenFOAM と違って、僅か6行だけ記述したファイル1つで、

シミュレーションが出来る。


これは、面白い。


それから、結果の画像は、「.ppm」???
これを見るためには???
ImageMagick」を使う(?)


「CAELinux2011」には「ImageMagick」が入っていた。

「Display」コマンドだった。


ホストだと、「XnView」で行ける。



もう少し、勉強してみようか。



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VMware:ユニティ

2013-03-28 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
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更に下がって遂に三冠!!!  ポイントも、3桁がアブナイ!!!
ところで、今月末日は「カテゴリマイスターの日」では無いの???
・-・ - -・

さて、本文。

今月、2回続けて、
OpenFOAM:MS-Windows版
OpenFOAM:MS-Windows版 もう一つ
と、OpenFOAM のWindows移植版について書いた。

少し動かして見たが、・・・・・

「動作しない」ものがある。
例えば、「magnetFoam」がメッシュの作り方によって、無反応になる。

(<紙>にとって)非常に重宝する「pyFoamPlotRunner.py」が無く、
また、「foamJob」も無さそう?

そして、ソルバーの自作が出来ない。
(自作しても)クロスコンパイラ出来ない。
(コンパイルの仕方が分からない)

ただ、CPUの数が多い場合は、有効かも?

<紙>の様に、VMwarePlayer だと、ホストがなんであっても、
CPU数の上限が4つに制限される。
(VMware WorkStation なら、8つまで行けるが)


今の状況では、
やはり、(例えVMマシンであっても)本物の「Linux」で動かす方がイイな。


幸い、VMwarePlayer には、

1.「共有フォルダ」機能がある。

2.「ユニティ」モードがある。

この2つを活用すると、
Windows で動かしているのと見た目では区別が付かない!!!


「共有フォルダ」機能については、かなり古い記事だが、
VMwareのフォルダ共有機能を使うには
に解説がある。

    LinuxとWindowsの間でファイルをやりとりするには、
  SambaやFTP、rcpなどを使うのが一般的だ。
  しかし、VMware Workstation 4(編注)以上であれば、
  VMwareの共有フォルダ機能を使ったファイル共有が手軽だ。
  ここでは、Windows XPにインストールした
  VMware Workstation 4(以下VMware)の
  ゲストOSとしてLinuxをインストールした場合の方法を紹介する。

    ・・・・・
  ・・・・・・・


そして、

「ユニティ」モードについては、若干古い記事だが、
第8回 VMware Playerを使う(後)
に、詳しく書かれている。

    Windows 7のWindows XP Modeには、仮想マシン(ゲストOS)の上で動作
  しているアプリケーションのウィンドウだけをホストOSのデスクトップ上に
  表示させる、「仮想アプリケーション」と呼ばれる機能がある。
  仮想マシンのデスクトップ画面は表示されず、アプリケーションのウィンドウ
  だけが、ホストOSのデスクトップ上にシームレスに表示されるため、
  ローカルのアプリケーションを使っているのと同様の感覚で、
  仮想マシン上のアプリケーションを利用できる。

    VMware Playerではこの機能を「ユニティ・モード」と呼んでいる
  (unityには、統一とか調和、協調などの意味がある。
   ホスト側デスクトップとシームレスに統合されるモードという意味か)。
  Windows XP Modeの仮想アプリケーション・モードと違い、
  デスクトップが表示されている通常のモードとユニティ・モードは
  簡単に切り替えできる。Windows XP Modeの場合はいったんアプリケーションを
  終了してからモードの切り替えが行われるので、時間もかかるし、
  操作が面倒である。
  それに比べるとユニティ・モードでは、アプリケーションを起動したまま
  モードの切り替えが可能なので、簡単に利用できる。



そうだ。
Windows 移植版に拘らず、
あくまでもLinux版(<紙>の場合は、「CAELinux」だが)で行こう。


ホスト(Windowsマシン)のエクスプローラでケースフォルダを見、
Linuxでは、コンソールを使ってケースフォルダを見ている状況は、

VM_unity.png

ですね。

ディレクトリ「/mnt/hgfs/<指定した名前>」
が即ち、
ホストの指定したディレクトリに対応している。

上のキャプチャ画像の場合は、
ホストの「・・・/OpenFOAM」ディレクトリを指定して、
「OpenFOAM」と(Linux側での)<指定した名前>に成っている。

その中に、
「run/test-130327/UserCase」とディレクトリの階層がある。



おそまつでした。


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GeekoCFD:HDDにインストール

2013-03-14 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
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・-・ - -・

さて、本文。

GeekoCFD:ダウンロードはログイン後」でした。
「Google」のアカウントを使って。

それで、1時間55分掛けて、インストール版をダウンロードした。
「GeekoCFD.x86_64-4.0.0.preload.iso」で 3.17GB 。


先に、前回の
Live版用の仮想マシンは、
記念(?)に、「GeekoCFD-Live」として、そのままにした。
Live-DVD(のisoファイル)をマウントしたままで。

VM_GeekoCFD-Live.png


これで、(VMマシンを)リブートしなければ、結果が保存されている。



さて、折角ダウンロードしたので、

新たに、仮想マシンを組み立て、
インストールした。

VM_GeekoCFD.png



立ち上げると、

VM_GeekoCFD_LogIn.png



立ち上がると、

OSは、「OpenSUSE 12.2 64 bit」なので、

FileManeger は、「Dolphin」

ターミナルは、「Konsole」

ですね。

どちらも、初めてのモノです。


VM_GeekoCFD_Screen.png


OpenFOAM 2.1.x ながら、
初めてのOS「OpenSUSE」を触ってみる。


どうなることやら???


おそまつ。



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GeekoCFD:動かしてみた見た

2013-03-03 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
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・-・ - -・

さて、本文。

先日(2013-02-26)の「GeekoCFD:OpenSUSE+OpenFOAM」で、

早速ダウンロードして、動かしてみた。


GeekoCFD - SUSE Gallery」の、
「Download」の下の「Media」をクリックして開く中で、
1番目の「USB & disk image」をパスして、

「ISO image」
  Burn this ISO file to a DVD (or CD, if the space allows),
  and you'll be able to boot directly from the disc.
が良いと思って、
「GeekoCFD.x86_64-4.0.0.iso」(2.66GB)を100分(1時間40分)掛けてダウンロードした。

実は、これは Live-DVD で、HDDにインストールは出来ない?

HDDにインストールするのは、その下にある「Preload ISO」でした。

まあ、これはやってみて分かったことですが。


それで、ダウンロードが出来たので、

例によって、VMware Player で仮想マシンを組み立て(?)て、
「isoファイルを」マウントし、電源オン。

こんな様な画面ですね。

GeekoCFD_Live-1.png


正確には、
これは、VMマシンのサスペンド状態をレジュームした結果ですが。


isoファイルから立ち上げると、

こうなる。

GeekoCFD_Live-0.png


デフォルトで、先に進めると、
ユーザーは「geeko」のみ可。
なにか変更を加える時には、「root」ユーザーのパスワードを使う。


言語は、デフォルトでは「English(US)」。「日本語」も選べる。
タイムゾーンは、「ベルリン」で GMT+1( JST-8 )でした。

まあ、テストするのは十分だが、
(VMマシンなので、状態を保持出来るから)
でも、HDD(と云っても仮想HDDだけど)にインストールしたい。


まあ、「OpenFOAM 2.1.x」の確認にはなるし、
「OpenSUSE」の勉強にもなる。



改めて、インストール版をダウンロードしよう!!!

こちらは、「GeekoCFD.x86_64-4.0.0.preload.iso」で 3.17GB ダ。

頑張ります。


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GeekoCFD:OpenSUSE+OpenFOAM

2013-02-26 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
前回投稿後の、blogramのランクインカテゴリについて、
更に、ダウンしている。
現在は、
5、5、1、4、3 1、1、0、2、1(42)で、換算ポイント 123pt 。
もう、<紙>流マイスターの対象外ダ グスン。
・-・ - -・

さて、本文。

OpemFOAMに関して(Firefoxで)検索していたら、

GeekoCFD - SUSE Gallery
なるサイトを見つけた。

  GeekoCFD is a live distribution based on openSUSE - 64 bit,
  whose purpose is to provide easy and immediate access to
  open-source Computational Fluid Dynamics tools.
  It includes cantor, gmsh, grace, gsl, wxMaxima,
  Octave with an almost complete selection of octave-forge packages,
  OpenFOAM, Paraview, pyFoam, R. Additionally, gcc, DDD,
  Eclipse Helios with CDT, Emacs, git, kate, vim and
  a complete openSUSE KDE installation are provided,
  including Gimp, LibreOffice and Blender.

例によって、
「Nicetranslator」で、機械翻訳・・・

  GeekoCFD ベースの-その目的簡単かつ即時にアクセスするオープン ソースの
  流体解析ツールには、64 ビットのライブ配信です。
  含まれていますカントール、gmsh、恵み、糖脂質、wxMaxima、
  オクターブ、オクターブ フォージ パッケージ
  openfoam をベース 、Paraview、pyFoam、r. また、gcc、DDD、
  日食ヘリオス CDT、Emacs、git、ケイト、vim、
  penSUSE の完全な KDE インストールのほぼ完全な選択を提供されて
  Gimp、LibreOffice ミキサーなど。

これは全くアカンですね。
<紙>の理解では、

  GeekoCFD は、OpenSUSE x64 ベースの ライブ(DVD)である。
  その目的とするところは、
  オープンソースのCFD(流体解析ツール)を簡単に使える様にすることである。
  含まれているのは、cantor, gmsh, grace, gsl, wxMaxima,
  Octave (含 octave-forge packagesの殆ど全て),
  OpenFOAM, Paraview, pyFoam, R. Additionally, gcc, DDD,
  Eclipse Helios with CDT, Emacs, git, kate, vim そして、
  完全な openSUSE KDE、つまり、
  Gimp, LibreOffice and Blender が含まれている。

と云った処???


これは、面白い。


下の「Release notes」
では、
  Version 4.0.0 (Public release)

そして、「Main features」
には、

 ・ System
   ・ OpenSUSE 12.2 64 bit
   ・ Kernel 3.4.6
   ・ gcc 4.7.1
   ・ KDE 4.8.4
 ・ Scientific software
   ・ cantor
   ・ gmsh 2.6.1
   ・ grace
   ・ gsl
   ・ wxMaxima and Maxima
   ・ Octave
   ・ OpenFOAM 2.1.x
   ・ Paraview 3.12
   ・ pyFoam
   ・ R
 ・・・・・
 ・・・・・

とある。



一寸調べてみた。
「geekoCFD インストール」で。

(自動翻訳じゃない)日本語のサイトは、・・・


PENGUINITIS!」さんの
OpenFOAM 情報
しか見つけられなかった。



また、「OpenSUSE」について調べてみた。
(<紙>にとっては初めてのLinux)


先ずは、「openSUSE - ウィキペディア

  openSUSE(オープン・スーゼ)は、ノベルがスポンサーを務め、
  コミュニティが開発するLinuxディストリビューションである。

  元々はSUSEが開発するSUSE Linuxであったが、
  2003年のノベルによるSUSE買収後、
  ノベルは100%オープンソースを目指すディストリビューションとして、
  開発体制をopenSUSEプロジェクトによるコミュニティベースに移行し、
  SUSE Linuxから現名称に変更した。

  現在の最新版は、2012年9月5日リリースのopenSUSE 12.2。
  また、openSUSEにはFactoryと呼ばれるプロジェクトがあり、
  最新のソフト等を積極的に取り込んでいて、
  これがリリース版のベースになっている。

なるほど。
で、本家のサイト(JP)「openSUSE
では、

 プロジェクト
   openSUSE プロジェクトとは、
   あらゆる場所で Linux が使われていくよう後押ししていこうという
   世界的な取り組みです。
   openSUSE は、世界中のフリー/オープンソース
   ソフトウェアコミュニティの一部として、オープンに、透明に、
   友好的なやり方で協力し合い、
   世界最高の Linux ディストリビューションの一つを創っていきます。

   プロジェクトはそのコミュニティによって管理され、
   テスター、ライター、翻訳者、ユーザビリティの専門家、
   アーティスト、Ambassador、開発者など、
   個々人からの貢献により成り立っています。
   プロジェクトは多種多様なテクノロジーを、
   そして様々なレベルの専門技術を持ち、様々な言語を話し、
   様々な文化的背景を持つ人々を受け入れます。


 ディストリビューション
   openSUSE ディストリビューションは、安定して、使い易い、
   完全なる多目的ディストリビューションです。

   このディストリビューションは、デスクトップあるいはサーバで作業する
   ユーザ、開発者をターゲットにしています。
   初心者のためのものでもあり、
   熟練ユーザあるいはとびっきりのギークのためのものでもある
    - つまり、全ての人にとって完璧なものなのです!
   最新リリースは openSUSE 12.2 で、
   便利なサーバ及びデスクトップアプリケーション全般にわたって、
   新しく、根本から見直されたバージョンを採用しています。
   収録されているオープンソースアプリケーションは1,000以上に及びます。


面白い。


導入してみよう!!!


と云うことで、頑張ります。  どうなりますか???


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日記@BlogRanking    

OpenFOAM:pyFoam導入

2013-01-04 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
前回投稿後の、blogramのランクインカテゴリについて、
投稿前だったようだが、「早稲田大学」がダウンしていた。(4位から5位)
その後、
「早稲田大学」がアップ。(5位から4位)
「医薬品」は2つアップ。(7位から5位)
でも、
「早稲田大学」がダウンそして、アップ。(4位)
「医薬品業界」もダウン。(2位から3位)
「グルコサミン」はアップ。(3位から2位)
「医薬品」はダウン。(5位から6位)
なので、現在は、
ランクの数、9、5、6、3、0、 2、0、0、2、1(43)で、換算ポイント 183pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

「PENGUINITIS」さんの(2012年7月10日の)記事に
PyFoam を使ってみる
があった。

面白そう。

ツールの最初に出てくるのは、
「pyFoamPlotRunner.py」
非常に興味がある。

他に調べてみると、
「pyFoam - Happy foaming with Python」なるPDF文書が見つかった。
これがURL
POWERLABなるオーストリアの大学の先生のもの(?)

この66ページの文書の中の、
14ページ目:「The plotter utilities」
に、
 ・ There are two flavors
    pyFoamPlotRunner Similar to pyFoamRunner
    ・・・・・
そして、

12ページの:「What the pyFoamRunner does」
では、
 ・ If called with --proc=N makes sure that the run is parallel
   ・ Prepends mpirun or similar
   ・ Appends --parallel
とあった。

これは見逃せない。

「PENGUINITIS」さんの(2011年8月10日)記事:
PyFoam のインストール
を見つけ、やってみた。

ホームディレクトリで、
1.「svn co <URL>」
として、入手し、

2.「cd PyFoam」

そして、
3.「python setup.py install」

これだけで、使える様になった。

マシンは(VMだが)「CAELinux 2011」。


勉強してみよう!!!


おそまつでした。


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2012年、Linuxが好調だった・・・

2012-12-30 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
前回投稿後の、blogramのランクインカテゴリについて、
「Mozilla Firefox」がアップ。でも翌日ダウン。(結果、変わらず3位)
「グルコサミン」がアップ。これも翌日ダウン。(結果、変わらず3位)
なので、現在は、変わらず、
ランクの数、9、5、7、2、1、 1、0、0、2、1(43)で、換算ポイント 186pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

実質、今年最後の記事。
(明日は、本当に今年最後で、「カテゴリマイスターの日」)

「YAHOO! JAPAN ニュース」に
2012年、Linuxが好調だった「5つの理由」とは
があった。( Computerworld 12月28日(金)15時20分配信 で。)

引用させて頂く。

 1. 10億ドル企業に成長
   Linuxの今年の最も顕著な成果は、米国Red Hatが2012年度決算
   (2012年2月末締め)で、オープンソース専業企業として初めて
   10億ドルを超す売上高を達成したことかもしれない。
   これは同社にとって長年の悲願だった。
     この成果は、Red Hatの経営力の証であるだけでなく、
   Linuxで利益をあげられることの証でもある。
   これは、このプラットフォームに対する今後のビジネス上の関心の
   喚起という点で、大きなプラスになるだろう。

 2. デジタル・デバイドの解消に貢献
   デスクトップLinuxの支持者は、そのメリットと普及について
   労を惜しまず議論するが、その一方で業界では、
   この技術を巡る重要な変化が静かに始まっている。
     すなわち2012年には、100ドル未満という安価な超小型のLinux搭載PCが
   続々と市場に登場した。
   強力なコンピューティング・パワーがガジェット・ファンだけでなく、
   従来はコスト的に厳しかった人にも入手しやすくなっている。
     この動きはコンピューティングにおける真の革命であり、
   膨大なAndroidユーザーのほかにもさらにLinuxユーザーのすそ野を広げている。
   のみならず、デジタル・ディバイドの解消に大きな役割を果たしつつある
   のは間違いない。

 3. ゲーム会社も注目するOSに…
   ゲーム・プラットフォームは、ビジネス界の多くの人にとって
   あまり重要ではないかもしれない。
   しかし、ゲームを非常に重視するPCユーザーもかなりの数に上る。
   実際、何年も前から多くの人が、Linuxに乗り換えない大きな理由として、
   対応ゲームが比較的乏しいことを挙げている。
     だが、今年はこの状況が一転した。
   米国Valveが、Windows 8の“大不振”などを理由に、「Steam」を
   Linuxに移植すると発表したからだ。
   最近の報道によると、米国THQも同様の取り組みを検討しているという。
      これらのことは、Lunuxユーザーの市場が、対応に値すると
   目されるようになっていることを示している。
   また、このことは、将来、幅広い分野で優れたアプリケーションが
   多数登場するであろうことを意味する。

 4. プリインストール製品の増加
   2012年には、Linuxがプリインストールされたハードウェアも大幅に増えた。
   Linux製品を専門に手がける米国ZaReason、米国System76、
   米国ThinkPenguinなどだけでなく、台湾Asusや米国Dellといった企業も
   こうしたハードウェアを提供している。
      そうした新製品が1つ登場するごとに、消費者の選択肢が広がることになる。

5. チャンス到来――攻めに転じられるか
   米国Microsoftの期待に反して、Windows 8に市場が冷ややかな反応を示している
   ことが明白になってきている。Linuxにとってはまさにチャンスだ。
   実際、英国Canonicalの人気Linuxディストリビューションの最新版となる
   Ubuntu 12.10(コード名:Quantal Quetzal)は多くの点で、
   とりわけビジネス・ユーザーの観点から見て、Windows 8より優れている。
     もちろん、強力な慣性の作用により、Windowsの市場支配は
   まだ何年も続くだろう。
     それでも、Windows 8のリリースとともに状況が変わり、
   デスクトップLinuxが互角の戦いを演じ始めていると、私は考えている。
   2013年以降の展開にも目が離せない。


以上、
結局、全文になってしまったが、・・・・・


原文(記事)も必要か?(Yahoo! ニュースは近い内に消えるから)

2012年、Linuxが好調だった「5つの理由」とは
さまざまな市場要因から大きな前進が実現
(2012年12月28日)

  どのような分野でも、年末は物事を評価するよい機会だ。
  Linuxもその例外ではない。
  こフリーのオープンソースOSは、2012年にさまざまな試練に直面した。
  とはいえ全体的に見て、今年はLinuxにとってナイスな年だったと思う。
  以下にその理由を5つ示したい。
     Katherine Noyes/PC World米国版

  ・・・・・

     ▲タブレット端末のOSとしてはもちろん、
       ゲーム会社もLinux OSに注目している

  ・・・・・
  ・・・・・

おそまつでした。



***** 明日の、
  今年最後の「カテゴリマイスター」で何ポイントゲット出来るか???



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Linux 学習:~/.bashrc

2012-12-24 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
前回投稿後の、blogramのランクインカテゴリについて、
「グルコサミン」がダウン。(2位から3位)
なので、現在は、
ランクの数、9、5、7、2、1、 1、0、0、2、1(43)で、換算ポイント 186pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

3日前の「OpenFOAM v2.1.1 入れてみた」で、
  実行するには、
  「Terminal」を立ち上げて、
  一度「. /opt/openfoam/etc/bashrc」を実行する。
と書いたが、

この
  一度「・・・」を実行する。
が面倒。

そこで、調べていたら、
「ITmedia エンタープライズ」の「Linux Tips」に、
パスを追加したい~.bashrc編~」があった。

  ・・・・・
  ここでは,次回のログイン時にも有効になるよう
  追加したいパスを保存しておく方法を解説しよう。

  シェルにbashを利用している場合,
  ホームディレクトリに「.bashrc」という隠し属性(ドット)ファイルがある。
  このファイルをviエディタなどで読み込んで,次のように編集すればよい。
  ・・・・・

なるほど、勉強になった。

つまり、

(1)ドットが付いたファイル(隠し属性のファイル)がある。

(2)シェルが「bash」の場合、起動時に
  ホームディレクトリにある「.bashrc」を実行する。

以上、2点を(恥ずかしながら)学習した。(汗;

((( Linux Mint のシェルは、bashでした。)))


それから、
上記「Linux Tips」の記事の最後に、
「source ~/.bashrc」なる記述がある。

自分でも使用するのは「./hogehoe.sh」の様な記述。

つまり、
「.」と「/」の順番。これは上記で納得。
もう一つ「~」って???


【~】チルダと【\】バックスラッシュと【¥】
を見つけた。

この記事は、特殊記号のキーボード入力方法についてですが、
中に、
  参考: ~ 】(チルダ)は、LINUX(リナックス)などUNIX(ユニックス系)の
      OSを使用したサーバーにおいては、
      ユーザーに割り当てられたホームディレクトリを表記しています。
なる記述が。

そうなんだ、「~」は「ホームディレクトリ」のことだったんダ(汗;

「.」はカレント・ディレクトリ
で、
「~」はホーム・ディレクトリ


今頃になって、「Linux」の学習でした。


((( 尚、上記では、一部の記号を全角で表示している。)))


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Linux Mint 入れてみた

2012-12-19 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
前回投稿後の、blogramのランクインカテゴリについて、
「物理」が飛び跳ねた?(12位から9位)
「立命館大学」がアップ。(3位から2位)
「グルコサミン」もアップ。(3位から2位)
「化学」もアップ。(6位から5位)
なので、現在は、
ランクの数、9、7、5、2、2、 0、0、0、1、1(43)で、換算ポイント 191pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

約4ヶ月前(08-14)の、
GUI版OpenFOAM(?)」で書いた、
  「PENGUINITIS」さんの記事:
  「Helyx-OS を使ってみる」があった。
そして、この記事を参照している。
Helyx-OSがようやく動いた

これらの記事に出てくる、「Linux Mint」

ウィキペディアでは「Linux Mint
  Linux Mint(リナックス・ミント)はLinuxディストリビューションの一つである。
  洗練され、最新で快適なLinuxデスクトップを提供することを目標としている。
  Ubuntuをベースにしており、Ubuntuのリポジトリを共有している。

つまり、<紙>の愛用している「Ubuntu」ベースの「Linux」。

試しに、導入してみた。

本家「Linux Mint」の「Main Page」では、
現在、バージョン14が出ている。

上記ウィキペディアに依ると、
コードネーム「Nadia」で、
エディションが、「Cinnamon」か「MATE」で、フルか「No codecs」と、計4種類ある。
ベースは、Ubuntu Quantal Quetzal(12.10)

でも、LTSの方を選んだ。

バージョン13(LTS)「Maya」ですね。
これには、上記の「Cinnamon」/「MATE」の4種類に加え、
「KDE」「Xfce」があって、全部で6種類。
で、ベースは、Ubuntu Precise Pangolin(12.04 LTS)

(CAELinux2011もそうだが)使っているUbuntuは、「GNOME」ですね。

「KDE」はほんの少々使ったかナ?
「Xfce」も1回あったかナ?

でも、「Cinnamon」も「MATE」も初めて聞く。


それで、どれにすれば良いの???

と、その時、日本語のサイトを見つけた。

で、「Linux Mint のダウンロード」には、

  Linux Mint の新しいリリース情報などはブログなどを参照してください。
  ダウンロードページに行くといろいろなエディションがありますが
  殆どの場合はデスクトップ環境の差があるだけです。
  MATE エディションと Cinnamon エディションの違いについては
  Linux Mint の特徴を参照して下さい。
  どのエディションを利用するかわからない場合は"MATE No codecs 32-bit"を利用して下さい。

とある。


    ・生産性、安定性と成熟した MATE デスクトップ
    MATE デスクトップはシンプルで使いやすく、安定性と生産性に長けています。
    そして低性能なパソコンでもサクサク動きます。

    ・現代的で新しくエキサイティングな Cinnamon デスクトップ
    Cinnamon デスクトップは高性能で先進的な技術を持ち合わせています。
    ユーザーに新たな刺激と体験を与えます。


どうも、「Cinnamon」の方が面白そう。
で、フル版にしてみたい。そして、64ビット版。

と云うことで、
Linux Mint 13 "Maya" - Cinnamon (64-bit)
つまり、「linuxmint-13-cinnamon-dvd-64bit.iso」(801MB)
をダウンロードした。


早速、VMware Player 5.0.1 で、
新規に「Linux / Ubuntu 64ビット」マシンを組み立て(?)

DVD(即ち、isoファイル)から立ち上げた。

Live DVD ですね。「Linux Mint 13 (Maya)」が立ち上がった。

すかさず、HDDにインストール。

1回リブートして、完了。


VM_Linux_Mint.png


そう、英語版です。
(Time Zone は Japan にしている)


少し弄ってみた。

初心者の<紙>にとって、
「Cinnamon」が大きく違っているのは、
マウスの「右クリック」(と云うか右ドラッグ?)

「Terminal」に於いて、文字列を張り付けるため、
右クリックしては・・・ダメ・・・もう1つ「Terminal」が立ち上がる。
(これは、popupメニューの1番目ですね)

右ボタンを押したまま、popupメニューの中の「Paste」までカーソルを移動させて、
そこで、ボタンから指を離す。(これがドラッグ?)
そうすると、張り付けられる。


GUIの、ファイルブラウザ(Nautilus でした)では、
(例えば)ファイルをポイントして
右クリックだと、メニューが出っぱなしになる。
(MS-Windows の「エクスプローラ」と一緒?)


暫く、様子を見てみよう。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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WindOS: Windows では無い

2012-11-10 :  Linux系
テーマ:化学、物理、VM、Linux、C言語、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
一昨日は、
その後、「医薬品業界」がアップ。(3位から2位)
昨日は、
朝方、「Mozilla Firefox」がアップ。(3位から2位)
しかし、
今朝方は、「Mozilla Firefox」がダウン。(2位から3位)
また、「大学野球」もダウン。(8位から9位)
なので、現在は、
ランクの数、8、8、5、2、1、 0、1、0、2、1(43)で、換算ポイント 188pt 。
・-・ - -・

さて、本文。

“これは面白い”ブログを見つけた。
ブログタイトルは「パソコンユーザのつぶやき」で、
昨年(2011年)08月11日の記事:
ひょっとして、誰も知らない WindOS
です。

引用させて頂く。

  「ひょっとして、誰も知らない WindOS」

  ・・・・・

  WindOS
  http://www44.atwiki.jp/windos/
  呼び名は「ういんどおーえす」

  Debian6.0"Squeeze"ベースで軽快な Openbox で lxpanel 使ってるようですね。

  これは、Puppy Linux より軽い予感。

  今のところ、日本語環境オンリーでCD or USB起動の Live起動しかできないようで、
  設定保存等したい場合は Persistence 機能を使ってくれとのこと。

  ・・・・・
  ・・・・・

  Windos 7 というのはあったような気がするが、それとは別かな。

以上です。


また、
「リナックス LINUX 初心者の会」なるサイトに、
WindOSインストール
があった。

  2chをみてたら、WindOSなるDebianベースのディストリをみつけました。

  WindOSとは、公式ホームページによれば、

・WindOSはDebian6.0"Squeeze"ベースで作られたLinuxディストリビューションです。
   CDまたはUSBフラッシュメモリなどから起動することができます。
・起動時のイニシャルメモリ消費量は僅か60MBです。
   システム性能の低いPCでも軽快に動作するように最適化/チューニングしています。
・日本語環境に特化しています。
・WindOSはDebian互換OSとしてDebianの豊富なリソース資源をそのまま利用できます。
   パッケージマネージャを利用したアプリ追加も簡単です。

  (http://www44.atwiki.jp/windos/pages/1.html)
  というものです。
  今回はこれをUSBメモリにインストールしてみたいと思います。
  以下、すべてDebian Squeeze上での作業です。Windowsでの作業は
  http://www44.atwiki.jp/windos/pages/13.html
  の”LiveUSBとして起動する”をご参照ください。

  インストール

  ・・・・・
  ・・・・・


これは、見過ごせない。
本家のサイト
を見てみた。


トップページでは、

  WindOS is light,fast & rich Operating System

      ここは、
      上記「リナックス LINUX 初心者の会」
      の4項目

  使用目的

 ・ 持ち運べるサブOSとして :システム起動に特定の機種を限定しません。
    一本のUSBメモリがあれば、どのPCからでも同じ環境で使えるOSとして
    持ち運ぶことができます。
 ・ レスキュー用途として :システムは完全に内臓HDDドライブから独立しています
    (違う言い方をすれば内臓HDDが接続されていなくても起動できます)。
    不調になったPCからのデータ救出などに大いに役立つでしょう。
    ※testdisk,photorec,ddrescue,partimage,smartmontoolsなどの定番ソフトも
    導入済みです。
 ・ Linuxの勉強用として :HDDへのインストールの手間なく手軽に
    Linuxを始めることができます。
    上記の通りWindOSはDebianという標準的なLinuxシステムですので
    Linux学習用としても最適です。


「TIPS」ページには、

  persistent機能:LiveUSBでユーザデータが継続保存されるようにする

  通常Liveモードではすべてのデータは再起動時に破棄されますが、
  persistent機能を使用することでユーザーデータを継続することができます。

  ・・・・・
  ・・・・・

や、

  アプリケーションのインストール例

などがある。

最後には、

  メモ :Linuxでは無線LANは鬼門です。
  例のように運がよければ簡単に設定できますが、
  そうでない場合はソースコードからビルドする。
  またはndiswrapperを使用する代替方法があります。

もある。
確かに、“無線”については、注意が必要ですね。


この「WindOS」
Bart PE と Vista PE
の代わりになるナ。

導入してみよう。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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GUI版OpenFOAM(?)

2012-08-14 :  Linux系
テーマ:物理、化学、VM、Linux、IE、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
一昨日、
その後、スコアには若干の増減があったが、ランクの変動は無かった。
昨日、
朝方スコアに若干の増減はあったが、ランクの変動は無かった。
その後も目立った変動は無かった。
今朝は、
「医薬品」がスコア・ダウンでランク・ダウン(4位から5位)
「カルシウム」もまたスコア・ダウンでランク・ダウン(8位から9位)
結局、
ランクの数は、14、7、2、1、1、 2、0、1、1、0(45)で、
換算ポイントは、218pt に減った。
・-・ - -・

さて、本文。

OpenFOAM入門」でブックマークした、
PENGUINITIS」さんの新しい記事に、
Helyx-OS を使ってみる」があった。
今月初め(2012年8月4日)の記事ですね。

  Helyx-OS は Engys 社が開発・販売している OpenFOAM ベースの統合 CFD ツール
  Helyx のオープンソース版である。
  簡単にいうと OpenFOAM 用 GUI ツール。
  ここではこの Helyx-OS を使ってみる。
  ・・・・・

とある。

少し、探して(Firefoxに依るGoogle検索して)みると、
DotPrototype」が見つかった。
先週(2012-08-08)の記事。

  HELYX OSはオープンソースの流体解析ソルバーOpenFOAM用に開発された
  オープンソースのGUIフロントエンドです。
  OpenFOAM解析用ケース作成(メッシュ作成、条件設定)をGUIで行うことができます。
  2012年7月21日にバーション1.0.0が初めてリリースされました。
  ライセンスはGPLv2(GNU General Public Licenseバージョン2)、
  開発元はイギリスのEngys社です。

  以下のSourceForgeプロジェクトページからLinux用実行ファイルと
  ソースコードをダウンロード可能です。
  (リンク:「SourceForge HELYXOS プロジェクトページ )
  ・・・・・


本家Engys社」の
HELYX-OS」のページには、

  The main features of HELYX-OS are:
  ・Create and run new CFD cases from scratch in serial or parallel.
  ・Native support for OPENFOAM dictionary files (load existing cases by
    reading settings directly from the available project text files).
  ・Control snappyHexMesh, including geometry display and
    execution within the GUI.
  ・Comprehensive case definition module, including controls for
    physical models, turbulence, boundary conditions,
    field initialisation and solver execution within the GUI.

  The following solvers are supported at present:
  ・Incompressible flows: simpleFoam, MRFSimpleFoam, porousSimpleFoam,
    pimpleFoam, pisoFoam
  ・Compressible flows: rhoSimpleFoam, rhoPimpleFoam,
    rhoPorousMRFSimpleFoam, rhoPorousMRFPimpleFoam
  ・Heat transfer and buoyancy-driven flows: buoyantBoussinesqSimpleFoam,
    buoyantBoussinesqPimpleFoam , buoyantSimpleFoam, buoyantPimpleFoam

  ・・・・・

とあった。

どうも、「snappyHexMesh」つまり、「STL」入力がメインの様な???

そして、「icoFoam」が無くて、
「simpleFoam」「pimpleFoam」「pisoFoam」あたり?


OpenFOAMは、「OpenFOAM 2.1.1」と最新(?)
と云うか、
「HELYX-OS」自身には、「OpenFOAM」は含まれていない(?)

別途インストール済みの「OpenFOAM」に対するGUIフロントエンドですね。


なお、プラットフォームは、Linux ですね。

ダウンロードサイトは、sourceforge.net

  An Open Source GUI for OpenFOAM by Engys

とある。(OpenFOAMの為のGUI)


些か、気になるもの。
でも、STL入力必須(?)でicoFoamが無い(?)
・・・悩むところダ。
CUIでもイイかナ???

暫く、気に留めておこう。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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CAELinux 2011:OpenFOAM 決定版?

2012-08-04 :  Linux系
テーマ:物理、化学、VM、Linux、IE、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
一昨日、
21:40頃には、「Mozilla Firefox」がスコア・アップでランク・アップ(7位から6位)
これで確定。
昨日、
朝方に「Internet Explorer」がスコア・アップでランク・アップ(6位から5位)
また、「医薬品」もスコア・アップでランク・アップ(6位から5位)
このままで確定。
今朝は、
「Internet Explorer」がスコア大幅アップでランク・アップ(5位から3位)
更に「Mozilla Firefox」もスコア大幅アップでランク・アップ(6位から4位)
加えて、「化学」もスコア・アップでランク・アップ(8位から6位)
結局、
ランクの数は、13、8、2、2、1、 1、0、1、0、0(45)で、
換算ポイントは、218pt にまで増えた。
・-・ - -・

さて、本文。

一昨日(12-08-02)の(前回)記事
OpenFOAM 1.7 64ビット版( Linux )」は、
1年以上前にダウンロードしていた「CAELinux 2010」で、
ベースOS=Ubuntu10.04 では、546件もの更新があった。

ところで、当時、isoファイルをダウンロードするのに、
3.7GBもあって、回線スピードが約200kB/sで5時間超も掛かっていたが、・・・

本家(?)「CAElinux」を見てみると、

  New Release: CAElinux 2011
  Saturday, 15 October 2011 23:32

  CAELinux 2011 is based on Ubuntu 10.04.3 LTS 64bit distribution
  and contains a unique suite of open source simulation tools like
  Salome_Meca 2011.2, Code-Aster 11.0, Code-Saturne 2.0.2,
  OpenFOAM 2.0.1, Elmer 6.2 and many others.
  ・・・・・

とあった。

ここには
  caelinux2011.iso  2011-10-30  4.3 GB
とある。

これでは、6時間以上は覚悟しないといけない???

どうしようか?
試しに、ダウンロードを始めてみようカナ?
クリックしました。
なんと、ビックリ、瞬間 2MB/s 出ている?!?!?

そのまま実行。
結果、37分でダウンロード完了?
見ていたところ、0.6MB/s~3.2MB/sだった。

実際のisoファイルサイズは3.99GB。
計算してみると、1.8MB/s出ている?????

まあ、
「OpenFOAM 2.0.1」だし、これに乗り換えない手は無いですね。


またまた仮想マシンを作り(当然 VMware Player です)、
isoファイルをマウントし、マシン起動。

ライブDVDでのOpenFOAM試用を飛ばして、
迷わず、インストールしました。

CAELinux2011.png


この「CAELinux2011」は、「Ubuntu 10.04.3 LTS」をベースとして、
「OpenFOAM 2.0.1 x64」が入っている。

但し、完全な英語版。

キーボードも101US版。

常用する「_」(アンダーバー)とか「:」(コロン)の位置を確認しないといけない。

でも、
64ビット版だし、「OpenFOAM」もほぼ最新版。

「OpenFOAM」の最近のリリース履歴は、
  May 31st 2012: OpenFOAM version 2.1.1 released
  Dec 19th 2011: OpenFOAM version 2.1.0 released
  Aug 4th 2011: OpenCFD release OpenFOAM version 2.0.1
  Jun 16th 2011: OpenCFD release OpenFOAM version 2.0.0
  Nov 18th 2010: OpenFOAM 1.7.1 update for Ubuntu
  Aug 26th 2010: OpenFOAM 1.7.1 released
  Jun 26th 2010: OpenFOAM 1.7.0 released
  ・・・・・
と云うことでしょうか?

これで、<紙>的には、「決定版」です。
本格的に、頑張ろう(???)


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


見ていただきありがとうございました。
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OpenFOAM 1.7 64ビット版( Linux )

2012-08-02 :  Linux系
テーマ:物理、化学、VM、Linux、IE、Firefox、Safari、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
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一昨日、
昼頃には、「カルシウム」がスコア変わらずでランク・ダウン(9位から10位)
20:10頃には、「化学」がスコア・アップでランク・アップ(10位から8位)
これで確定。
昨日、
朝方に「くりぃむしちゅー」がスコア・ダウンでランク・ダウン(2位から3位)
「Internet Explorer」もスコア・ダウンでランク・ダウン(3位から5位)
一方、「医薬品」がスコア・アップでランク・アップ(5位から4位)
「Mozilla Firefox」もスコア・アップでランク・アップ(7位から6位)
で21:25頃には「カルシウム」がスコア変わらずでランク・ダウン(10位から11位)
これで確定。
今朝は、
「医薬品」がスコア・ダウンでランク・ダウン(4位から6位)
「Internet Explorer」もスコア・ダウンでランク・ダウン(5位から6位)
更に「Mozilla Firefox」もスコア・ダウンでランク・ダウン(6位から7位)
結局、
ランクの数は、13、8、1、1、0、 2、1、2、0、0(45)で、
換算ポイントは、209pt にまで減った。
・-・ - -・

さて、本文。

先週(12-07-27)、
OpenFOAM 1.7 for Windows
で、
MS-Win で動く「OpenFOAM 1.7」は、32ビット版ならバイナリで入手できる。
と書き、入手しました。

MS-Win で動く 64ビット版は、頑張れば手に入る。
でも、<紙>には気力がない。

・・・・・

そう云えば、
昨年2月(11-02-04)に、
CAELinux:OpenFOAM の利用手段
を書いていた。

  ・・・・・
  第2の方法:
    OpenFOAM インストール済みのシステムを導入する
  を見ると、
    Linux や OpenFOAM のセットアップのハードルが高い人向けに、
    OpenFOAM セットアップ済みの Linux 環境が用意されている。
  とあり、
  CAELinux が載っている。
    CAELinux は、
    OpenFOAM だけではなく、
    様々な free の CAE ソフトがインストールされている Linux 環境。
    LiveDVD。2007, 2008 には VMware 版もある。
  ・・・・・

当時、「CAELinux2010」「CAELinux2007」両方をダウンロードした。
合計9時間ほど。(2~3日かけて)


「CAELinux2010」もですが、「iso」イメージファイル。
それを探しだして、VMware仮想マシンで見てみた。

当時は、HDDにインストールはしていなくて、
ライブDVDのまま動かしてみただけでした。


この「CAELinux2010」は、「Ubuntu 10.04」をベースとして、
「OpenFOAM 1.7 x64」が入っている。


これは、
と云うことで、新たな仮想マシンを作り、
DVDからHDDにインストールしました。

CAELinux2010.png


どうせ、CUI なら、なにもMS-Winに拘ることは無い。
まして、32ビットしかないのなら、64ビットの方が良い。


と、云うことで、
「OpenFOAM 1.7 x64」は Ubuntu 10.04 LTS にしよう。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Ubuntu に Asymptote 導入(仕掛り)

2012-03-19 :  Linux系
テーマ:物理、化学、大学野球、e-radio、薬事法、医薬品、医薬品業界、グルコサミン、アミノ酸。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、その後の観察で、
遅くとも17:05頃には、「大学野球」がスコア・アップで3位から一気に1位となった。
従って、ランクの数は、22、4、3、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントは、278pt にまで回復した。
で、これが、昨日の確定値。
今朝になって、
なんと「大学野球」がスコア大幅ダウンで再び3位に戻された。
さらに、「くりぃむしちゅー」がスコア変わらずで2位に後退。
なので、ランクの数は、20、5、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントも、272pt にまで下落。
ここのところの「大学野球」のスコア変動が大きい。
「くりぃむしちゅー」はお相手のスコアが徐々に増加で、こちらは不変だった。
・-・ - -・

さて、本文。

4日前の記事:PRC:U3Dに並ぶ 3D-PDFのキモ
そして、
一昨日の記事:Alien って何?
など、
「Asymptote」に拘っていた。

Asymptote」サイトから、
取り敢えず、(ホストのFirefoxで)
「asymptote-2.15.i386.tgz」をダウンロードした。

そして、VMのLinuxマシン(Ubuntu 10.04 32ビット版)にコピーした。

取り敢えず、ホーム・ディレクトリに置いて、
「tar」で展開した。

これだけで、動くはずが無いとは
分かっているが、端末(ターミナル)で、
「asy」とタイプしてみた。

当たり前ですが、
  「Asymptote はインストールされていないゾ」
です。
でも、
  「sudo apt-get install asymptote」
  とすれば、インストールできるヨ。
とでた。
おや、行ける???

やってみた。
インストール出来た。

Ubuntu_asy-com.png

それで、「help」とタイプしたら。
  「xpdf がインストールされていないヨ」
  「sudo apt-get install xpdf」でできますヨ
と云うので、
PDFビューアが入り、
「asymptote.pdf」が開いた。

それで、「Tutorial」にある。

  「draw ((0,0)--(100,100));」
一行だけのファイル「test.asy」を作り、
「asy -V test」とタイプした。

Ubuntu_asy-V-test.png

の如く、

  「gv が無いからダメ」

でした。

でも、「eps」ファイルが出来ていた。

Ubuntu_asy-out-eps.png



もう少し、勉強&環境設定すれば、
使えそうな気がしてきた。

頑張ろう!!!


尚、「Mac」系では、
こんなサイト:
Asymptote - TeX Wiki
があった。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Alien って何?

2012-03-17 :  Linux系
テーマ:物理、化学、大学野球、e-radio、薬事法、医薬品、医薬品業界、グルコサミン、アミノ酸。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、その後の観察で、
スコアにはそれなりの変動はあるものの、ランキングに結びつくようなものは無かった。
なので、ランクの数は、21、4、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)のままで、
換算ポイントも、274pt のまま。
但し、20:00過ぎには、「化学業界」がスコア大幅ダウン。
すわ、「スコア一斉見直し」か? と、色めき立ったが自分だけ???
幸い(なのかナ)、ランクには響かなかった。
で、これが、昨日の確定値。
今朝になって、
「グルコサミン」がスコア・ダウンで2位に陥落。
で、ランクの数は、20、5、4、2、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントも、272pt にまで下落した。
・-・ - -・

さて、本文。


一昨日の記事:PRC:U3Dに並ぶ 3D-PDFのキモ
から、
「Asymptote」について調べていたら、

HOWTO: Asymptote on Ubuntu ? quick and dirty way

なるページを見つけた。

つまり、
  「Ubuntu」に「Asymptote」をインストールする方法。
  簡単?(素早く?) だが、ズルい?(汚い?) やり方。
ですか?


それで、その方法とは、
「Alien」を使う。と云うこと。



「Asymptote」は、元々Linux系ソフトで、
RPM(RedHat Package Manager)
で提供。
Windows ではCYGWINベース。


それで、Debian系のUbuntuでは、「.deb」が必要なので、
「.rpm」を「.deb」に変換するのに、「Alien」を使う。


「Alien」については、ここにあった。



それで、
「quick and dirty way」とは、

  To install the latest version of Asymptote on a Debian-based distribution
  (e.g. Ubuntu, Mepis, Linspire) you can either compile from UNIX source or
  use the Alien program http://kitenet.net/~joey/code/alien.html to convert
  the Linux RPM asymptote-x.xx-1.i386.rpm available on
  the Asymptote download page into a deb file
  suitable for installation via Dpkg:

  1. Install Alien (if not installed already):
     sudo apt-get install alien

  2. Convert the rpm into a deb:
     sudo alien --to-deb --scripts --keep-version asymptote-x.xx-1.i386.rpm

  3. Use Dpkg to install (or upgrade) the generated deb file into your system:
     sudo dpkg -i asymptote_x.xx-1_i386.deb

だそうですね。


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Ubuntu 11.10 Desktop 日本語 Remix 版

2011-10-24 :  Linux系
本日のテーマ:Linux、VM、IT関連、Firefox、Safari、IE、パソコン。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、9:30過ぎには「早稲田大学」が初の1位になった。
また、「大学野球」が2位に戻り、
ランクの数は 18、7、2、1、3、 0、0、1、0、1 (44) で、
換算ポイントは また260pt を付けた。
これが、昨日の確定値でした。
そして、今朝方は、特段の変化はなさそうです。
20時間以上 260pt が続いている。
・-・ - -・

さて、本文。

ブログ記事の分類カテゴリ「Linux系」については、
昨年(10月29日)の
PCLinuxOS も使うのかナ?」から、
かれこれ1年振りに(先月21日)、
Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD
を書き、
そして、今月14日に
20歳を迎える Linux
を書いた。
その後、
blogramスコア(bg)一斉見直し(2011-10-19)
があって、スコアが変動しており、
翌20日の日中に「Linux」ランクが2位に落ちた。
一斉見直しによる「VM」ランクが4位に大陥落に次いでショックです。

やはり、「Linux」「VM」関連の記事が少なくなっていたようです。

そんなとき、
愛用(?)の「Linux」は「Ubuntu」ですが、
「Ubuntu Japanese Team」のサイトを見ると、
Ubuntu 11.10 Desktop 日本語 Remix CD リリース
があった。10月16日 付けですね。

つまり、
Ubuntu 11.10 リリース
  10月13日、UbuntuチームはUbuntu 11.10をリリースしました。
を受けての、
「日本語 Remix 版」のリリースですね。

「リリースノート」
を引用。
  紹介
  このUbuntu 11.10(Oneiric Ocelot)向けリリースノートは、
  リリースに関連する概要と、
  Ubuntu11.10やその派生版の既知の問題をまとめたものです。

  リリースの概要
  Oneiric OcelotはUbuntuの主要フレーバーすべて(desktop、server、cloud、
  Kubuntu、Xubuntu、Lubuntu、Edubuntu、Mythbuntu、そしてUbuntu Studio)の
  新しいリリースが含まれています。
  このリリースのUbuntuフレーバーでは、Unity 2Dがフォールバックシェルとして
  第一の選択肢になったことにより、ハードウェアアクセラレーションがなくても
  完全なUnity体験をお届けします。LightDMがUbuntu、Edubuntu、Xubuntu、
  Mythbuntu、そしてUbuntu Studio用のログインマネージャーとして採用されました。
  これにはUnity Greeterのカスタマイズも含まれています。
  KubuntuはKDE PlatformやPlasma Workspaces、そして(Muonソフトウェアセンター
  を含む)アプリケーションのもたらす、最新のすばらしい機能を見せつけます。
  Ubuntu Serverには、「Juju」のテクニカルプレビューが提供されます。
  「Juju」は、各種サービスの簡単なデプロイを実現し、「Orchestra」を奏でる
  仕組みです。クラウド環境・ベアメタルマシンの両方、
  そしてARM環境をもサポートします。
  ・・・・・
以上。


早速、ダウンロード&インストールして、
触ってみなくては。


頑張ります。   <(_ _)>


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20歳を迎える Linux

2011-10-14 :  Linux系
本日のテーマ:Linux、VM、IT関連、Firefox、IE、早稲田大学、医薬品、薬事法、化学。
本文の前に、
-・・・ -・-
昨日は、その後午前中に「Linux」が2位に陥落。
ランクの数は、17、4、4、1、1、 1、0、1、1、0 (41) となり、
換算ポイントは 2pt 減の、235pt。これで、一日が終わった。
本日朝には「矢作紗友里」が初めての1位を付けた。
他に、「医薬品」がまた3位にアップした。で、
今朝時点のランクの数は、18、3、5、0、1、 1、0、1、1、0 (41) となり、
換算ポイントは 239pt。
でも、幾つか危ないのがあるので、心配です。
「早稲田大学」「大学野球」「福原忍」「甲斐田ゆき」「e-radio」「化学」
「医薬品」「VM」「アマチュア無線」・・・殆ど全部?(笑)
・-・ - -・

さて、本文。

些か古いニュースですが、
japan.internet.com 9月26日(月)6時31分配信 の記事
【Linux Tutorial】20歳を迎える Linux
がある。

  20年前、Linus Torvalds という名のフィンランド人開発者がシンプルなメッセージを
  送ったことで Linux の時代が始まった。
  Linux Planet とその世界のものはすべて、その時始まり、進化を遂げてきた。

  Linux Planet では先週も Linux 誕生20周年のお祝いが続いた。
  20年前のシンプルなメッセージから始まった同プラットフォームは、大小様々な
  Linux ベンダー各社から複数のアップデートが登場してさらなる拡大を遂げた。

と云うことで、

  1. Fedora 16がアルファ版に到達
  Red Hat の次世代コミュニティー Linux ディストリビューションは、
  次世代リリースの最初のマイルストーンが先週デビューした。

  Fedora 16は GRUB2ブートローダを搭載し、Systemd の統合を改善している。
  セキュリティの観点から見た場合、Fedora は導入が高速化されたコンパイル済み
  ポリシーによって SELinux セキュリティシステムが改善されている。
  ・・・・・

  2. Mandriva 2011がリリース
  以前 Mandrake と呼ばれていたこのディストリビューションは数年前から
  何度も課題に直面してきた。このような課題があったにもかかわらず、
  新バージョンはどんどん出てきた。

  今は最新リリースのMandriva 2011が登場し、Linux ディストリビューションを
  容易に利用開始できるようにすることを目的とした新しい外観を持つ
  インストーラが用意されている。
  ・・・・・

  3. Arch Linux 2011.5.19
  Arch Linux は多くの点で Fedora や Mandriva とは異なる。
  その違いの1つが Arch はリリースを行わないという点だ。
  Fedora や Mandriva と異なり、Arch Linux はパッケージが定期的に
  アップデートされ、新しいディストリビューションに対してはっきりした
  新バージョンのデータがないローリングリリースを行う。

  だが、Arch も時々は新しいユーザーやインストレーションに対応して
  インストレーションメディアをアップデートする。
  Arch Linux 2011.8.19メディアアップデートもそのような事例の1つなのだ。
  ・・・・・

  4. NetworkManager 0.9
  デスクトップに GNOME を利用するユーザーにとって NetworkManager は
  重要なインフラだ。
  その NetworkManager も先ごろアップデートされ、バージョン0.9になった。

  新バージョンはファストユーザースイッチングをサポートする。
  ・・・・・


  5. 20歳を迎えた Linux
  1991年8月19日は、Linus Torvalds 氏が世界に向けて Linux を初披露した日だ。
  それは、同氏が趣味で進めるつもりのプロジェクトだった。
  だがその20年後、インターネットのコアインフラから証券取引所や
  Android 携帯電話に至るまで、Linux は世界を動かしているのだ。

  すべてはニュースグループに投稿された短いメッセージから始まった。
  それは、今では最も有名な投稿の1つとなっている。

  ・・・・・


  数か月以内には実用的なものができると思います。
  そこで、多くの方が望む機能を知りたいと考えました。
  どのような提案も歓迎しますが、
  インプリメントできるかどうかはお約束できません(笑)
  Linus (torvalds@kruuna.helsinki.fi)

  PS. minix コードは一切使われておらず、マルチスレッドの fs を搭載しています。

  ただ、移植性は『ありません』(386のタスクスイッチングなどを使っています)し、
  手元にこれしかないので AT ハードディスク以外はサポートしないと思います(泣)。

  Linux 誕生20周年おめでとう。
  そして20年前にこの投稿をしてくれた Linus ありがとう。
  あなたの趣味が Linux Planet を動かし続けているのだ。


と云うことで、
オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD

2011-09-21 :  Linux系
Linux,(_ _).
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramランキングのスコア、
「e-radio」「アマチュア無線」カテゴリ、
それぞれ、2、3位のままダ。
頑張らなくては!
・-・ - -・
小嶋達也、福原忍、甲斐田ゆき、矢作紗友里、田畑藤本、くりぃむしちゅー。
さて、本文。

ブログ記事の分類カテゴリ「Linux系」
かれこれ1年も記事を書いていなかった。

最終は、昨年10月29日の
PCLinuxOS も使うのかナ?
その前は、10月12日の
10年10月10日リリース10.10

そこで、
Ubuntu Japanese Team」のサイトを見てみた。

2011年5月1日 付けで、
「Ubuntu 11.04 Desktop 日本語 Remix CD リリース」
があった。

「Ubuntu 11.04」のリリース日は、2011年4月28日。


Ubuntu 11.04 リリース」のページから、


  リリースの概要

  Ubuntu 11.04は、PCユーザー向けにラップトップやデスクトップやネットブックを
  サポートしており、"Unity"と呼ばれる新しいデスクトップシェルをベースとして
  統一感のあるルックアンドフィールになっています。
  このバージョンは、すべてのネットブックPC向けにリリースしていた
  Ubuntu Netbook Editionの後継になっています。

  開発者向けリファレンスイメージは、Texas Instruments(TI)のARMプラットフォーム、
  特に"PandaBoard"や"BeagleBoard"開発者向けシステム向けに提供されます。

  Ubuntu Server11.04はサーバーのプロビジョニングや電源使用量の削減を
  簡単に行うことができます。UECやEC2向けのUbuntu Server11.04には、
  新しいカーネル、改良された初期設定と設定オプションが搭載されました。

  Kubuntu、Xubuntu、Edubuntu、Mythbuntu、そしてUbuntu Studioの
  Ubuntu 11.04ファミリーも同じように多くのアップデートがあります。


そして、

  Ubuntuの変更点

  Ubuntuの新機能

  デフォルトのUbuntuデスクトップセッションは、Unityになりました。
  Unity launcherには多くの新機能があります。
  例えばドラッグアンドドロップによるlauncherアイコンの並べ替え、
  フルキーボードによるナビゲーションのサポート、
  キーボードショートカットによるlauncherの有効化、
  右クリックによるクイックリストのコンテキストメニュー表示、
  実行中のアプリケーションの切り替えなどが挙げられます。

  Unityの操作方法やショートカット操作は、
  以下のドキュメントを参照してください。

  ・・・・・

  GNOMEプログラムは、画面スペースが少なくてすむ
  新しいスクロールバーを使うようになりました。


  アップデートされたアプリケーション

  Ubuntu 11.04は標準のウェブブラウザとして最新のFirefox 4.0を搭載しました。

  LibreOffice 3.3.2は、11.04のデフォルトのオフィススイートとして
  OpenOffice.orgから置き換えられました。

  標準のミュージックプレイヤーは、RhythmboxからBanshee 2.0に置き換えられ、
  サウンドメニューに統合されました。


  改良された基本ソフトウェア

  11.04には、mainlineブランチの安定版カーネルである2.6.38.2をベースとした
  カーネルが搭載されています。

  ・・・・・


いろいろ変更点があるが、気になったのは、
オフィススィートが、「OpenOffice.org」から「LibreOffice 3.3.2」になったこと。

何故? どう云うこと?
調べてみると、
ウィキペディアの「LibreOffice
には、
  LibreOffice(リブレオフィス)は、他の主なオフィススイートと互換性を持ち、
  様々なプラットフォームで利用可能なオフィススイートである。
  略称としてLOやLibOなどが用いられる。

  開発目標は、OpenDocument(ODF)をサポートし任意の著作権の譲渡要件なしで、
  ベンダーに依存しないオフィススイートを生成することである。
  名称は、スペイン語とフランス語で自由を意味するLibreと、
  英語のOfficeを組み合わせた混種語である。
  フリーソフトウェアとして自由にダウンロード、使用し、また再配布することができる。
とあり、

  歴史
  LibreOffice 3.3.0 のプレゼンテーションソフトウェア“Impress”

  2010年1月27日、当時のOpenOffice.org開発元であったサン・マイクロシステムズが、
  オラクルに買収された。

  2010年9月28日、OpenOffice.orgプロジェクトの主要メンバーは
  The Document Foundationという新しいグループを結成し、
  OpenOffice.org の次期バージョン3.3をフォークしたLibreOfficeを作成した。
  オラクルに対してThe Document Foundationへの参加と、
  プロジェクトにOpenOffice.orgブランドを寄贈するように依頼がされ、
  暫定的にLibreOfficeの名で開発が行われることになった。
  その結果、LibreOfficeはOpenOffice.orgのバージョン番号を引き継いでいる。

  Ubuntu、OpenSUSE、Red Hat Enterprise Linuxなどを含む複数の
  Linuxディストリビューターは、次のバージョン以後は
  LibreOfficeを使用することを発表した。
  Go-OOがLibreOfficeにマージされた他、
  別のフォークで行われた改良も取り入れられると予想される。
とあった。

納得。
だから、2011-03-25 17:49 投稿記事:
ニュース: LibreOffice 3.3.2リリース - - OpenOffice.org ドキュメントプロジェク …
などがあるんだ。


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PCLinuxOS も使うのかナ?

2010-10-29 :  Linux系
OpenFORMに関連して、とあるソフトを探しているときに、
「PCLinuxOS」なるものを見つけました。

Wikipedia「PCLinuxOS」には、
  PCLinuxOS(ピーシー・リナックス・オーエス)とは、
  Linuxディストリビューションの1つである。
  PCLOSと略して呼ばれることもある。
とありました。

本家のサイトは、ここですか。

それで、
件(くだん)のソフトを組み込んだ「PCLinuxOS」はバージョン2007ですが、
この PCLinuxOS 2007 のライブCDを、
isoイメージファイル化したものをダウンロードしました。

以前書いたように(MobaLiveCD 遅すぎ)なのですが、
しつこく、MobaLiveCD で立ち上げてみました。

初めのうちは、Ubuntu 8.04 を立ち上げた時よりははマシかな、
と思っていましたが、・・・・・
途中のタイムゾーン設定場面ではモタつきが気になり、
終盤、完全に立ちあがる頃は、イライラが高まってきた。

そして、Firefox を立ち上げてみて、イライラが爆発しました。
(記念に? キャプチャしておきます)
MobaLiveCD_PCLinuxOS.gif


MobaLiveCD はやはりダメでした。

isoイメージファイル(ライブCD)の立ち上げは、(やはり
VMware Player 3 で作った「カラ」のVMマシンを使います。
(「カラ」とはHDDが初期状態と云う意味)

で、立ち上げてみました。この場合の、画面キャプチャです。
VMware_PCLinux.gif

こちらは、ストレス無しで立ちあがります。



因みに、「完成度の高いMandrake Linux派生ディストリビューション」と云う、
2009年7月16日の「PCLinux OS 2009.2」のレビュー記事へのリンクを載せます。
2009 だと日本語化も進んでいるようです。
でも、某ソフトは英語版なので、2007 で充分ですが。            


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10年10月10日リリース10.10

2010-10-12 :  Linux系
10.10 とは、10年10月10日にリリースされた、
Ubuntu(Linux)の最新版のバージョンのことです。
コードネーム:Maverick Meerkat

Ubuntu Japanese Team のニュースには、
Ubuntu1010jp.gif
まだ、完全な日本語のRemix版は無いようです。
(日本語対応版のインストールはできる)

Ubuntu homepageでは、
Ubuntu1010_1.gif

そこで「Desktop Edition」のページから
「Download」のページに行くと
Ubuntu1010_2.gif

デフォルトでは、
ダウンロード対象は、
「Ubuntu 10.10 - latest version」
「32-bit(recommended)」
と成っている。

そのままで、右の大きなボタンをクリックしてダウンロードしました。
693MBでした。

以降は、ガイドの通りですね。

step2:CDに焼く。
  CDライターは、フリーで。
  95 / 98 / ME / 2000 / XP / Server 2003 / Vista : Infra Recorder
  XP / Server 2003 / Vista : ISO Recorder
  Windows 7 : Right-click on an ISO image and choose 'Burn disc image'.
  もっと情報が欲しいときは、BurningIsoHowto を参照。
step3:CDから起動して試す。
step4:HDDにインストールする。


<紙>の場合は、
Ubuntu 10.04 LTS x64」と一緒です。

step2:VMware Player 3 で仮想マシン(VM)を作る。
step3:(ダウンロードした)isoイメージファイルを、
   CDドライブにマウントして起動する。
・・・・・


仮想マシンは、先ずOSとして「Linux」を選び、バージョンを「Ubuntu」とする。
HDD容量はデフォルトの20GB。
CPU は2つ、メモリは2GB、に修正。
(USB、サウンド、ネットワークはデフォルトで設定されている)

以上で、また1台マシンを作りました。
「仮想」ですから、PCはあっと云う間にできます。

但し、
VM の BIOS を設定する」の如く、
BIOS設定画面を出す(F2キーを押下する)ための時間稼ぎが必要です。

起動デバイスのサーチ順序で、CDDをHDDに優先させる設定を行う。


早速、CDからブート。
(Ubuntuの)最初の画面
Ubuntu1010_inst-0.gif

「F2キー」を押すと、言語選択画面になる。
Ubuntu1010_inst-1.gif
当然「日本語」を選んで、進めると、
「どうする?」とでますね。
Ubuntu1010_inst-2.gif

上記のstep3の通り、「試してみる」を選ぶと、
程なくして、立ちあがった。

なお、最初の画面で放置しておくと、こんな英語の画面になる。
Ubuntu1010_inst-3.gif


CDブートで立ちあがったところで、
10.10 で何が変わったか?
「Ubuntu Japanese Team」には、
  ソフトウェア・センターの最初のページに、
  「注目ソフト」と「新着ソフト」という
  ショーウインドウが搭載されました。
とある。
「ソフトウェア・センター」を開いて見ました。
Ubuntu1010_inst-4.gif
これですね。

次の、step4 では、HDDにインストールすることですね。
そうすると「Ubuntu 10.10 i386」マシンができます(VMですけどね)

さて、それからどうするか?         


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Avogadro-MOPAC-Open Babel-Jmol

2010-09-29 :  Linux系
Ubuntu(Linux)で、化学系 MOPAC を使う環境は整った?
Avogadro 「Linux で化学
MOPAC 「Linux に MOPAC 導入
Open Babel 「Linux に Open Babel を導入
Jmol 「Linux で スタンドアロン版 Jmol

これらのソフトを使って、処理をする一連の流れをまとめます。

1.Avogadro で分子構造モデリング
Avogadro で分子構造モデリング」の通り、
(1)Draw ツールで、分子構造を作成し、
(2)「エクステンション」メニューの「構造最適化」で(仮?)最適化を行い、
(3)「エクステンション」メニューの「MOPAC...」でmopac入力ファイルを作成する。
但し、デフォルト設定では、mopac7 では処理できない。
(デフォルトの入力ファイル作成画面)
Avogadro_MOPAC-input.gif


2.テキストエディタで MOPAC 入力ファイル作成
(1)上記 1.(3) で作ったファイル(・・・.mop)を修正して、
(2)ファイル名を「FOR005」として保存する。
(Avogadro の出力ファイル)
MOPAC-mop_x.gif
赤枠の行を修正(必須)
青枠の部分は、mopac7 で警告メッセージを出させない為に修正
ファイル名は緑枠のように修正(必須)
(修正後のMOPAC入力ファイル)
MOPAC-FOR005_x.gif


3.MOPAC7 の実行
  上記 2.で作ったファイル「FOR005」があるディレクトリに移動して、
  「/usr/lib/mopac7/opac7 >FOR006」で実行する。
(コマンド実行)
mopac7_exec.gif
(結果のディレクトリ内)
mopac7_out.gif
の様に、
入力ファイル「FOR005」・・・・・2.で作ったもの
出力ファイル「FOR006」・・・・・今できた、最適構造データ
補助出力ファイル「FOR011」「FOR012」・・・・・MOPAC計算のログ/サマリ
中間ファイル「FOR009」「FOR010」・・・・・計算途中のバイナリデータ
となる。
基本的には、FOR005(入力)と FOR006(出力)でOK?


4.Open Babel でファイル形式変換
  上記 3.でできた MOPAC 出力形式ファイル「FOR006」を
  (例えば)「mol」形式ファイルに、Open Babel で変換する。
ターミナルで、「babel -imopout FOR006 -omol CH3COOH.mol」と打ち込む。
(MOPAC出力ファイル FOR006 を、mol 形式ファイル CH3COOH.mol に変換する)
(コマンド実行)
babel_conv.gif


5.スタンドアロン版 Jmol で表示
  コマンドで、Jmol を起動し、
  「File」メニューの「Open」で、
  上記 4.で作った CH3COOH.mol を読み込む。
(表示結果)
_jmol_mol_x.gif
(赤枠の3つは、上記の各コマンド履歴)


もっとも、「mol」形式ファイルなら、「Avogadro」でも読み込めます。
(4.から1.へ。 Jmol は要らない?)

(Avogadro表示結果)
_Avogadro_mol.gif


また、「Linux で スタンドアロン版 Jmol」で、
  対応ファイルには「MOPAC」が書かれていない?
と書きましたが、
説明文を良く読んでみると、
 「以下を含む、多くのファイル形式に対応している」
と云うことで、そこに書いてあったのは、代表的なものだけだったのですね。
MOPAC出力ファイル(上記 FOR006)は読めました。

と云うことは、
上記手順の「Open Babel で変換」をしなくても「MOPAC」->「Jmol」と繋がる。
(3.から5.へ)


それから、
MOPACの出力は「FOR011」や「FOR012」と思っていましたが、
一般的に云う出力ファイルとは、(デフォルトでは、標準出力となる)「FOR006」だった!

「Winmostar」の用語では、
「FOR005」= ・・・.dat
「FOR006」= ・・・.out
「FOR011」= ・・・.log
「FOR012」= ・・・.arc
と云うことですね。

で、今日の 部活動 は終了です。        


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Linux に Open Babel を導入

2010-09-21 :  Linux系
Jmol で MOPAC出力形式ファイルが読めない(?)のなら、
ファイル形式の変換が必要ですね。
それなら、「OpenBabel」でしょうか。
MS-Windows に入れていました:「OpenBabel for Win GUI」(2009年11月2日)

Linux で化学2:科学?」で書いた、「Linux で科学しよう!」にもありました。
Linux で科学しよう! - Open Babel」では、
  Open Babel は、分子モデリングの分野で用いられている様々なプログラムごとの
  ファイル形式を、相互に変換するプログラムです。
  Pat Waltersさん、Matt Stahlさんによる Babel の、オープンソース版です。
とあります。

早速、Linux(VM の Ubuntu 10.04 x64)で、
「babel」と打ち込んでみました。
Linux_Openbabel-0.gif
(予想通り)入っていませんね。

「次のように入力することでインストールできます:」
と云う指示通り、「sudo apt-get install openbabel」と打ち込むと、
Linux_Openbabel-1_1x.gif

Linux_Openbabel-1_2x.gif
インストールできました。
それで、「babel -H」とすると、今度はOKですね。

このヘルプを見ると、
対応するファイル形式(The following file formats are recognized:)には、
Linux_Openbabel-2.gif
MOPAC の出力:mopout(又はmoo)が読取専用で可。
出力形式では、mol や下の方には、pdb、xyz なんかもある。

ここまで来ると、
「MOPAC」->「OpenBabel」->「Jmol」と繋がる。
その前は、「Avogadro」->「エディタ」-> で「MOPAC」へ?

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。         


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Linux で スタンドアロン版 Jmol

2010-09-19 :  Linux系
分子構造表示ツール:Jmol について、「Linux で Jmol」では動きましたが、
これは、ブラウザ内での Jmol であって、
ローカルのファイルを読み込ませることが出来ない。

一方、ローカルのファイルを読み込ませることも出来る、
「ICSD の Jmol」や「Jmol Crystal Symmetry Explorer」は Linux では動かない?

こうなると、ローカルのファイルを読み込ませることの出来る、
スタンドアロン版 Jmol をインストールしなければ、
「Avogadro」->「MOPAC」->・・・と続くビューアが無い!

Jmol のサイト」には、
  Jmol is a free, open source molecule viewer for students, educators,
  and researchers in chemistry and biochemistry.
  It is cross-platform, running on Windows, Mac OS X,
  and Linux/Unix systems.
  ・The JmolApplet is a web browser applet that can be integrated into
   web pages.
  ・The Jmol application is a standalone Java application that runs on
   the desktop.
  ・The JmolViewer is a development tool kit that can be integrated into
   other Java applications.
と、3種類が載っていますね。
上記のものは、「JmolApplet」と云うのですね。
以下に記すのは、「Jmol application」と呼ぶのでしょうか。
他に、「JmolViewer」もあるんですね。


それで、MS-Windows にスタンドアロン版 Jmol を導入したのは、昨年(2009年2月)でした。
(「部活:ツールあれこれ」)
これは、前のマシンです。(現行マシンには入っていません)


さて、Linux(VM の Ubuntu 10.04 x64)に入れるには、・・・・・
Jmolのインストール」が参考になりますね。
(バージョンが古いので、読み替えが必要ですが)
Linux で、ソフトを導入する方法」で纏めた中の3番目の方法ですね。

似たようなことは前にもやっていました。
昨年(2009年7月7日)の「andLinux:g95 インストール」や、
12月8日の「Zeobuilder 導入:再挑戦」です。


先ず、
 ・ 事前にJREをインストールしておくこと。
これは、済んでいますね。(「Linux で Jmol」)
そして、
 1.ダウンロードサイト(SourceForge.net)からダウンロードする。
今では、「Jmol-12.1.10-full.tar.gz」となっています。
次に、
 2.書庫を解凍し、作成されたディレクトリを適当なところにコピー。
  ・ tar zxvf jmol-11.6.14-binary.tar.gz
  ・ sudo cp -r jmol-11.6.14 /usr/local/etc/
  ・ sudo ln -s /usr/local/etc/jmol-11.6.14/jmol.sh /usr/local/bin/jmol
 のようにPATHの通ったディレクトリに、jmolという名前で、
 jmol.shのシンボリックリンクを置いておくと、・・・
これは、
「/home/kami/Jmol」にダウンロードし、
  cd Jmol
  tar zxvf Jmol-12.1.10-full.tar.gz
  sudo cp -r Jmol-12.1.10 /usr/local/etc/
  sudo ln -s /usr/local/etc/jmol-12.1.10/jmol.sh /usr/local/bin/jmol
としました。

これで、「アプリケーション」->「アクセサリ」->「端末」を起動し、
そのまま、「jmol」と打ち込めば起動しました。

Avogadro で分子構造モデリング」で作った「CH3COOH.cml」を読み込ませてみました。

Linux_local_Jmol.gifクリックで拡大

起動・動作はOKですね。

でも、対応ファイルには「MOPAC」が書かれていない?

Jmol のサイト」には、
対応ファイル形式として載っているのに???

これでは、「MOPAC」計算結果から直接「Jmol」入力が出来ない?
少し、頭を冷やして・・・・・
と云うことで、今日の 部活動 は終了です。          


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Linux で、ソフトを導入する方法

2010-09-17 :  Linux系
Linux と云っても、<紙>の場合は、Ubuntu です。
Ubuntu 以外は、全く分かりません。
と云っても、Ubuntu もまだまだ駆けだしですが。

これまでの、VM マシンの Ubuntu 10.04 での経験を纏めます。
それで、アプリケーション・ソフトウェアを導入するには、・・・・・

一番簡単なのは、
「アプリケーション」メニューの「Ubuntuソフトウェアセンター」から、
表示選択方式で、選んでクリックするだけ。
この方法で「Avogadro」なんかを導入しました:「Linux で化学
(Ubuntuソフトウェアセンターにあるものだけですが)
Ubuntu 10.04 なら本当に簡単です。

次に簡単な方法は、
「システム」メニューの「システム管理」にある
「Synaptic パッケージ・マネージャ」を使う方法でしょうか。
Kalzium インストール」の時に覚え、「Linux に MOPAC 導入」で実践しました。
これも、見つかればですが、ほぼワンクリックで出来ます。

最後(?)に、それでも見つからないときは、
(「wget」と)「apt-get」を使って、ダウンロード・インストールを行う方法でしょうか。
大抵は、そのソフトのインストール手順に載っているハズです。
Zeobuilder 導入:再挑戦」で、
「Zeobuilder」のダウンロードサイトにある「InstallationGuide」に従って成功しています。

なお、新しいものでは、aptitude でしょうか。
  aptitude は apt-get の後継として開発され、コマンドラインの機能はほぼ同じ。
  aptitude install hoge が apt-get update; apt-get install hoge に相当する。
と云うことですかね。
パッケージ管理コマンド対応表」もブックマークしよう。

と云うことで、Linux のメモでした。        


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Linux に MOPAC 導入

2010-09-15 :  Linux系
MS Windows に MOPAC を導入したのは、
昨年(2009年)2月中旬でした。(化学部活:エタノール)

Linux(VMマシンのUbuntu 10.04)にAvogadroを導入(Linux で化学)し、
見よう見まねで、1分子の構造を作り最適化してみました。
(Avogadro で分子構造モデリング)

ここはやはり、本格的に構造最適化してみたい。
それなら、分子軌道法計算ソフトの「MOPAC」の導入ですね。

「MOPAC」の情報については、「Linux で化学2:科学?」にありますが、
Ubuntu のバージョンが合わないとか、インストール手順がイマイチです。

こういうときは、「Synaptic パッケージ・マネージャ」を使うんでしたね。
Kalzium インストール
の時に勉強したハズなのに。(汗;

早速、Synaptic パッケージ・マネージャを立ち上げ、
「mopac」で検索してみました。
Synaptic_mopac1.gifクリックで拡大(別窓)

1番目に「mopac7-bin」が見つかりました。
これを、インストール指定のマークをしようとすると、
その下の「libmopac7-1gf」も一緒に!と来ます。
“はい”と云うことで、「マーク」をクリックしました。

Synaptic_mopac2.gifクリックで拡大(別窓)

これで、(上の)緑チェックマーク「適用」が現れたので、クリックしました。
Synaptic_mopac3.gifクリックで拡大(別窓)

「適用」をクリックすると、数秒で、ダウンロードからインストールまで終了。
Synaptic_mopac4.gifクリックで拡大(別窓)

これでおしまい?
Synaptic_mopac5.gifクリックで拡大(別窓)


で、どこに入ったの?
Linux_mopac7_1.gifクリックで拡大(別窓)
コマンドエラーですね。

再度、Synaptic パッケージ・マネージャで、「mopac7」のプロパティを見ると、
Linux_mopac7_2.gifクリックで拡大(別窓)

「/usr/lib/mopac7」に「mopac7」があるって。

では、とりあえず(パラメータ無しで)・・・・・
Linux_mopac7_3.gifクリックで拡大(別窓)
動いた!

「ファイル・ブラウザ」で見ると、「FOR005」なるファイルが出来ている?
Linux_mopac7_4.gifクリックで拡大(別窓)

そうだった、(オリジナルの)MOPACでは、入力ファイル名は「FOR005」と云った名前で、
出力ファイル名は「FOR011」とか「FOR012」とかと云ったようでした。
(昨年4月の「部活:修行が足りない!」で参照した『Macで遷移構造』で勉強したハズなのに)
MS Windows の「Winmostar」(mopacのフロントエンド)に助けられていて、忘れていた。


とりあえず、Linuxマシン(VM の Ubuntu 10.04 x64)で「MOPAC 7」が動いた。

「Avogadro」と連携して、使いこなそう!!!

1つ気になるものを見つけてしまった。
「avogadro mopac ubuntu」で検索すると、
Lucid_Avogadro.gifクリックで拡大(別窓)

Lucid(即ち、Ubuntu 10.04)において、Avogadro にバグがある。
Avogadro で生成した MOPAC入力ファイルでは MOPAC7 は動かない!

これは、困った。
(手作業が入る、ってことですね。)
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Linux で化学2:科学?

2010-09-14 :  Linux系

昨日(2010年9月13日)の記事「Avogadro って、クロスプラットフォーム!」で、
  Avogadro、日本人にはマイナーなものなのか?
  Linux系がメインのソフトは日本人には向かないのか?
なんて書きました。

Linuxで分子軌道法計算ソフトの「MOPAC」を使っているサイトを検索していたところ、
これはブックマークしなければ、と思ったサイトがありました。
Linux で科学しよう!
です。
  ここでは、メディアラボ が厳選した興味あるアプリケーションを、
  LinuxMLD 7、 MLD 6 および MLD 5 用の RPM パッケージを用意して
  御紹介します (一部のパッケージは LinuxMLD 7 対応は作業中です)。
  アプリケーションの機能紹介だけでなく、使い始め方、
  「はじめの一歩」を解説しています。
とあります。

「メディアラボ」とは、
1995(平成7年)4月 設立の、メディアラボ株式会社 のことですね。
平成7年って新しい(と、昭和人間には思えたが)もう、15年も経っているんですね。
また、LinuxMLD とは、Linux Media Lab. Distribution のこと。
つまり、Linux ディストリビュータですね。


「分野別アプリケーションの御紹介」の一部をキャプチャさせて頂きました。
Media_Lab_AP.gifクリックで拡大(別窓)

最初の「化学・生物学」に分類されているものの中では、
・Garlic -- タンパク質構造(PDB)の可視化
・KUMI -- 分子構造データの Z-matrix エディタ
・MOPAC7 -- 半経験的分子軌道計算プログラム
あたりが気になるものです。

特に、「MOPAC7」は、「Avogadro」との連携ソフトとして探していたものです。

それから、下の方の「電気工学・機械工学・コンピュータ科学」に分類されている、
・Gnome Flow -- 流体の流れをシミュレート
は(そのうち)導入してみたいソフトです。

と云うことで、Linux ディストリビュータとして、
こういうサイトを作っているのは大歓迎です。
ただ、メンテが充分では無い?(最終更新日が [2007/01/25])          



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Avogadro で分子構造モデリング

2010-09-12 :  Linux系
Linux(Ubuntu 10.04)では、
「Avogadro」と云う分子構造エディタがあり、
また、「BALLView」なる分子モデリング&表示ツールがあると書きました。
--->「Linux で化学

「Avogadro」の「分子構造エディタ」って、「モデリング」のことですよね。
つまり、この2つは、ある意味競合するソフトでしょうか。


先ずは、「Avogadro」で例の(?)「CH3COOH」(酢酸)を作ってみました。
いろいろ弄って、どうにかそれらしくなったところで、
さらにメニューを見ていると、
「エクステンション」メニューに「構造最適化」がありました!
他にも、分子軌道法計算ソフトの「GAMESS」や「MOPAC」等々の名前もありますね。

Avogadro_menu_x.gif

とりあえず、構造最適化を行ってみました。
良さそう?

それで、最適化された構造を確認するため、
化学物質検索サイト「ChemSpider」で検索した結果と比べてみます。


  化学物質検索サイト「ChemSpider」は、(結晶はダメのようですが)検索時の
  ポータルサイトとして、大変便利ですね。
  --->4月の「化学式による検索4


ホストマシンで、「ChemSpider」検索結果の「CH3COOH」を、
VM の Linux(Ubuntu 10.04 x64)で、
「Avogadro」でモデリング&最適化したものを、並べてみました

ChemSpider_Avogadro.gif


見た目は一緒?
細かく、原子間距離や角度を測ってみると、
若干異なっていますが、・・・・・

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