物質構造表示ツール一覧改2

2010-04-26 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。

物質構造表示ツール一覧改」を見直しました。

新PCに移ったのを機会に、計算化学系アプリの必要性を精査し、
若干の最新情報を追加しました。
(インストールは、基本的には、VM の Windows XP だが、
 Linux 系アプリは、VM の Ubuntu 8.04 です。)


ツール名(とそのサイトURL)に、ほんの「一言」を加え、
それについて書いた元記事もリンクしておきます。

************************************
ツール名 : 一言
      ・・・・・・・・・・ 記載した記事
------------------------------------
モデリング・構造最適化・その他:

Ascalaph Quantum : 英語。構造作成・最適化(スイート)
                   ・・・サイトURL変わっている。展開するだけ。
     mol、XYZ、PDB、hin
      ・・・・・・・・・・ 「Ascalaph Quantum」

Oscail : 英語。構造作成・最適化(スイート)・・・インストール後リブート要。
     構造作成。MOPAC包含。
      ・・・・・・・・・・ 「Oscail、Moilin って?」

SCIGRESS MO Compact : 構造作成・最適化(スイート) WinMOPAC から改名
                         ・・・体験版(期限有、機能制限無)
     PDB、car、mop(固有:MOPAC相当包含)
      ・・・・・・・・・・ 「SCIGRESS MO Compact」

Facio : 構造作成・最適化(スイート)・・・展開するだけ。
     mol、XYZ、PDB、CIF(限定)、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

Winmostar : 構造作成・最適化(スイート)
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(限定)、多数、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
      ・・・・・・・・・・ 「Winmostar これ1本!」

MOPAC 2009 : 構造最適化計算ツール(半経験的MO)・・・展開しキー登録。
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「MOPAC 2009 導入」

Firefly : 構造最適化計算ツール(非経験的MO)
                ・・・PC GAMESS から名前変更。(インストール予定)
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「PC GAMESS を導入しました。」



構造ビューア:

RasTop : 英語。ビューア・・・展開するだけ。
     PDB、CIF(基本構造のみ)
      ・・・・・・・・・・ 「Rasmol なら RasTop かナ?」

Mercury : 英語。ビューア 有償:機能制限体験版
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

VESTA : 結晶構造ビューア・・・展開するだけ。
     mol、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

Materials Studio : 英語。構造作成・ビューア+α・・・V5には体験版無し?
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(完全)、多数。
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」



Web ブラウザに組み込む/サイトで使用:

ICSD_Jmol : 英語。ICSDが使っているビューア・・・下記Jmol で使える。
     mol、CIF(完全)
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」

Jmol : 英語。ビューア・・・ChemSpiderで検索後表示するときに自動インストール。
     mol、PDB、CIF(基本構造のみ)
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

JME Molecular Editor : 英語。2D構造エディタ・・・サイトで使用。
     エディット。出力として、SMILES、mol
      ・・・・・・・・・・ 「JMEエディタ?」

CORINA : 2D構造3D化・・・サイトで使用。
     SMILES
      ・・・・・・・・・・ 「2D表記を3D構造化」



Linux系マシン用:

CP2K : 構造最適化計算ツール(非経験的MD)・・・g95 でコンパイル・リンクする。
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「“とある”ソフト:CP2K」

Zeobuilder : 英語。ビューア
     XYZ、PDB、zml(固有)・・・(インストール予定)
      ・・・・・・・・・・ 「Zeobuilder 導入:再挑戦」



プログラミング用?・・・(未導入)

PerlMol : 計算化学用 Perl モジュール
     各種:形式変換。
      ・・・・・・・・・・ 「PerlMol」

Open Babel : 構造データ形式変換ツール
     各種:形式変換。
      ・・・・・・・・・・ 「OpenBabel for Win GUI」



その他:

Symyx Draw : 英語。2D構造エディタ(Isis Draw の後継)・・・Windows アプリ
     mol、SMILES、skc(固有)
      ・・・・・・・・・・ 「Symyx Draw 導入」

POVRAY : 英語。描画ツール・・・汎用の画像エディタ・・・インストールしない
     --- 画像
      ・・・・・・・・・・ 「POV-Ray って、なに?」



要らない?・・・新PCには導入しない

Pc3D : 英語。ビューア・・・対応ファイル形式が固有。
     XYZ、pc3d(固有)
      ・・・・・・・・・・ 「PubChem PC3D ビューア」

PyMOL : 英語。ビューア・・・RasMol が良い。
     PDB
      ・・・・・・・・・・ 「PyMOL って、どうかな ?」

RasMol : 英語。ビューア・・・Rastop が良い。
     mol、PDB、CIF(基本構造のみ)、MOPAC形式
      ・・・・・・・・・・ 「Chime、Rasmol は老舗?」

Chime : 英語。ビューア・・・Jmol で十分。
     mol、PDB
      ・・・・・・・・・・ 「Chime、Rasmol は老舗?」

PCW : 英語。結晶構造ビューア・・・結晶データ解析用。
     cell(固有)、txt(ICSD)
      ・・・・・・・・・・ 「PCW って、なに?」

Diamond : 英語。結晶構造ビューア 有償:機能制限体験・・・データ保存不可。
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」



消滅?・・・見つけられなかった。

Molekel : 英語。ビューア
     mol、XYZ、PDB、car、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」

************************************

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