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Linux に MOPAC 導入

2010-09-15 :  Linux系
MS Windows に MOPAC を導入したのは、
昨年(2009年)2月中旬でした。(化学部活:エタノール)

Linux(VMマシンのUbuntu 10.04)にAvogadroを導入(Linux で化学)し、
見よう見まねで、1分子の構造を作り最適化してみました。
(Avogadro で分子構造モデリング)

ここはやはり、本格的に構造最適化してみたい。
それなら、分子軌道法計算ソフトの「MOPAC」の導入ですね。

「MOPAC」の情報については、「Linux で化学2:科学?」にありますが、
Ubuntu のバージョンが合わないとか、インストール手順がイマイチです。

こういうときは、「Synaptic パッケージ・マネージャ」を使うんでしたね。
Kalzium インストール
の時に勉強したハズなのに。(汗;

早速、Synaptic パッケージ・マネージャを立ち上げ、
「mopac」で検索してみました。
Synaptic_mopac1.gifクリックで拡大(別窓)

1番目に「mopac7-bin」が見つかりました。
これを、インストール指定のマークをしようとすると、
その下の「libmopac7-1gf」も一緒に!と来ます。
“はい”と云うことで、「マーク」をクリックしました。

Synaptic_mopac2.gifクリックで拡大(別窓)

これで、(上の)緑チェックマーク「適用」が現れたので、クリックしました。
Synaptic_mopac3.gifクリックで拡大(別窓)

「適用」をクリックすると、数秒で、ダウンロードからインストールまで終了。
Synaptic_mopac4.gifクリックで拡大(別窓)

これでおしまい?
Synaptic_mopac5.gifクリックで拡大(別窓)


で、どこに入ったの?
Linux_mopac7_1.gifクリックで拡大(別窓)
コマンドエラーですね。

再度、Synaptic パッケージ・マネージャで、「mopac7」のプロパティを見ると、
Linux_mopac7_2.gifクリックで拡大(別窓)

「/usr/lib/mopac7」に「mopac7」があるって。

では、とりあえず(パラメータ無しで)・・・・・
Linux_mopac7_3.gifクリックで拡大(別窓)
動いた!

「ファイル・ブラウザ」で見ると、「FOR005」なるファイルが出来ている?
Linux_mopac7_4.gifクリックで拡大(別窓)

そうだった、(オリジナルの)MOPACでは、入力ファイル名は「FOR005」と云った名前で、
出力ファイル名は「FOR011」とか「FOR012」とかと云ったようでした。
(昨年4月の「部活:修行が足りない!」で参照した『Macで遷移構造』で勉強したハズなのに)
MS Windows の「Winmostar」(mopacのフロントエンド)に助けられていて、忘れていた。


とりあえず、Linuxマシン(VM の Ubuntu 10.04 x64)で「MOPAC 7」が動いた。

「Avogadro」と連携して、使いこなそう!!!

1つ気になるものを見つけてしまった。
「avogadro mopac ubuntu」で検索すると、
Lucid_Avogadro.gifクリックで拡大(別窓)

Lucid(即ち、Ubuntu 10.04)において、Avogadro にバグがある。
Avogadro で生成した MOPAC入力ファイルでは MOPAC7 は動かない!

これは、困った。
(手作業が入る、ってことですね。)
と云うことで、今日の 部活動 は終了です。       


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