Mathematica で、PDB to 3DS

2010-12-27 :  理科部 部活

化学物質構造記述ファイル形式」で書いていましたが、
Mathematica は、数学的処理アプリケーションですが、
化合物(分子等)の構造データを読み書きできる。
つまり、形式変換ができる。

どんな形式が読めて、どんな形式で書き出せるのか?
調べてみると、(主なもののみ)
「分子モデル形式」では、
  「PDB」を読める。
  「MOL」を読み書きできる。
  「XYZ」を読み書きできる。
「CAD関連形式」では、
  「DXF」を読み書きできる。
「モデリングおよび描画形式」では、
  「3DS」を読み書きできる。
「3D表示形式」では、
  「X3D」を書き出せる。
  「VRML」を書き出せる。
「3Dオブジェクト幾何形式」では、
  「OBJ」を読み書きできる。

ここで、注目するのは、
「PDB」「MOL」を読み込んで、
「VRML」「DXF」「3DS」「OBJ」で書き出す。

分子構造図 3D PDF 化」の観点からすると、
「VRML」で出力しても、もう1段階必要になるけど。

そこで、「PDB」を読み込んで、
「VRML」「OBJ」「3DS」で出力してみました。
(「MOL」入力や「DXF」出力は未確認)

Math_pdb2wrl3ds.png

出来た「VRML」は、
常用Webブラウザ Firefox のプラグイン:Cortona3D Viewer で見てみると、
鮮やかさに欠ける(?)けど、カラー表示していました。

「OBJ」は「Bentley View V8i」で3D PDFは作れましたが、
モノクロームでした。

「3DS」からはカラー表示の3D PDF が出来ました。
(初めて成功したカラー表示の 3D PDF です。「紙さんHP」に載せておきます)

結局、分子構造図を3D PDF化する。しかもカラー表示で。・・・
ならば、
(必要なら、OpenBabel 等でPDBに変換し)
PDB -> 3DS : Mathematica
3DS -> PDF : Bentley View
となります。

但し、大問題が1つ。
「Mathematica」は非常に高価なソフトである。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了。   


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こんばんは

3D PDF 完成ですね
マウスをクリックすると色が変わりますね
これで回転すると楽しいですね
解らないことを言って御免なさいね

喜サンタ さんへ

いらっしゃいませ。
はい、条件付き(有償ソフト)ながら、
分子構造図をカラー表示の 3D PDF 文書化することが出来ました。
それで、クリックで色が変わるのは何故だか分かりません。
元に戻すには、右クリックで「コンテンツを非アクティブにする」として、一旦消して、
出てくる「?」アイコンをクリックして再表示させる。
次は、フリーソフトで出来ないか?・・・です。
今後ともよろしくお願いいたします。

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