PDB to to to PDF(3D)

2011-01-29 :  理科部 部活

分子構造データ(PDB形式)から 3D PDF に変換する方法として、
Mathematica で、PDB to 3DS」変換を行い、
Bentley View V8i」で、読み込み、
PDF出力(3D)すれば、出来ました。
この方法だと、2ステップなのですが、「Mathematica」が、・・・・・


それで、VM の、MS-Windows XP マシンに導入した。
VRML to 3DS コンバータ:AccuTrans 3D」を使います。

前回は、「VRML形式データ .wrl は一筋縄ではいかない」と、
テストに使った「VRML形式データ」で苦労しました。
でも、別のデータ(PDB形式データ)を使って出来ました。


やり方は、3ステップです。

0.まず、PDB形式データを入手します。
1.バッチプログラムの「pdb2vrml.exe」で、
 PDB形式データをVRML形式データに変換する。
2.「AccuTrans 3D」で、
 VRML形式から 3DS形式に変換する。
3.最後は、「Bentley View V8i」で、
 3DS形式データをPDF(3D)出力する。


それで、
PDB to VRML Converter」で書いた手順通りですが、
テストデータとして、
木原先生のサイトの、「PDB形式分子構造データ集
から、
  a: 鎖式化合物(Aliphatic Compunds)
  a3: アルコール(Alcohols)
  a3-2  二価アルコール(Dihydric Alcohols)
にある、
  a0005.pdb  C3H7O2Cl
  3-クロロ-1,2-プロパンジオール(3-Chloro-1,2-propanediol)
をダウンロードさせて頂きました。
(当然ながら、Webブラウザは Firefoxです)

この「a0005.pdb」に対して、DOS窓で、
「pdb2vrml.exe a0005」と打ち込んで変換。
これは、「a0005.pdb」から「a0005.wrl」に変換する意味。
その表示形式は、デフォルトの「/display:B」(球棒形式出力)です。
(「pdb2vrml a0005 /display:B」と同じ意味)

次に、「VRML to 3DS コンバータ:AccuTrans 3D」で書いた如く「.3ds」形式に変換。
これは、GUIプログラムなので、メニュー選択のマウス操作です。


最後は、「3D PDF 作れました(Bentley View V8i で)」の通りです。

結果のpdf文書は、「<紙>さんHP」に載せます。
よろしかったら、見てやって下さい。 <(_ _)>
と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。     


見ていただきありがとうございました。
お帰りに投票して頂けると嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン

日記@BlogRanking    
関連記事
スポンサーサイト

コメントの投稿

管理者にだけ表示を許可する

おきてがみ/blogram
blogram投票ボタン



おきてがみ

最新記事
カレンダー
09 | 2017/10 | 11
1 2 3 4 5 6 7
8 9 10 11 12 13 14
15 16 17 18 19 20 21
22 23 24 25 26 27 28
29 30 31 - - - -
月別アーカイブ
カテゴリ
最新コメント
検索フォーム
リンク
プロフィール

<紙>

Author:<紙>
ようこそ。
「パソコンヲタクの雑記帳」
もろもろなことを綴っています。
パソコン ヲタクってねくら?
画像は kami でなく kani です。

カウンター(fc2、i2i) /Google Analytics


i2i(from 2010-08-24)
Total =
Today  =  
Yesterday=
アンチエイジング

Google Analytics
ブックマーク