化学物質構造図の3D PDF化:中間まとめ2

2011-02-02 :  理科部 部活

1月3日の「化学物質構造図の3D PDF化:中間まとめ」の後、

MolVRML も MeshLab と一緒?」で、
  「PDB to VRML Converter 2」で書いた、
  化学物質構造(PDB形式データ)をVRML形式に変換する「MolVRML

VRML to 3DS コンバータ:AccuTrans 3D」で、
  VRML 形式から 3DS 形式に変換できる「AccuTrans 3D

フリーの 3D CG ツール:Blender」で、
  VRML形式データが読めて、3DS等の各種CADツール形式で出力できる、
  3DCGアニメーションを作成するための統合環境アプリケーション「Blender

等について書きました。

そして、或る意味 決定版(?)と思える、「AccuTrans 3D」を使った手順を、
PDB to to to PDF(3D)」で書きました。


ここで、「化学物質構造図の3D PDF化:中間まとめ2」を行います。
(ツール名の後の○△×は独断的評価)

MOL等 -> PDB
 OpenBabel for Win GUI(Free) ○
   90種類以上の化学用ファイル形式を、読み書き・変換できる。
 物質構造表示ツール一覧(大半はFree) ○
   幾つかのツールは、PDB 形式での出力が可能。

PDB -> VRML
 Jmol(Free) ○
   ローカルの構造データの読み込みが可能。カラーで出力。
 PDB2VRML.exe(Free) ○
   コンソール・アプリ。カラーで出力。
 Mathematica(¥¥¥) ○×
   カラーで出力。
 MolVRML(Free) △
   カラーで出力。球棒モデルに成らず?(球だけ)

VRML -> 3DS等
 meshconv(Free) △
   obj では成功。DXF では次の入力でエラー。3DS は未確認。色情報は未対応。
 gCAD3D(Free) ×
   上手く読み込めない。
 MeshLab(Free) ×
   試したVRMLでは、geometryデータ無しで読み込めない。
 AccuTrans 3D(30 days) ○△
   カラーで出力。(trial period of 30 days)
 Blender(Free) ×
   フリーのCGソフト。X3D/VRML 読込カラー表示だが、上手く出力出来ない?

PDB -> 3DS等
 MeshLab(Free) △
   PDB の種類により成功不成功あり。DXF、3DS、obj のどれでも成功。球棒にならない。
 Mathematica(¥¥¥) ○×
   カラーで出力。(3DS のみ確認)

3DS等 -> PDF(3D)   3DS は代表( DXF、obj も同等 )
 Bentley View V8i(Free) ○
   フリーのツールはこれだけ?
   本家は、Adobe Acrobat Distiller(¥¥¥) ○×

以上で、シェアウェアを使えば、カラー画像にすることができました。
なお、有償ソフト(相当高価)を使えば、手順が少なくて済む。


-・・・ -・-
補足ですが、上記でVRML形式データ化した場合の確認には、
常用のWebブラウザ Firefox に組み込んだ「Cortona3D Viewer」を使っています。
いささか、操作性に不満はありますが、
多用するものではないので、このまま使っています。
もっと気に入った操作性のものがあれば乗り換えますが、・・・・・
・-・ - -・


何とか、完全フリーで、カラーの3D PDF文書化の方法を見つけたい。  <(_ _)>

と云うことで、今日の化学部活動は終了。   


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