pdb2vrml.pl 開発:調査1 PDB 仕様

2011-02-17 :  理科部 部活

PDB to VRML プログラム開発:計画」で、
Perl によるプログラム開発計画を立てたので、
先ずは、「PDB」形式データの調査です。

分子(に限らないが)構造を表すには、

「Atom」情報・・・原子の種類は何か、その座標は
「Bond」情報・・・どの原子とどの原子が結合しているか
の2種類が必要で、これがあれば十分(?)ですね。

これまで、幾つかの「PDB」ファイルを見てきたが、
似ているようで違うものが多い。

それではと、本家の仕様書を探しました。

PDBデータの書式」でしょうか?
此は日本語のページなので、助かります。
そこにある、
  各レコードの簡易版説明(日本語)
を見てみました。

  「アミノ酸や核酸の原子座標」とある「ATOM」と、
  「標準グループ以外の原子座標」とある「HETATM」が、
「Atom」情報
ですね。
そして、
  「座標情報のある原子間の結合に関する情報。
   標準残基の結合表で書かれていない、HETグループ等に
   対して各原子の識別番号を使って表記される」
とある「CONECT」が、
「Bond」情報
ですね。

固定カラムのテキストデータです。

例えば、「ATOM」の説明では、
原子名は、13 -- 16 の4桁、
元素記号は、77 - 78 の2桁、
そして、X,Y,Z の各座標値は、8桁。
ですね。

いろいろ、レコードタイプや、
属性のカラムがあるけど、
この辺りが必要なデータです。

オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

調査を続けます。 今日の 化学部活動 は終了。   

・--・ ・・・
新規に導入した Web ブラウザ「Safari」も勉強します。


見ていただきありがとうございました。
お帰りに投票して頂けると嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン

日記@BlogRanking    
関連記事
スポンサーサイト

コメントの投稿

管理者にだけ表示を許可する

おきてがみ/blogram
blogram投票ボタン



おきてがみ

最新記事
カレンダー
07 | 2017/08 | 09
- - 1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31 - -
月別アーカイブ
カテゴリ
最新コメント
検索フォーム
リンク
プロフィール

<紙>

Author:<紙>
ようこそ。
「パソコンヲタクの雑記帳」
もろもろなことを綴っています。
パソコン ヲタクってねくら?
画像は kami でなく kani です。

カウンター(fc2、i2i) /Google Analytics


i2i(from 2010-08-24)
Total =
Today  =  
Yesterday=
アンチエイジング

Google Analytics
ブックマーク