pdb2vrml.pl 開発:調査2 VRML 仕様

2011-02-18 :  理科部 部活
PDB から VRML に変換するプログラム、Perl で作ることにした。
pdb2vrml.pl 開発:調査1 PDB 仕様に続いて、
「VRML」形式データの調査をしました。


VRML については、ソースを殆ど見たことが無かったので、
バッチアプリ「pdb2vrml.exe」の出力を眺めてみました。

「Atom」に関しては、

 Transform {
  children [
   Shape {
    appearance Appearance { material Material { diffuseColor 0.6 0.6 1.0 } }
    geometry Sphere { radius 0.4 }
   }
  ]
  translation -1.8765 0.0000 -4.9007
 }

の様に記述すると色つきの球状物体が表示されるようですね。


「Bond」に関しては、

 Transform {
  children [
   Shape {
    appearance Appearance { material Material { diffuseColor 1.0 1.0 1.0 } }
    geometry Cylinder {
      radius 0.0800
      height 1.9920
    }
   }
  ]
  translation -1.8765 0.0000 -3.9047
  rotation 1.0000 0.0000 0.0000 1.5708
 }

のように生成されているようです。

そうすると、
「Atom」については、原子の種類と位置(座標)は分かるので、
    表示色をどうするか。球の大きさ(半径)は?
「Bond」については、2点の座標があるので、
    それを結ぶ円柱を表示させる方法が必要。


「VRML」の本格的な勉強はしたくないので、
簡単に仕様が分かるものは無いか?
・・・・・

仮想世界の体験と構築」とか、
VRML2.0 TUTORIAL」とか、
をつまみ食いさせていただきます。


気になったのは、

VRML では、円柱を表現するには、始点・終点を指定するのではなく、
初期値がY軸方向に位置しているので、
3次元空間内を平行移動させて、
あるベクトル(方向)軸の周りに回転させて表示する。

と云ったことのようで、
上記のサンプルでは、
「radius」「height」・・・此は理解できる。
の後に、
「translation」「rotation」がある。

「translation」・・・此は理解できる。
問題は、「rotation」ですね。
パラメータは4つ!

つまり、あるベクトルを表すのに3つ。回転角度で1つ。
と云うことですか?

2点間のベクトルとY軸との角度、法線ベクトルが必要!

これは、・・・数学的な知識が必要ですネ。

大変ダ。これも勉強。
Perl によるプログラム開発、コーディングに入るのはまだまだ先。

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了。   


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