pdb2vrml.pl 開発:設計 座標変換

2011-02-23 :  理科部 部活

PDB から、VRML へデータ形式変換を行う「Perl」によるプログラムを作りたい。

pdb2vrml.pl 開発:調査2 VRML 仕様」まで来ましたが、
勉強が必要となった、3次元座標変換(?)の勉強をしました。


原子間を結ぶベクトルと、Y軸を表すベクトルに関して、
この2つのベクトルから平面が決まる。
そして、この平面に垂直なベクトル(法線ベクトル)は、
どうやって求める(計算する)?

内積と外積」ですね。

思い出しました。昔々習ったものですね。


これで、法線ベクトルが求まり、
さらに、上記2つのベクトルのなす角度を求めると、
・・・・・
「Bond」情報から「VRML」を生成出来る。
・・・頑張ります。

ダメだ。まだ決めることがある。
pdb2vrml.pl 開発:調査2 VRML 仕様」で書いた通り、
原子を表示するときの球の「大きさ」「色」をどうするか?
結合棒の「太さ」「色」も。

これらは、設計の前に調査が必要。
手戻りですね。
(ソフト開発には付きもの???)


・--・ ・・・
pdb2vrml.pl 開発:調査1 PDB 仕様」に追加します。

PDB File Format」にある、
  Documentation describing the PDB file format is available from the wwPDB at
  http://www.wwpdb.org/docs.html.
の、最初の「HTML」の、

Coordinate Section」に、
「ATOM」「HETATM」のレイアウトの説明があり、
Connectivity Section」に、
「CONECT」のレイアウトの説明がある。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

今日の 化学部活動 は終了です。   


見ていただきありがとうございました。
お帰りに投票して頂けると嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン

日記@BlogRanking    
関連記事
スポンサーサイト

コメントの投稿

管理者にだけ表示を許可する

おきてがみ/blogram
blogram投票ボタン



おきてがみ

最新記事
カレンダー
07 | 2017/08 | 09
- - 1 2 3 4 5
6 7 8 9 10 11 12
13 14 15 16 17 18 19
20 21 22 23 24 25 26
27 28 29 30 31 - -
月別アーカイブ
カテゴリ
最新コメント
検索フォーム
リンク
プロフィール

<紙>

Author:<紙>
ようこそ。
「パソコンヲタクの雑記帳」
もろもろなことを綴っています。
パソコン ヲタクってねくら?
画像は kami でなく kani です。

カウンター(fc2、i2i) /Google Analytics


i2i(from 2010-08-24)
Total =
Today  =  
Yesterday=
アンチエイジング

Google Analytics
ブックマーク