Symyx Draw + Jmol

2011-04-18 :  理科部 部活
.
日化辞Web + J-ICE(Jmol_S)」では、
両方とも Webアプリでの方法でした。

今回は、「Symyx Draw」と「Jmol」共に、オフラインアプリで、
分子構造を「お絵かき」し、「構造最適化」を行う。

「Symyx Draw」による「硫酸の構造」のときは、
硫酸(H2SO4)を「お絵かき」し、
「CORINA」の「Online Demo」版で3D化しました。

今回は、
「Symyx Draw」で作った構造を、
オフラインアプリ「Jmol」によって3D化する。

「Symyx Draw」の導入は、ここで書いた 通りです。
ダウンロードサイトは「Symyx Draw 無償版」です。

「Jmol」オフライン版は、
ここでも書いていますがJmol のサイト」からダウンロード。
現在の最新版は、「Jmol-12.0.40-binary.zip (16.1 MB)」ですね。
(<紙>がダウンロードしたときは、12.0.39 でした。)

「Symyx Draw」で描いた結果は「MOL」形式でセーブする。
(「SMILES」形式ではない)

このmol形式ファイルを、「Jmol」アプリで読み込むと、
H2SO4_Symyx_Jmol.png

これを、
「Computation」メニューの「Optimize Structure」で計算させると、
H2SO4_Symyx_Jmol_opt.png

3D化されました。

この、3D構造の座標値データを保存するには?・・・

右クリックメニューの「File」メニューではダメ。

上に並んでいる「File」メニューの中の「Export」の、
「Write State...」では、「.spt」ファイルでなら出来る。

「mol」形式で出力するには、「Console」を出して、
「write mol optimize.mol」(例)を実行すると、
Jmol アプリを展開したフォルダ内に「optimize.mol」ファイルが出来る。


と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   


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