Discovery Studio Visualizer:分子構造表示ツール

2011-04-22 :  理科部 部活
.
左欄「リンク」に載せている、「物質構造表示ツール一覧」に、
「Materials Studio」を挙げています。
(補足:このページ内のリンク先が旧ブログ内だったので、更新しています)
正確には、「Materials Studio Visualizer」のことで、
Winmostar」にはある計算機能を省いた、
表示するだけのツールです。(略称「MSV」)

この「Materials Studio」と兄弟分でしょうか?
Discovery Studio」があります。
同じ、「Accelrys」社の製品です。
  The integrated modeling and simulation solution for
  both small molecule and biotherapeutics-based research
無理矢理(?)訳すと
  小さな分子と、biotherapeutics(バイオ+治療学; 療法)ベースの研究
  用の、モデリングとシミュレーションを統合したツール ?
と云うことで、
  Discovery Studio is a software suite of life science
  molecular design solutions for computational chemists and
  computational biologists.
これも、
  Discovery Studio は、計算化学者・計算生物学者向けの、
  生命科学領域の分子設計のためのソフトウェアスイートである。
でいいのかな?
なんて書いてあります。
でも怪しいので、
日本語の「Discovery Studio」の説明を見ます。
  Discovery Studioは、グラフィックスインターフェースを中心に、
  各種の計算モジュールや付加機能(オプション)を組み合わせる
  ことによって、タンパク質などをモデリング、計算シミュレーションを
  行うことができるツールです。
  ラボラトリーが所有管理するDisocvery Studioのモジュール群は
  以下のとおりです。
  ・・・・・
と、相等立派なソフトです。
でも、
上記「Accelrys」社のページの下の方に、
  Free molecular visualization software
と云うことで、
  If you do not need access to the expert-level analysis tools
  in Discovery Studio, but do need a commercial-grade graphics
  visualization tool for viewing, sharing,
  and analyzing protein and modeling data,
  you can download the free DS Visualizer program,
  which includes ActiveX Control for interactive 3D visualization.
です。
つまり、表示するだけのツール「Discovery Studio Visualizer」は Free(タダ)。
略称「DS Visualizer」更に略して「DSV」
Discovery Studio Visualizer 3.0」から、
ダウンロードできます。
「MSV」は結晶(無機化合物)用で、「DSV」は有機化合物(タンパク質)向け?
「Materials」って「物質」ですが、結晶等の無機系?
「Discovery」って「発見」ですが、医薬品とか有機化学系の研究・開発用?

でも、DSV でも結晶構造表現用データファイル「.cif」ファイルが読み込めました。
また、MSV でも有機化合物を表示できます。

MSV の最新版では、体験版は無く、1つ前の版で、期限付き体験版でした。
でも、DSV は期限無しで使えます。

いつもの「a0005.pdb」を読み込んでみました。
DSV_a0005_pdb.png
(DSV は、昨年11月にダウンロードしたもので、2.55 です。)
綺麗に見られますね。
でも、「quartz.cif」では、結合状態がイマイチ、
と云うか(結合関係が)ダメですね。
DSV_quartz_cif.png


まあ、ローカル(オフライン)で、分子構造(主にPDB形式ファイル?)
生体化学(?)「分子」と呼べるもの
を見るのなら、
この「DSV」も悪くはない(なんて生意気でしょうか)ですね。

オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。   


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