Jmol:分子構造モデリングツール

2011-05-08 :  理科部 部活
.
Jmol で分子構造最適化」で、
  「Jmol」の構造表示領域内で右クリックするとメニューが現れますが、
  そこに「Computation」メニューが有り、
  その下に「Optimize Structure」と出てきました。
と書きましたが、

「Computation」メニューにはサブメニューが2つある。
2番目「Model kit」サブメニューは、
実は、分子構造のモデリングの事だったのですね。
つまり、
このメニューは、2年ほど前に書いた、「Winmostar これ1本!
に対抗する、正に「Jmol これ1本!」でしょうか?

こんなブログ(?)記事も見つけました。(2011/03/24 の記事?)
3D分子モデルを閲覧、作成ができる「Jmol 12.0.34」
です。
  ・・・・・
  組成式や分子式はおぼていなくても、分子の立体構造を見るとなんとなく
  わくわくしないでしょうか。現在は3Dモデルがインターネット上で多く
  配布され、分子がどのような形をしているかの理解の手助けになります。
  ・・・・・
  今回は配布されている分子構造を閲覧するためのソフト
  「Jmol 12.0.34」をご紹介します。
  zipファイルを公式サイトからダウンロードして解凍します。
  ソフトウェアのインストールは不要ですが、
  起動するためにはJava Platform SEが必要です。
  ・・・・・
  さらに、Jmolは分子モデルの作成まで出来ます!
  ・・・・・
   (この間は、モデリングの手順を解説)
  ・・・・・
  操作が簡単で、初心者でも簡単に扱えると感じました。
  またJmolはwebページ上でも分子構造の表示に使えることから広く普及して
  いるため、Jmolを使うためのマニュアルや参考サイトも充実しています。
  3D分子モデルの表示のみならず、
  作成もできるあたりが面白かったと思います。
  化学の学習の手助けにもなるかもしれません。
と書かれています。

上のブログ記事は、
改めて、Jmol の勉強:Java と JavaScript
で書いた、「Jmol application」(ローカルで実行するソフト)についてですが、
Web版(?)の「JmolApplet」でも一緒です。
現在(5月8日)では、「12.0.42」でした。

「Jmol 12.0.XX」で、モデリング&構造最適化が出来るようになった?

なお、「J-ICE」等の「JmolViewer」(開発者向け)は 12.1.XX ですね。
(今は、12.1.40_dev(signed) )
J-ICE_Jmol_Ver.png

少し触ってみましたが、
昨日の記事「医薬品、アミノ酸」で書いた、
「医薬品」「アミノ酸」の様な、
生体分子(?)では簡単にモデリングできますね。
<紙>は鉱物系が興味の中心ですが、・・・・・

何かの参考になりましたら、幸いです。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   


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