CCDCから構造データ入手

2011-05-09 :  理科部 部活
.
先日書いた「カーボンナノチューブに似た新物質」について、
座標データの入手方法に関するコメントをいただきました。

CCDC」の、
CCDC CIF Depository Request Form」ページから要求出来る。
しかも、「Free of charge」(タダ)で!

この「CCDC」とは、
  The CCDC is a non-profit, charitable Institution whose objectives are
  the general advancement and promotion of the science of chemistry and
  crystallography for the public benefit.
   The CCDC serves the scientific community through the acquisition,
  evaluation, dissemination and use of the world's output of
  small molecule crystal structures by:
  ・ Compiling the Cambridge Structural Database (CSD) -
    the world repository of small-molecule crystal structures
  ・ ・・・・・
とあり、
左欄の「リンク」に載せている「物質構造表示ツール一覧
で纏めている、構造ビューア「Mercury」の提供元。

「Depository」って、「保管場所」ですね。
つまり、論文に書いてある化学物質(分子や結晶構造)の座標データ(CIF形式)は、
「CCDC」に登録されているなら、
論文名と、登録番号を指定して、入手が可能。


早速、CIFデータの要求フォームに必要事項を記入して、
「806977.cif」を要求しました。
暫く待っていると、メールでデータファイルが届きました。
ccdc_806977_mailx.png化学系、 医薬品やアミノ酸のデータ。


そこで、表示してみました。
使用したのは、最近よく使う「J-ICE」
左欄の「ブックマーク」にも載せている(J-ICE

「J-ICE」サイトの右上の赤文字の「TRY J-ICE ONLINE」を立ち上げて、
「806977.cif」を読み込み、
「cell」メニューの「supercell」で、
a:1 b:1 c:5 として、「pack」ボタンをクリック。
J-ICE_Pack_115.png

それから、「Jmol」領域で、右クリックメニューから、
 「背景色」を「黒」に、
さらに、「スタイル」を、
 「Perspective Depth」を on
 「Unit cell」を off
 「Axes」を off
 「Bonds」は 0.10A
 「Atoms」は 15%
にした。
こんな画像です。
J-ICE_806977.png薬事法やIT関連。

この画像とは若干異なるが、・・・・・

文献に、CCDCに登録してあると書かれていれば、
その「文献」「著者」と「CCDC登録番号」により、
構造データが入手できる。
しかも無料で。

オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   

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