CML(Chemical Markup Language)

2011-12-17 :  理科部 部活
本日のテーマ:VM、Linux、Firefox、化学、IT関連、C言語、パソコン。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日のその後の観察で、
「Linux」がスコア・アップで3位から2位にアップ。
「カルシウム」がスコア変わらずで9位から10位にダウン。
なので、ランクの数、18、9、2、0、1、 1、0、0、0、1(46)、
換算ポイントは、268pt となった。
で、これが昨日の確定値。
今朝になって、
「アミノ酸」がスコア・ダウンで5位から6位に後退。
なので、ランクの数は、18、9、2、0、0、 2、0、0、0、1(46)となり、
換算ポイントが、267pt に下落。
・-・ - -・

さて、本文。

「CML」と云っても、何の略か分からなそう?
因みに「CML」でGoogle検索してみたが、
CML - Wikipedia
  Changin' My Life(バンド)。mycoも参照。
  慢性骨髄性白血病 (chronic myelogenous leukemia)。白血病#分類も参照。
  Computer Mediate Language instruction。CMIも参照
などとなる。

そこで、「CML Chemical」とすると、
Chemical Markup Language - Wikipedia, the free encyclopedia
が見つかる。
   CML(Chemical Markup Language) is an approach to managing molecular
  information using tools such as XML and Java.
  It was the first domain specific implementation based strictly on XML,
  first based on a DTD and later on XML Schema, the most robust and
  widely used system for precise information management in many areas.
  It has been developed over more than a decade by Murray-Rust, Rzepa and
  others and has been tested in many areas and on a variety of machines.
   Chemical information is traditionally stored in many different file types
  which inhibit reuse of the documents. CML uses XML's portability to help
  CML developers and chemists design interoperable documents.
  There are a number of tools that can generate, process and view CML documents.
  Publishers can distribute chemistry within XML documents by using
  CML, e.g. in RSS documents.
   CML is capable of supporting a wide range of chemical concepts including:
  molecules
  reactions
  spectra and analytical data
  computational chemistry
  chemical crystallography and materials
   Details of CML and points currently under discussion are
  now posted on the CML Blog.
と(英文)なので、

「CML 化学」で検索しても、イマイチ。

「CML 化学 言語」で検索すると、
化学マークアップ言語 - Qwika
が見つかった。
でも、上記の「Wikipedia」の機械翻訳?
  Qwiki > 日本語 > en.wikipedia.org (日本語に翻訳される機械)
です。
内容は、
  化学マークアップ言語
   CML(Chemical Markup Language は) 管理するべき新しいアプローチである
  分子 用具を使用して情報のような XML そして ジャワ。
  それは厳しく基づいている SGML、 多くの地域の精密な情報管理のための最も強く、
  広く最も使用されたシステム。
  それは数年に開発され、多くの地域でそして色々な機械でテストされた。
   CML は文書の再使用を禁じた多くの異なったファイル・タイプで貯えられるのが
  常であった。 CML の開発者及び化学者がジャンボまたはJmol のブラウザからの
  CML ファイルにアクセスするのを助けるのにCML はXML の可搬性を使用する
  (ジャワ 必要がこれらのブラウザを使用するためにある)。
   CML's の根の要素は"分子" と示される。 CML 文書の要素のいくつかは
  次のとおりである:
  atomArray (分子の子供の要素)、stringArray、そしてfloatArray(分子の子供の要素)。
  また見なさい
   文書のマークアップ言語のリスト
   文書のマークアップ言語の比較

  外的なリンク
   化学マークアップ言語(CML)
   元の(古い) 場所
と、些か変な日本語です。

まあ、
<紙>の解釈では、化学(分子構造とか)に関する
XML(Extensible Markup Language) - Wikipedia
のようなものでしょうか?

本家(?)「Chemical Markup Language | CML」には、
  Chemical Markup Language - CML

  XML is a mainstream approach providing semantics for science, such as MathML,
  SBML/BIOPAX (biology), GML and KML (geo) SVG (graphics) and NLM-DTD, ODT and
  OOXML (documents). CML provides support for most chemistry, especially
  molecules, compounds, reactions, spectra, crystals and
  computational chemistry (compchem).

  CML has been developed by Peter Murray-Rust and Henry Rzepa since 1995 and
  is the de facto XML for chemistry is accepted by publishers and has more
  than 1 million lines of Open Source code supporting it.
  CML can be validated and built into authoring tools
  (for example the Chemistry Add-in for Microsoft Word).

とある。

それで、元に戻って、Wikipedia の中を見ると、
  See also
  ・List of document markup languages
  ・Comparison of document markup languages
  ・Software importing and exporting a valid CML format
    ・Bioclipse
    ・CDK
    ・JOELib
    ・OpenBabel
    ・Avogadro
  ・Joint Committee on Atomic and Molecular Physical Data (another well-known standard, especially for spectroscopic data)
  ・Blue Obelisk community for Open Source chemical software
とあった。

「Avogadro」がある。
当ブログ内を検索すると、
search : Avogadro」と、
十数件みつかる。
昨年9月に集中して書いていた。
10日の「Linux で化学」で、
インストールから始まり、
12日に「Avogadro で分子構造モデリング」で、
使ってみた。
そして、29日の「Avogadro-MOPAC-Open Babel-Jmol」で、
一応の纏め?

そう、<紙>は「VMware Player」によるVMマシンで、
Linux(と云っても Ubuntu)を立ち上げ、
そこも、化学系アプリを動かしている。


また、
「CML」形式ファイルの変換は、「OpenBabel」で出来る。
とある。


すこし、「CML」について勉強してみる?


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   


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