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CMLのサンプル

2011-12-20 :  理科部 部活
テーマ:医薬品、化学、アミノ酸、VM、LINUX、Ff、医薬品業界。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日のその後の観察では、
10:20頃に「カルシウム」がスコア変わらずで9位から10位にダウン。
なので、ランクの数は、20、7、2、1、0、 1、0、0、0、1(46)となった。
換算ポイントは、274pt で変わらず。
で、これが昨日の確定値。
今朝は、
それなりにスコアの増減はあるが、
ランクの変動に至るまでは無かった。
なので、ランクの数は、20、7、2、1、0、 1、0、0、0、1(46)のまま、
換算ポイントも、274pt のまま。
・-・ - -・

さて、本文。

先週(11-12-17)に、
CML(Chemical Markup Language)
を書いた。

それで、
昨年(10-09-10)「Linux で化学」で作った
VM の Ubuntu 10.04 (x64) を久しぶりに立ち上げてみた。
なんと「CH3COOH.cml」なるファイルがあった。
CMLファイルを作っていたんだ。

よく調べてみると、「Avogadro」の出力ファイルのデフォルトは「CML」だった。

「CH3COOH.cml」をホストにコピーして中身をみた。

以下がその中身(行頭の半角空白や、<、>、記号は全角に変えている)
-------------------------
<molecule>
 <atomArray>
  <atom id="a1" elementType="C" x3="-3.285813" y3="2.086088" z3="-0.029516"/>
  <atom id="a2" elementType="C" x3="-2.150300" y3="1.108589" z3="-0.018958"/>
  <atom id="a3" elementType="H" x3="-1.604323" y3="1.187980" z3="0.924031"/>
  <atom id="a4" elementType="H" x3="-1.485245" y3="1.296901" z3="-0.865830"/>
  <atom id="a5" elementType="H" x3="-2.546080" y3="0.093613" z3="-0.118628"/>
  <atom id="a6" elementType="O" x3="-4.462131" y3="1.775619" z3="0.064784"/>
  <atom id="a7" elementType="O" x3="-2.873496" y3="3.369279" z3="-0.128110"/>
  <atom id="a8" elementType="H" x3="-1.903384" y3="3.465759" z3="-0.184510"/>
 </atomArray>
 <bondArray>
  <bond atomRefs2="a1 a2" order="1"/>
  <bond atomRefs2="a2 a3" order="1"/>
  <bond atomRefs2="a2 a4" order="1"/>
  <bond atomRefs2="a2 a5" order="1"/>
  <bond atomRefs2="a1 a6" order="2"/>
  <bond atomRefs2="a1 a7" order="1"/>
  <bond atomRefs2="a7 a8" order="1"/>
 </bondArray>
</molecule>

-------------------------
以上

非常に分かり易い。

前半の「原子座標」は素直に解釈できる。
ただ、x y z が、x3 y3 z3 に成っているが。・・・3次元だから?

後半の「原子間結合」については、
「order」は結合線の本数ですね。(単結合/二重結合/・・・)

「atomRefs2」は?
2個の原子ってこと?

もっと作って調べてみるか?
と云うより、定義書を探した方がいいか?

取り敢えず、「CML」の形式は見えてきた。


で、「CML」の入出力については、
幾つかのツールを動かしてみたが、
「Open Babel」ファイル変換ツール・・・入出力可
「Avogadro」構造作成・表示ツール・・・入出力可
「Jmol」構造表示・作成ツール・・・・・入力は可
と云ったところのようです。
他には、見あたらない?


と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   


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No title

こんにちはー、今月もすでに中旬をすぎましたが、シャッフルはまだないようですね。
もうそろそろでしょうか?ドキドキものです。

ではー

t_dragon_2000 さんへ

いらっしゃいませ。
そうですね、今年はもう無いのかな?
昨年~今年、の記録を見ると、
昨年は、10月23日(土)、11月06日(土)、12月06日(月)
と来て、
今年は、02月11日(金)からでした。
今年はあと10日ですから、
もう無い?
あったら、どうなるか心配ですが。
では、大晦日を楽しみに!
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