MS-Windows でAvogadro

2011-12-21 :  理科部 部活
テーマ:薬事法、Linux、VM、化学、アミノ酸、カルシウム、グルコサミン、化学業界。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日のその後の観察では、
それなりにスコアの増減はあるが、
ランクの変動に至るまでは無かった。
なので、ランクの数は、20、7、2、1、0、 1、0、0、0、1(46)のまま、
で、これが昨日の確定値。
今朝になって、
「薬事法」がスコア変わらずで2位にダウン。
2位だったお方が、じわじわ上がってきていたが、
今朝方ぐっとアップしてトップになられました。
なので、ランクの数は、19、8、2、1、0、 1、0、0、0、1(46)のまま、
換算ポイントも、272pt となった。
・-・ - -・

さて、本文。

昨年(2010-09-10)の「Linux で化学」で、
 <紙>のLinux は、Ubuntu です。それも、VM ですが。
 Ubuntu 10.04 (x64) では、
 「アプリケーション」メニューに、「Ubuntuソフトウェアセンター」があり、
 「科学&工学」分類に「化学」があり、
 その1番目に、「Avogadro」と云う分子構造エディタがある。
 その下には、「BALLView」なる、Molecular modeling and visualization tool もある。
 この2つ、早速インストールしてみました。
 ・・・・・

この「Avogadro」はマルチプラットフォームですね。
そこで、、MS-Windows に導入してみた。

取り敢えず、ホスト(Win7x64)じゃなくて、XP です。(それも、VM マシン)

導入手順は、簡単です。
Avogadro の Main Page」を開き、
下・左の「Navigation」にある
大きな「Get Avogadro」ボタンをクリック。
現在は、「Avogadro-1.0.3-win32.exe」がダウンロードできる。

ダウンロードまでは、ホスト(Firefox)で行った。
そして、VM の XP マシンにコピー。

標準で、(PATH は設定するにして)インストール。
これで、完了。

使い方については、
一昨日の「キュバン(cubane)」で書いた、
avogadroによるキュバンの構造最適化テスト - YouTube
を真似て、
「キュバン(cubane)」をモデリングし、
「構造最適化」を行って、
CML形式」で保存した。

「構造最適化」は、
「エクステンション」メニューの上の方にある、
「ジオメトリ最適化(Ctrl+Alt+O)」であっという間(?)に出来る。

VM-XP_Avogadro_cubane.png

何でそんなに速い?
・・・実は、これは「力場法」だから?
なので、C(炭素)はいいけど、W(タングステン)等はだめ。
「WO3」はエラーとなる。
でも「CaCO3」なら出来る。

さらに、「MOPAC」を導入すれば、
「Avogadro」でMOPACの入力ファイルが作れるので、
MO法の「半経験的分子軌道法計算」さえ出来る。
「Avogadro」でMOPACの計算結果の取り込みが可能。

「Avogadro」には、「GAMESS」「Gaussian」インターフェースもある。
Winmostar これ1本!
に対抗する?
Avogadro-MOPAC-Open Babel-Jmol」なんて
面倒なことは要らなかった。


使い方については、
Avogadro | Ubuntu Tutorial
なんかもある。
さらに、
3D分子モデル編集ソフト「Avogadro」
がある。
こちらの方が日本語なので、分かり易い?

何かの参考になるようなら、嬉しいです。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了。   


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