PyMOL、Jmol、PerlMol

2012-01-22 :  理科部 部活
テーマ:医薬品、薬事法、化学、アミノ酸、カルシウム、グルコサミン、医薬品業界、化学業界、石油業界、IT関連。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日は、その後の観察で、
若干スコアに変動はあるものの、ランクの変動は無し。
なので、ランクの数は、25、4、1、0、0、 0、1、0、0、1(45)のままで、
換算ポイントも、290pt のまま。
これが昨日の確定値。(まだ二十五冠が続いている)
今朝になって、
「医薬品」がスコア・アップで3位から2位にアップ。(4ヶ月振り?)
「カルシウム」もスコア・アップで11位から10位に。(久々のマイスター仲間入り)
なので、ランクの数は、25、5、0、0、0、 0、1、0、0、2(45)となり、
換算ポイントは、自己記録更新の 293pt となった。
・-・ - -・

さて、本文。


これまでに、

Jmol:「Jmol:分子構造モデリングツール」(2011-05-08 の記事
  「Java」で開発され、JavaScriptによる「Molecular Chemistry」
(JavaScriptで化学)

PerlMol:「PerlMol」(2009-11-10 の記事)
  「PerlMol - Perl Modules for Molecular Chemistry
(Perlで化学)

と来ましたが、

最近になって、「PyMOL」を知りました。
  PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system on
  an open-source foundation.
  Please support development of this open, effective, and affordable software
  by purchasing an incentive copy,
  which is pre-built and comes with maintenance and support.
日本語のサイトでは、
  「PyMOL
ここの、
PyMOLを使ってみよう
ページに、
  お絵描きプログラムの決定版、PyMOLの使い方を研究してみます。
  このプログラムは高機能な上に、PyMOLコマンドラインを使うので
  とっつきにくいですが、基本を学べばそんなに難しくないと思います。
  このページではVer.1.1を基にして解説しています。
とある。
これは、「Python」による「Molecular Chemistry」
(Pythonで化学)
ですね。

相当程度、「Jmol」に似ている。
GUIもあるんだろうが、CUIベース?

それならば、「CMol」= C言語 + Molecular
って無いの???・・・・・見かけない。

「BASMol」なんかは無いよね?(BASICによるもの)


それで、
3d pdf - PyMOLWiki
  PyMOL can convert to formats (vrml2 and idtf) that can be converted to
  a 3D PDF (will not work with most PDF browser plugins;
  must be downloaded and viewed with certain viewers liked
  Adobe Acrobat 9.2+).

そう、
この「PyMOL」でも、「Jmol」同様に「3D-PDF」が作れる。

2012-01-08の記事
化学物質構造図の3D-PDF化 別法?
と同様。(「Jmol」に代わって「PyMOL」)

 ・PyMOL
 ・IDTF to U3D converter
 ・LaTeX (pdflatex)

そして、

 ・ LaTeX code "hogehoge.tex"


「Python」は未だ入門していないので、
早く、「Jmol」から、「MikTeX (pdflatex)」
でやってみたい。


頑張ろう。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 化学部活動 は終了です。   


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