OpenSource Molecular Viewers

2012-02-18 :  理科部 部活
テーマ:医薬品、化学、アミノ酸、カルシウム、化学業界、石油業界、e-radio、東大、くりぃむしちゅー。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日はその後の観察で、
12:30頃に、「くりぃむしちゅー」がスコア・アップで1位復活。
と同時に、「東京大学」もスコア・アップで4位から2位にアップ。
なので、ランクの数は、25、4、1、1、0、 0、0、0、0、0(44)となり、
換算ポイントも、292pt になった。
これが昨日の確定値となった。
今朝になって、
昨日アップした「e-radio」が再びスコア変わらずで2位にダウン。
なので、ランクの数は、24、5、1、1、0、 0、0、0、0、0(45)となり、
換算ポイントは、290pt に下落した。
・-・ - -・

さて、本文。

先月22日に、
PyMOL、Jmol、PerlMol
を書いたが、

こんなページを見つけた。
OpenSource Molecular Viewers

そこでは、
 「OpenSource Molecular Viewers」(オープンソースの、分子構造ビューア)
として、
 Contents:
  ・PyMOL
  ・Jmol
  ・OpenAstex
  ・Coot
がある。

このページは、
  Internet-Journal "Computer Graphics & Geometry"
(「コンピュータ・グラフィックスと幾何(?)」と云うWeb論文誌)
なるサイトの一部ですね。
( 2009年春(Vol.11、NO.1)号 )


それで、4つのツールの「Overview」(概要)を写すと、・・・・・

「PyMOL」
  PyMOL is an open-source molecular visualization program functioning on
 a variety of computer platforms (Windows, Mac, Linux/UNIX, etc).
 The software is indeed is an open-source and is released under
 the BSDL OSI-approved license.
 PyMOL is capable of generating high resolution images for publishing or
 printing, making movies and much more. PyMOL is robust, fast and extensible.
 The PyMOLWiki comes with many scripts to extend the features in PyMOL.
  PyMOL currently holds a large percentage of the high-quality images
 published in scholarly journals like Science and Nature.
 PyMOL images frequently grace the covers of high impact journals.


「Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D with
     features for chemicals, crystals, materials and biomolecules」
  Jmol is a free, open source molecule viewer for students, educators,
 and researchers in chemistry and biochemistry.
 It is cross-platform, running on Windows, Mac OS X, and Linux/Unix systems.
 ・The JmolApplet is a web browser applet that can be integrated into web pages.
 ・The Jmol application is a standalone Java application that runs on the desktop.
 ・The JmolViewer is a development tool kit that can be integrated into
    other Java applications.


「OpenAstexViewer 3.0 - Software for molecular visualisation」
  OpenAstexViewer is a Java molecular graphics program that assists in
 structure based drug design.
 It can be used as an Applet in a web page or as a desktop application.
 The software should run on most operating systems and in most internet browsers.
 OpenAstexViewer has been used most extensively in Internet Explorer v5+ running
 on Microsoft Windows.
 The software is known to run as an Applet within the Safari browser on Mac OS X.
 ・AstexViewer^(TM) was originally developed by Mike Hartshorn at
   Astex Therapeutics between 1999 and 2007.
 ・The software was shaped by the input of many people from the structural
   biology and computational chemistry groups at Astex Therapeutics.
  ・Version 1 was made available via the Astex Therapeutics web site and
    published in JCAMD from 2002.
  ・Version 2 was made available via the website from 2004.
 ・OpenAstexViewer was made available with support from Astex Therapeutics,
   GlaxoSmithKline and dotmatics Limited.
  OpenAstexViewer is distributed in Open Source form under the terms of
 the LGPL license. Briefly,
 this means that you may distribute OpenAstexViewer as part of other applications.
 You must display a copyright notice that indicates that
 OpenAstexViewer is included in your application.


「Coot - Crystallographic Object-Oriented Toolkit」
 Coot is for model building, model completion and validation.
  Coot displays maps and models and allows model manipulations such as
 idealization, real space refinement, manual rotation/translation,
 rigid-body fitting, ligand search, solvation, mutations, rotamers,
 Ramachandran plots and so on.
 Coot has some features that resemble those of Frodo, O, Quanta and
 XtalView's XFit. It is a completely independent system of course.
 Coot doesn't do many aspects of structure represention

・・・・・・・・・・

「PyMOL」は、
高分子(生体系?)向けですね。
そして、
  PyMOL currently holds a large percentage of the high-quality images
 published in scholarly journals like Science and Nature.
 PyMOL images frequently grace the covers of high impact journals.
とある通り、
  科学や自然に関するような学術誌に載せるような、
  高品質の画像の大部分が「PyMOL」で作られている。
  その画像はジャーナルの表紙を飾っていて、インパクトが強い。
ですね。


「Jmol: an open-source Java viewer for chemical structures in 3D with
     features for chemicals, crystals, materials and biomolecules」は、
クロスプラットフォームで、Windows、Mac OS X、Linux/Unix systems で動作する。
そして、
 ・JmolApplet
 ・Jmol application
 ・JmolViewer
の3種類がある。
これは、<紙>が愛用(?)しているもので、
「PDB」「MOL」「CIF」等々の形式が読み込める。
つまり、分子でも結晶でも表示できる。
(出力は「MOL」だけ?)


あとの2つは、(<紙>は)初めて知りました。

「OpenAstexViewer 3.0 - Software for molecular visualisation」は、
  OpenAstexViewer is a Java molecular graphics program that assists in
  structure based drug design.
とある通り、
「Java」で作られていて、医薬品の開発を支援するグラフィックスソフト。
これは、やはり、生体高分子向け?


「Coot - Crystallographic Object-Oriented Toolkit」は、
オブジェクト指向の結晶構造解析ツールキット
ですね。
本家のサイトには、
  Coot is for macromolecular model building, model completion and validation,
  particularly suitable for protein modelling using X-ray data.
つまり、
  Coot は、高分子のモデル構築、モデル生成/検証、
  特に、X線データを使用してのタンパク質のモデリングに適している。
とある。
因みに、「coot」とは、大鷭(オオバン)と云う鳥の1種?


結論的には、<紙>向けは、
やはり「Jmol」しかない?

「Coot」も(「結晶構造」とあるので)注目かと思ったが、
対応ファイルは、「PDB」「mmCIF」ですね。
「mmCIF」とは、(ここに

  The macromolecular Crystallographic Information File
で、
  a way of describing in detail the features of a macromolecular structure
  and the X-ray diffraction experiment that was used to derive that structure.

とある。
つまり高分子用ですね。
(<紙>は、無機系の「CIF」です)


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。   


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