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COD:Crystallography Open Database

2012-05-13 :  理科部 部活
テーマ:物理、化学、C言語、IT関連、大学野球、Firefox、Linux、薬事法、カルシウム、VM。
本文の前に、
-・・・ -・-
blogramのランクインカテゴリについて、
昨日はその後の観察で、
記事投稿直後の10:05頃には、「VM」が、スコア変わらずで、2位に後退。
以降それほどの変化は無し。
なので、ランクの数は、14、11、3、0、0、 1、1、0、0、0(47)となり、
換算ポイントは、248pt に下がった。
で、これが、昨日の確定値。
今朝になって、
「カルシウム」がスコア・アップで7位から5位になった。
だが、記事を書いている途中の10:10頃には、スコア変わらずで6位にダウン。
結局、ランクの数、14、11、3、0、0、 2、0、0、0、0(47)となり、
換算ポイントは、元の248pt に戻った。
・-・ - -・

さて、本文。

「CrystalMaker」と云うソフトウェアに関連して、
Crystallography Open Database
なるサイトを見つけた。

Crystallography(結晶学)に関するオープン(フリー)なデータベースですね。

  Open-access collection of crystal structures of organic, inorganic,
  metal-organic compounds and minerals, excluding biopolymers

とある。

有機、無機、有機金属化合物、鉱物の、結晶構造を、自由にアクセスできる。
但し、biopolymers(生物高分子)を除く。
それらは、「PDB(Protein Data Bank)」の方にある?

Crystallography_Open_DB.png


早速、
左にある「Search」リンクで、
検索してみた。
試したのは、「Al2O3」

COD_Al-O-Search_x.png

赤枠部分を入力。

元素記号が1文字のもの(この場合は酸素)は左に空白を付ける。

下の「2」は他に元素が無い、丁度2種類のものを探す。

そして、「Send」ボタンを押す。

結果は、・・・

COD_Al2O3.png


38エントリ見つかる。

左の「CIF file」リンクから、構造データ(CIF形式ファイル)がダウンロードできる。

上の「COP ID 1000017」のリンクでは、
Jmol」で3D表示される。
が、これは Jmol 11.8.2 と一寸古い。
又、基本構造だけ。
なので、ダウンロードしたファイルを、
J-ICE」で表示させると good 。
CCDCから構造データ入手 の様に)


このサイト「COD」は使えますね。


オ ソ マ ツ で し た。   <(_ _)>


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