MPI プログラミング:Perl、R

2013-10-20 :  PCクリニック
本文の前に、
-・・・ -・-
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・-・ - -・

さて、本文。

前記事:
MPI:Cプログラミング
  ・・・・・
  つまり、64ビットモードでないとダメ???

  ならば、と
  「TDM-GCC:コンパイラsuite」
  で一緒に導入した IDE:
  「Code::Blocks」
  にしてみた。

  出来ました。

  「File」->「New」->「Project...」
  で、「Console application」
  を作り、
  拡張子は「.c」で可。

  そして、
  「Project」->「Build options...」
  で、
  一つは、
  ・・・・・
  もう一つは、
  ・・・・・
  これで、MPIプログラムも作れる カナ?
  (環境が出来たダケ)
  ・・・・・

何とか、C言語でなら、MPIプログラミングが出来そう。


そこで、処理時間を気にしないのなら、
「Perl」や「R」(インタプリタ言語)が良い。

出来ないものか?

調べてみました。(Firefox で、Google検索)

Perl は、簡単「Perl MPI」で検索できますね。
(R は、1文字なので工夫しないとダメ)

Perl 見つかりました。

1番目は、
並列化による計算速度の比較(R、Perl、C、OpenMP、MPI)
  ・・・・・
  結果
   R         518.92 s
   Perl        42.59 s
   C          5.21 s
   C(icc-parallel)  5.30 s
   C(OpenMP)     3 s
   C(MPI)       1 s
  ・・・・・
一寸違うけど、これも面白いページ。

で、2番目にある:
Parallel::MPI::Simpleによる並列処理
これですね。

Perl なら「Parallel::MPI::Simple」ですか。

早速、詳細調査。
これが、本家
Parallel::MPI::Simple - search.cpan.org
ですが、・・・

ppm(GUI)では見つからない。
そうなると、
App::cpanminus( ppm の代打?)
の登場。

「cpanm Parallel::MPI::Simple --force」
と、やってみた。

ダメだ。コンパイルが済んで、リンクの段階でエラー???

これは諦めか?
(その内に、再チャレンジ(の予定) )


では、「R」では、

一応「RjpWiki」の中で、「MPI」で検索。
ありました。
Rで並列計算

「MPI」の項に、
 ・ Rmpi snow経由で使うのが簡単.並列マトリックス計算も付いているけど,冗談に等しい.
とあるが、リンク切れ?!

探してみたら、「Rmpi for R」が本家?
左ペインにある:
Rmpi for Windows
を見ると、
  Instructions to install and run Rmpi under Windows with MPICH2
  (Tested on Windows 7 64bit)
と正に打って付けのページ。

インストール・ステップは、
1.Install MPICH2 for Windows (either 32 or 64bit depending on
    which version of R used).
2.Add MPICH2 bin directory to PATH environment variables.
    This is very important. Otherwise Rmpi will not run properly.
3.Open "Command Prompt" with administrator. ・・・・・
4.Download Rmpi for windows. Get it here. ・・・・・
5.Run Rmpi under multiple windows PCs ( ・・・・・).

やってみました。

ステップ1は「前記事」で済み。
ステップ2も同上。
ステップ3は、「smpd」動作確認のこと。これはOK。
ステップ4は、
RStudio」を立ち上げて、
右下ペインの、「Packages」タブから「Install Packages」を選んで。
しか~し、
  package ‘Rmpi’ is not available (for R version 2.15.1)
だって!!!

ならばと、
  Get it here.
のサイトから、
最新版「Rmpi_0.6-3.zip」 26-May-2013 22:54 (214kB)
をダウンロード。
それで、
「C:¥R¥R-2.15.1¥library」の中に、
ZIPを展開した、Rmpi 以下 をコピー。

でも、ダメでした。
「RStudio」を立ち上げて、
「ibrary("Rmpi", lib.loc="C:/R/R-2.15.1/library")
で、エラー?!
  Error in eval(expr, envir, enclos) :
  関数 ".getNamespace" を見つけることができませんでした

R でも、諦めか???


今日の処は、
「Perl」も「R」も MPI 利用環境は出来ない?
と云うことで、ペンディングか???



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