JSmol で分子構造データ検索

2014-01-22 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、0、 1、1、0、0、1(38)で、換算ポイント 57pt 。
前記事で「javascript」が2位(43.80bg)で再ランクイン。
代わりに「VM」が1位(51.48bg)がアウトした。
「Firefox」は8位7位と着実(?)up。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事:
JSmol 導入
の如く、
JmolのHTML5(JavaScript)版「JSmol」を導入した。

展開したディレクトリ:
D:/TOOL/JSmol/jsmol/
の中を見ていたら、・・・

いろいろサンプルファイルがあるが、
「simple.htm」は面白そう。


Webブラウザで開いてみて見ると、
JSmol_simple_x.png
が現れる。

ここで、右の方に(赤ワクで示した)
 「Load MOL by NAME」
なるボタンがある。

これを、クリックしたら、
JSmol_simple_popup.png
と出たので、
「Sodium Nitrate」と入れて「OK」をクリックした。
チャント、3Dの構造が表示された。

そこで、
HTML5のcanvas領域、即ち、JSmol表示領域内で、右クリックし、
現れるメニューから、
「表示」->「MOLデータを抽出」
としたら、
コンソール窓が現れて、


http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium%20Nitrate/file?format=sdf&get3d=True
__Jmol-14_01201421343D 1 1.00000 0.00000 0
Jmol version 14.0.2 2013-12-14 11:44: EXTRACT: ({0:4})
5 3 0 0 0 0 1 V2000
-2.61140 0.00000 0.02720 N 0 3 0 0 0 0
-3.31390 -0.90340 -0.38980 O 0 0 0 0 0 0
-1.58590 -0.25570 0.63260 O 0 5 0 0 0 0
-2.93200 1.15920 -0.16550 O 0 5 0 0 0 0
7.04200 -0.00010 -0.07030 Na 0 3 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0
1 3 1 0 0 0
1 4 1 0 0 0
M END


と(3D構造データの)「.mol」ファイルが得られる!


それで、
「http://cactus.nci.nih.gov/index.html」
とは???
  The NCI/CADD group is a research unit
  within the Chemical Biology Laboratory
  at the National Cancer Institute.
即ち(?)
  NCI/CADD グループは国立癌研究所での
  化学生物学研究所内研究ユニットです。
ですか。(例の機械翻訳)

この「NCI/CADD」ページの中に、
Chemical Structure Lookup Service (CSLS)
がある。

因みに、
2番目の「Search by Text String」
のフィールドに、
「NaNO3」
と入力して、
下にある「search」ボタンをクリック。

すると、
右側の「Chemical IDs」に、

  uuuuu   98B3C7BD518FA27F-uuuuu-01
  FICuS   98B3C7BD518FA27F-FICuS-01
  FICTS   98B3C7BD518FA27F-FICTS-01
  Formula  NNaO3
  InChI   InChI=1S/NO3.Na/c2-1(3)4;/q-1;+1
  InChIKey InChIKey=VWDWKYIASSYTQR-UHFFFAOYSA-N

が出てきた。


まあ、これは置いておいて、・・・・・


最初に見つけた、
「JSmol」の「simple.htm」は、
単なるJSmolによるビューアじゃなくて、
分子構造座標データ検索ツールとして使える???

「Sodium Tungstate」= Na2 W O4
だって出来た。

「Sodium Polytungstate」= 3 ( Na2 W O4 )・9 ( W O3 )
だって。

でも、
「Sodium Metatungstate Hydrate」= 3Na2WO4・9WO3・xH2O
は無かった?

尚、以上の英語による名称は、
American Elements
から得たものです。


更に学習してみます。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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