Chemical Identifier Resolver

2014-01-29 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
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「Firefox」が昨日朝8位にdown。だが、今朝方一気に4位にupした。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事「NCI/CADD の情報」で、

先週(2014-01-22)の記事:
JSmol で分子構造データ検索
で書いた、
NCI/CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services
についてまとめたつもりだったが、・・・・・


JSmol 導入」で、見つけた、
「simple.htm」が参照している「NCI/CADD」のサービスに付いて見落しがあった。

当該ホーム・ページ:
NCI/CADD Group Chemoinformatics Tools and User Services
の2番目に載っている、
Chemical Identifier Resolver
を使って、物質構造を検索していた。
のだった。


Getting started ...

This service works as a resolver for different chemical structure identifiers and allows one to convert a given structure identifier into another representation or structure identifier.
It can help you identify and find the chemical structure if you have an identifier such as an InChIKey.
You can either use the resolver web form above or use the following simple URL API scheme:

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/"structure identifier"/"representation"

Example: Chemical name to Standard InChIKey:

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/aspirin/stdinchikey

The service returns the requested new structure representation with a corresponding MIME-Type specification (in most cases MIME-Type: "text/plain").
If a requested URL is not resolvable for the service an HTML 404 status message is returned.
In the (unlikely) case of an error, an HTML 500 status message is generated.


とかいてある。

即ち(?)

 このサービスの異なる化学構造識別子リゾルバーとして動作し、
別の表現に与えられた構造識別子または構造識別子に変換することができます。
 それは識別し、InChIKey などの識別子を持っている場合、
化学構造を見つけることができます。
 上記の競合回避モジュールの web フォームを使用してまたは、
次の簡単な API の URL スキームを使用しています。

  ~~~/chemical/structure/構造識別子/表現形式

         例:名称から InChIKey への変換:
       ~~~/chemical/structure/aspirin/stdinchikey

 サービスは、要求された新しい構造表現に対応する MIME タイプ仕様(大抵、
MIME-Type は、"text/plain" )を返します。
 要求された URL が、サービスを解決できない場合は、
HTML 404 ステータス メッセージが返されます。
 (もしも)エラーの場合、HTML 500 ステータス メッセージが生成されます。

って、分かるかな???


翻訳精度については、置いておいて、・・・・・


元に戻って、

Chemical Identifier Resolver
で、

最初の入力フィールド「Structure Identifier:」に、
例えば(前回記事の)「Sodium Nitrate」と入力し、

次の「convert to:」ドロップダウン選択ボックスでは、
「TwirlyMol(3D)」なんかを、選ぶと面白いかも。

そうして、「Submit」ボタンを押す。

すると、

URL: http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium%20Nitrate/twirl

と出て、

マウス・ドラッグで回転させることができる分子構造図が表示される!!!


ここで、
これを表示しているページのURL:
「http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure」
に追加してみる。
「/Sodium Nitrate/file?format=sdf&get3d=True」
を。

つまり、

http://cactus.nci.nih.gov/chemical/structure/Sodium Nitrate/file?format=sdf&get3d=True

として、
そのページを表示してみる。

なんと、

NNaO3
APtclcactv01281419273D 0 0.00000 0.00000

5 3 0 0 0 0 0 0 0 0999 V2000
-2.6114 0.0000 0.0272 N 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-3.3139 -0.9034 -0.3898 O 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-1.5859 -0.2557 0.6326 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
-2.9320 1.1592 -0.1655 O 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
7.0420 -0.0001 -0.0703 Na 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0
1 2 2 0 0 0 0
1 3 1 0 0 0 0
1 4 1 0 0 0 0
M CHG 4 1 1 3 -1 4 -1 5 1
M END
$$$$

が表示されました!!!

これは、

JSmol で分子構造データ検索
で書いた、
「JSmol」が
「表示」->「MOLデータを抽出」
でコンソールに表示しているデータの内容と同一だった。

これは、
前記事「NCI/CADD の情報」に、
追加しないといけない。


頑張ります???


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