NaNO3 を、JSmol で表示すると…

2014-02-03 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
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今朝方「Firefox」が7位にup。
・-・ - -・

さて、本文。

NaNO3 なる物質「硝酸ナトリウム」について、
この化学物質は、5つの原子から構成され、
それらの座標を「.xyz」ファイル形式で表現すると、
以下の通りでしょうか。

5
NaNO3 : Sodium Nitrate
Na 2.170377 7.394214 0.000000
N 5.091654 7.394214 1.398583
O 4.016332 8.015051 1.398583
O 6.166976 8.015051 1.398583
O 5.091654 6.152539 1.398583


このファイルを「JSmol」で読み込んで表示させたが、
NaNO3_JSmol.png
結合が3本(窒素と3つの酸素)のみで、ナトリウムが孤立している。


しかし、
MSV:Materials Studio Visualizer
(有償製品で、今では体験版は無し。)
でみると、
NaNO3_MSV.png
結合が4本である。


それで、ほかのツールではどうなるのか???

試してみた。


完全フリーのツール「Avogadro
では、4本。

簡単なユーザ登録を行えば、期限付きで全機能試用可能な、
WinMostar
でも、4本。

機能制限付きのフリー版がある、
Mercury
これも、4本。


一方、
非商用の用途では無料の、
VESTA
だと、3本。

完全フリー(?)の
Facio
も、3本。

Discovery Studio (DS)の一部である表示ツールで、フリーな、
DSV」:DS Visualizer
は、「.xyz」ファイルは非対応?(何も表示されない。)


こうなると、「Avogadro」が最高???
次は、「WinMostar」や「Mercury」でしょうか?

一方、
「VESTA」や「Facio」は、「JSmol」と一緒で、イマイチ?
「DSV」は対象外。


もう少し、学習してみます。



見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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