Win版Avogadro 更新

2014-02-05 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、1、 0、1、0、0、1(38)で、換算ポイント 58pt 。
「Firefox」が昨日6位、今朝方5位と順調に?up。
・-・ - -・

さて、本文。

前記事(2014-02-03)「NaNO3 を、JSmol で表示すると…
では、久しぶりに化学系のツールを立ち上げた。

そこでは、「Avogadro」が最高でした。
「NaNO3.xyz」を表示すると、結合がキチント(?)4本になる。

ところで、「Avogadro」は、
2年以上前の、2011-12-21 の記事「MS-Windows でAvogadro
で、
  ・・・・・
  取り敢えず、ホスト(Win7x64)じゃなくて、XP です。(それも、VM マシン)
  導入手順は、簡単です。
  「Avogadro の Main Page」を開き、
  下・左の「Navigation」にある
  大きな「Get Avogadro」ボタンをクリック。
  現在は、「Avogadro-1.0.3-win32.exe」がダウンロードできる。
  ダウンロードまでは、ホスト(Firefox)で行った。
  そして、VM の XP マシンにコピー。
  標準で、(PATH は設定するにして)インストール。
  これで、完了。
  ・・・・・

それで、今ではどうなっているのか?・・・

現状(2014-02-初)では、
「Avogadro-1.1.1-win32.exe」となっている。
(Avogadro 2 0.7.2 もリリースされているが)

それなりに、バージョンアップされているので、
新しいものを導入することにした。
これ(バージョン1.1.1:9.98MB)をダウンロードし、
今度はホスト(Win7x64)にインストールした。
Path はキチンと設定された。

ですが、
メイン・ページには、
 ・・・・・
 ・Flexible: Features include Open Babel import of chemical files,・・・
 ・・・・・
などとある。

つまり、各種形式のファイルは、「Open Babel」で変換している?
この「Open Babel」については、
4年以上前(2009-11-02)の記事「OpenBabel for Win GUI
で書いていた。
当時は、2.2.3b でした。

こちらも、置き換えることにするか?

Open Babel」を見ると、
今は、2.3.2a ですね。
「OpenBabel2.3.2a_Windows_Installer.exe」(11.7MB)をダウンロードして、
やはり、ホスト(Win7x64)にインストールした。

確認のため、GUI版を立ち上げて、変換テスト。
「NaNO3.xyz」を入力して、「NaNO3.mol」で出力すると、
チャント結合が4本となった。

コマンド(CUI)では、
「babel NaNO3.xyz NaNO3.mol」
とかで、
「babel -ixyz NaNO3.xyz -omol NaNO3.mol」
とかで、ファイル形式変換が行われる。

こう変換されれば、
出力された「NaNO3.mol」を「JSmol」で表示させれば結合4本ですね。

「JSmol」に拘るなら、「Open Babel」を利用することになるのかナ?


もう少し、学習してみます。



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