Silico

2014-02-09 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、2、 0、0、0、0、1(38)で、換算ポイント 59pt 。
一昨日「VM」が6位から4位にup。
また「Firefox」が6にupし、昨日、5位に。
・-・ - -・

さて、本文。

最近の記事:
Win版Avogadro 更新
Winmostar 更新
から、・・・

ふと、「Perl」での処理:
4年前(2009-11-10)の、
PerlMol
PerlMol 導入
を思い出した。

他には?・・・

探していたら、
Silico - a Perl molecular modelling toolkit
を、見つけました。

  Silico is a command line Perl molecular modelling toolkit
   designed to assist in general molecular modelling activities.
  Silico provides file format conversion, molecular manipulation
   and analysis and a simple way to write wrapper scripts around
   other preexisting software packages.

  Silico uses the Perl programming language
   which is installed by default on Macintosh and Linux computers.
  Windows users will need to install a Unix-like environment like Cygwin

とある。

「assist in general molecular modelling activities」とは、
「Avogadro」「Winmostar」に対抗?

「provides file format conversion」とは、
「OpenBabel」に対抗?

そして、
「uses the Perl programming language」なら、
<紙>のお気に入り!

「need to install ・・・ Cygwin」とあるのは、些か気になるが???


取り敢えず、
上の「Installation」メニューのページにある、

  ・・・・・
  Download the GNU tarball package silico.tar.gz from ・・・
  ・・・・・

からダウンロードさせて頂いた。

「silico.tar.gz」(820KB)

です。


ところが、
HOME ページ
の2行目:
  The silico project page is here: ・・・
にある「http://sourceforge.net/projects/silico/」
からでは、
  「silico-0.12.tar.gz」(1.2MB)
?????


よく分からないが、上記ダウンロードしたものを、
「D:/TOOL/Silico/」に展開してみた。

(ディレクトリ名が重複するかもしれないが)
「D:/TOOL/Silico/silico/」以下に5つのディレクトリがある。


そして、
環境変数「SILICO_HOME」に、「D:/TOOL/Silico/silico」を設定し、
「Path」には、「D:/TOOL/Silico/silico/bin」とした。

それで、
「「D:/TOOL/Silico/silico/bin/」に(拡張子無しで)122ヶあるが、・・・

「HOME ページ」から「Use」のページを見ると、
  「read_write_mol2 aconitine.sdf」
とかあったので、

DOSプロンプトで、
「Perl read_write_mol2 hogehoge.mol >hoge.mol」とかやってみたら、
変換(?)された。


例えば、全てに「.pl」を付加すると、
「read_write_mol2.pl hogehoge.mol >hoge.mol」で使える。

これなら、
特に、「Cygwin」は要らないナ。


更に、学習してみます。



見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


140128
関連記事
スポンサーサイト

コメントの投稿

管理者にだけ表示を許可する

おきてがみ/blogram
blogram投票ボタン



おきてがみ

最新記事
カレンダー
05 | 2017/06 | 07
- - - - 1 2 3
4 5 6 7 8 9 10
11 12 13 14 15 16 17
18 19 20 21 22 23 24
25 26 27 28 29 30 -
月別アーカイブ
カテゴリ
最新コメント
検索フォーム
リンク
プロフィール

<紙>

Author:<紙>
ようこそ。
「パソコンヲタクの雑記帳」
もろもろなことを綴っています。
パソコン ヲタクってねくら?
画像は kami でなく kani です。

カウンター(fc2、i2i) /Google Analytics


i2i(from 2010-08-24)
Total =
Today  =  
Yesterday=
アンチエイジング

Google Analytics
ブックマーク