「.cif」ファイルの表示では...

2014-02-11 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、2、 0、0、0、0、1(38)で、換算ポイント 59pt 。
一昨日から昨日にかけて blogram の更新が止まっていた???
今朝も殆ど変化無し。
・-・ - -・

さて、本文。

今月初め(2014-02-03)の記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
では、
「NaNO3.xyz」ファイルについて、
  ・・・・・
  「JSmol」で読み込んで表示させたが、
  結合が3本・・・・・
  ・・・・・
  「MSV:Materials Studio Visualizer
  (有償製品で、今では体験版は無し。)でみると、
  結合が4本である。
  ・・・・・
  完全フリーのツール「Avogadro
  では、4本。
  ・・・・・
  簡単なユーザ登録を行えば、期限付きで全機能試用可能な、
  「Winmostar
  でも、4本。
  ・・・・・
  機能制限付きのフリー版がある、
  「Mercury
  これも、4本。
  ・・・・・
と云う結果であった。


今度は(難しい?)「.cif」形式ファイルについて見てみた。

「CIF」とは、
Crystallographic Information Framework
あるいは、
Crystallographic Information File
のことで、結晶構造を表現する為のフォーマットですか。

それで、「COD」即ち、
Crystallography Open Database
で、
「Al2O3」なる物質を検索してみたところ、
“Al”と“O”だけから構成されるものが43件見つかる。
その中でも、「Al2O3」は多数あるが、
(なぜだか)「COD ID: 5000092」を選んでみた。
(Aluminium oxide)「Space group: R -3 c :H」とある。

この物質の座標データは、「5000092.cif」で得られる。

このファイルの中では、原子は2つしか定義されていない:

_atom_site_calc_flag
Al1 Al3+ 12 c 0. 0. 0.35216(8) 1. 0 d
O1 O2- 18 e 0.3061(5) 0. 0.25 1. 0 d


ですが、1組5原子(アルミが2つ、酸素が3つ)で、
1ユニットセル内に6組入っているとある。
つまり、単位格子内には30原子あることになる。


それで、このファイルを読み込んでみた。

JSmol・・・・・36原子、54結合。

MSV・・・・・・30原子、40結合。

Avogadro ・・・30原子、 1結合。

Winmostar・・・ 2原子、 0結合。

Mercury・・・・17原子、25結合。

(<紙>としては)「MSV」が正解と思っている。

JSmol は、原子数からして多すぎる。
Avogadro は、原子数は正しいが、結合が???
(エンジンである)Open Babel での変換では、2原子のみ。
Winmostar では、ファイル内に定義されている分だけ。Open Babel と一緒。
Mercury は、??? 分からない。

ところが、この「.cif」ファイルを元に、
30原子の座標を定義した「.xyz」ファイルを作ると、

JSmol・・・・・49結合。

MSV・・・・・・40結合。

Avogadro ・・・35結合。
(Open Babl)・・35結合。

Winmostar・・・44結合。

Mercury・・・・44結合。


「JSmol」では、Al-Al 結合が9本も余計。
「Avogadro」では、Al-Al 結合が3本余計で、Al-O 結合が8本不足。
「Winmostar」「Mercury」では、Al-Al 結合が4本余計。


どうなんでしょう?????


更に、学習してみます。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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