CIF2Cell

2014-02-13 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、2、 0、0、0、0、1(38)で、換算ポイント 59pt 。
「Firefox」は昨日downしたが、今朝upで代わらず。
・-・ - -・

さて、本文。
10日ほど前(2014-01-23)の記事:
COD は MySQL 利用
に続いて、「COD」について更に調べていたら、・・・

「サルにでも第一原理計算ができるか?-ABINITを使って-」
なるブログの記事:
セミナーでのチュートリアル
を見つけた。

ここに、
  ・Siの結晶構造の入手
  Inorganic Crystal Structure Database: ICSDから
  Siの結晶構造を入手するのが一番楽と思われます。
   しかし、コマーシャルのICSDは1年間のライセンスで40万円もします。
  ここで欲しい結晶構造の情報とは格子定数、構成原子、
  分率座標、サイト占有率などです。
  基本的にcifファイルがダウンロードできればOKです。
   そこでWebでFreeな
  Crystallography Open Database : CODを使って説明します。
  ・・・・・
とある。

この件は、置いておいて。

その前の記事ですが、
  ・Siの結晶構造の情報
  注意:近いうちにCIF2Cell を用いて結晶構造の入力を説明します。
  今は情けないのですがP1での入力でお許しください。
  ・・・・・
とあるが、
この「CIF2CELL」に注目した。


それで、この「CIF2CELL」について調べてみた。
CIF2CELL - Google 検索
です。

この中から、
(IUCr) CIF2Cell
に注目。

まずは、「IUCr」って何?

  International Union of Crystallography

  The IUCr is an International Scientific Union.
  Its objectives are to promote international cooperation in crystallography
  and to contribute to all aspects of crystallography,
  to promote international publication of crystallographic research,
  to facilitate standardization of methods, units, nomenclatures and symbols,
  and to form a focus for the relations of crystallography to other sciences.

即ち(???)
  連合は、国際科学連合です。
  その目的は結晶学における国際協力を促進して結晶学国際公開メソッド、
  単位、専門語および記号の標準化を促進し、
  他の科学の結晶学の関係の焦点を形成する結晶学的研究を
  促進するためのすべての側面に貢献します。
ってこと???(何のこっちゃ)


まぁ、これも置いておいて、・・・

(IUCr) CIF2Cell
ページの「Description:」では、、
  CIF2Cell generates the geometrical setup of
  a crystallographic cell for a number of electronic structure programs
  from data contained in a CIF file.
  Generates input for the codes ABINIT, CASTEP, CPMD, Crystal09, Elk,
  EMTO, Exciting, Fleur, RSPt, Siesta and VASP.
===
  CIF2Cell は CIF ファイルに含まれるデータから電子構造プログラムの数の
  セルが結晶の幾何学的なセットアップを生成します。
  ABINIT, CASTEP, CPMD, Crystal09, Elk, EMTO, Exciting, Fleur, RSPt,
  Siesta and VASP コードの入力を生成します。
?????


要は、「CIF2Cell」とは、
  CIF 形式ファイルを読み込んで、第一原理計算の為の
  各種ツール用の入力データを生成する
と云うこと。


これは!!!
「CIF」形式ファイルは、(<紙>にとっては)難しいものだが、
此を読み込んで、例えば、構成原子の座標データが得られる???

早速、「References:」にある、
http://cif2cell.sourceforge.net
に行ってみた。

左ペインの中に、「Download CIF2Cell files」リンクがあった。
今(2014-02-12 朝)現在の最新は、
「cif2cell-1.1.4.tar.gz (2.3 MB)」
ですが、サイズが小さい???
こっちが多分フルセット???
「cif2cell-1.1.0.tar.gz(10.5MB) 2013-11-08」

こんな日本語のページもあった:
CIF2Cell
  CIF2Cell は、様々 な電子構造の幾何学的なセットアップ
  CIF (結晶学情報フレームワーク) ファイルから生成するためのツールです。
  プログラムは現在インストールされているバージョン、ASE シエスタ、
  CASTEP、CRYSTAL09、エルク、エキサイティングなフルール、
  RSPt、SPR KKR、VASP、xyz ファイルを含む、人気のある
  電子構造プログラムの数の出力をサポートします。
  プログラムは、コンピューターの物理通信 182 (2011) 1183-1186 で
  公開されています。寛大に引用してください。

なので、
「cif2cell-1.1.0.tar.gz(10.3MB) 2013-11-08」
をダウンロードした。

上記で、サイズが異なる???

ダウンロードした結果では、10.0MB だった。

展開してみると、2ディレクトリと12ファイルがある。
中の「README」ファイルを見ると、

・・・・・
INSTALLATION INSTRUCTIONS

Prerequisites: The program requires Python 2.4 or higher and the
PyCIFRW python package (which will be installed
automatically if not present, see below for manual
installation instructions). Note however that the output
may be slightly different (but formally equivalent)
with Python 2.4 than with later versions.

To install the program in your systems standard location, simply type:
python setup.py install
To choose a different location, add
--prefix=where/you/want/it
to the above line. For help and more options type
python setup.py --help

The installation will also create a directory $PREFIX/lib/cif2cell
that contains the manual and sample cif files.
・・・・・

とあった。

必要な「Python 2.4 or higher」については、
昨年(2013年)の06月15日の記事:
SciDAVis:これも 関数 Fittingツール
で、「Python 2.6.4」を入れている。

早速、「D:/TOOL/CIF2CELL」に展開し、
其処で、
「Python setup.py install」
として、インストールした。

「D:/TOOL/CIF2CELL/build/scripts-2.6/」に、
「cif2cell」ファイルが出来た。
これは、Pythonスクリプトファイル!
(拡張子は無いが)

試しに、
何か1つ .cif ファイルをここに持ってきて、
「Python cif2cell ~.cif」
としたら、
このコンソール窓に変換結果が表示された。
この時、表示された原子数は、
単位格子の中に有ると(cifファイルに)記述されている数の分だけ表示された。

これは、使える!!!

Python で有ることが些か引っ掛かるが。
Perl では出来ないのか???


なお、「cif2cell」ファイルに「.py」拡張子を付けると、

マニュアルにある:
「cif2cell 入力CIFファイル名」
の形式で使えますね。
(拡張子無しはダメなのは、Windows OS では仕方がない事)


この「CIF2Cell」については、
頑張って、学習します。


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