Winmostar 補足

2014-02-15 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
2、3、1、1、2、 0、0、0、0、1(38)で、換算ポイント 59pt 。
特段(?)の変化は無し。
・-・ - -・

さて、本文。
前々回(2014-02-11)の記事:
「.cif」ファイルの表示では...
において「Winmostar」に関して、
  ・・・・・
  ところが、この「.cif」ファイルを元に、
  30原子の座標を定義した「.xyz」ファイルを作ると、
  ・・・・・
  Winmostar・・・44結合。
  ・・・・・
と書きました。

しかし、これには条件があった。

即ち、
「Winmostar」では、結合させるか否かの関して、
パラメータがあるのは失念していた。

原子間距離が、
共有結合半径の和 ( <--- と解釈している )
の何倍までだったら、
原子間同士を結合するか。
と云う
「Connect」
パラメータがあり、
そのデフォルト(既定値)は、
「1.15」
ですね。

それで、この値を「1.10」に減らすと、
「MSV」と同じ、40本になりました。

スバラシイ。


なお、
当該記事の元となった記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
で、書いた「NaNO3.xyz」に付いては、
下のキャプチャ画像と如くです。

NaNO3_Winmostar.png

即ち、
右上の赤丸で示した「Connect」の値を「1.06」にすると、
青破線で示す、ナトリウム(Na)と酸素(O)との結合は外される。
この距離は、2.3977ですか。(左上赤下線)

-・・・ -・-
因みに、
Na、O の共有結合半径は、それぞれ、1.54、0.73 で、その和は、2.27。
これの、1.05、1.06、1.07 倍は、それぞれ、2.383、2.406、2.429。
(つまり、1.05 倍超で、1.07倍未満。約1.06倍。)
計算で丸め誤差があるが、
この辺りで、結合するしないの判定が成されている。
?????
・-・ - -・


以上、「Winmostar」に関する記事への補足でした。


今後も、
頑張って、学習します。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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