共有結合半径:値一覧

2014-07-08 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
3、3、1、2、0、 0、0、0、0、0(41)で、換算ポイント 68pt 。
「Firefox」今朝方、3位にアップ。
「FM COCOLO」今し方、4位にダウン。
・-・ - -・

さて、本文。

5ヶ月前(2014-02-03)の記事:
NaNO3 を、JSmol で表示すると…
や、
その1週間後(2014-02-11)の記事:
“.cif”ファイルの表示では...
で、
座標値だけから原子間結合を判定している様子について書いた。

つまり、各ツールは“共有結合半径”の値を保持している?

なお、
5年前(2009-03-24)に、
部活:共有結合半径
を書いているが、・・・

改めて、
そのデータを調べてみた。

(1)Winmostar

インストールディレクトリにある「atoms1.wmx」ファイルにあった。
ファイル先頭から酸素まで:

20000 113 1 0 1 1 0
0 LP 0.828 000170170 0.00000 0.200
1 H 1.200 255255130 1.00794 0.290
2 HE 1.700 217255255 4.00260 1.300
3 LI 1.700 204128255 6.94100 1.230
4 BE 1.700 194255000 9.01218 0.900
5 B 1.700 255181181 10.81100 0.820
6 C 1.700 100130100 12.01100 0.770
7 N 1.550 048080248 14.00674 0.750
8 O 1.520 255013013 15.99940 0.730




(2)Avogadro

インストールディレクトリの bin ディレクトリにある「element.txt」ファイルにあった。
ファイル先頭の集団コメントの次から酸素まで:

#Num Symb ARENeg RCov RBO RVdW MaxBnd Mass ElNeg. Ionization ElAffinity Red Green Blue Name
0 Xx 0.00 0.00 0.00 0.00 0 0 0.00 0 0 0.07 0.50 0.70 Dummy
1 H 2.20 0.31 0.31 1.10 1 1.00794 2.20 13.5984 0.75420375 0.75 0.75 0.75 Hydrogen
2 He 0.00 0.28 0.28 1.40 0 4.002602 0.00 24.5874 0 0.85 1.00 1.00 Helium
3 Li 0.97 1.28 1.28 1.81 1 6.941 0.98 5.3917 0.618049 0.80 0.50 1.00 Lithium
4 Be 1.47 0.96 0.96 1.53 2 9.012182 1.57 9.3227 0 0.76 1.00 0.00 Beryllium
5 B 2.01 0.84 0.84 1.92 4 10.811 2.04 8.298 0.279723 1.00 0.71 0.71 Boron
6 C 2.50 0.76 0.76 1.70 4 12.0107 2.55 11.2603 1.262118 0.40 0.40 0.40 Carbon
7 N 3.07 0.71 0.71 1.55 4 14.0067 3.04 14.5341 -0.07 0.05 0.05 1.00 Nitrogen
8 O 3.50 0.66 0.66 1.52 2 15.9994 3.44 13.6181 1.461112 1.00 0.05 0.05 Oxygen




(3)CIF2Cell

インストールディレクトリにある「elementdata.py」ファイルにあった。
プログラム・ソースコードの中にあるので、
ファイル途中から酸素まで:

# Covalent radii
self.CovalentRadius = {
'H' : 0.32 ,
'D' : 0.32 ,
'Ne' : 0.71 ,
'F' : 0.72 ,
'O' : 0.73 ,

# Covalent radii, stolen from Jmol
self.CovalentRadius2 = {
'H' : .230,
'D' : .230,
'He' : .930,
'Li' : .680,
'Be' : .350,
'B' : .830,
'C' : .680,
'N' : .680,
'O' : .680,


こちらは、
自前(?)と、“Jmol”からの引用(?)
盗用(?):stolen - weblio
 【動詞】
  →steal の過去分詞.
 【形容詞】【限定用法の形容詞】
  盗んだ.
 steal
【動詞】
 盗む
 【類語】 steal は他人のものをこっそり盗む; rob は・・・; pilfer は・・・


(4)Webサイト
「Table of covalent radii」と云うタイトルの
このページ
  Values in this table are based on an analysis
   from the Cambridge Structural Database.
2列の表形式で表示されている。
左側の酸素まで:

Z Symbol r (pm)
1 H 31
2 He 28
3 Li 128
4 Be 96
5 B 84
6 C 76
7 N 71
8 O 66


上記は、以前に“保存”しておいたもの。
だが、このページ現在では、・・・

  「www.profmokeur.ca という名前のサーバが見つかりませんでした。」

になっている。

残念です。

改めて「covalent radii table」で検索してみた。
その中での、
画像検索結果
では、数多くのサイトが見つかる。

この中で、1つ“面白い”かナと思ったのが:
  http://chemistry.about.com/
ですが、・・・・・


本日はここまで。


再び、Python 学習に戻る???


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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