JSmol:ドラッグ&ドロップで読込

2014-07-14 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での、blogramのランクインカテゴリは、
3、2、1、2、0、 1、0、0、0、0(41)で、換算ポイント 61pt 。
「グルコサミン」昨日昼前に、2位にアップ。
だが今朝方再び、3位にダウン。
・-・ - -・

さて、本文。

当「<紙>さんLoG」内で、
JSmol」と検索すると、
十数件見つかる。

現在常用ホストマシンに導入したのは、
今年初めの事:
JSmol 導入

以来、1月(2014-01-22)の記事:
JSmol で分子構造データ検索
  ・・・・・
  ・・・・・
  ここで、右の方に(赤ワクで示した)
   「Load MOL by NAME」
  なるボタンがある。
  これを、クリックしたら、
  ・・・・・
  ・・・・・
  と出たので、
  「Sodium Nitrate」と入れて「OK」をクリックした。
  チャント、3Dの構造が表示された。
  そこで、
  HTML5のcanvas領域、即ち、JSmol表示領域内で、右クリックし、
  現れるメニューから、
  「表示」->「MOLデータを抽出」
  としたら、
  コンソール窓が現れて、
  ・・・・・
  ・・・・・
  と(3D構造データの)「.mol」ファイルが得られる!
  ・・・・・
  ・・・・・
とか、

2月(2014-02-11)の記事:
「.cif」ファイルの表示では...
  ・・・・・
  ・・・・・
  この物質の座標データは、「5000092.cif」で得られる。
  このファイルの中では、原子は2つしか定義されていない:
  ・・・・・
  ・・・・・
  ですが、1組5原子(アルミが2つ、酸素が3つ)で、
  1ユニットセル内に6組入っているとある。
  つまり、単位格子内には30原子あることになる。
  それで、このファイルを読み込んでみた。
  JSmol・・・・・36原子、54結合。
  ・・・・・
  ・・・・・
とか、

とか。

何度か、ローカルに導入したものを使っている。


ここで、対象物質を表示するときに、
JSmol表示領域に、
物質の「.cif」「.xyz」「.mol」「.pdb」ファイル何れでも、
ドラッグ&ドロップするだけで、ロード・表示してくれる。
コトに(今頃になって)気付いた。


このドラッグ&ドロップでの読み込みは、Web版でも出来る!

因みに、
JSmol 導入
で、
  ・・・・・
  「COD:Crystallography Open Database」
  で、1つ( WO3 )を検索して、
    COD ID:1004057
  を見つけ、
  ・・・・・
と書いた、
「1004057」は表示がショボイ(?)ので、
次のCOD-IDの「このページ」にしたが、
これを開いて、・・・

JSmol表示領域(黒い部分)に、
「.cif」「.xyz」「.mol」「.pdb」ファイル何れでも、
ドラッグ&ドロップしてみる。

チャント、表示される。

これは使えますね。

右クリックメニューから“コンソール”を選んで、
「load ・・・」と入力する手間が省ける。

と云うことで、
本日はここまで。


Python 学習に戻る???


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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