Python 学習:RDKit パッケージ

2015-10-15 :  理科部 部活
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での blogramのランクインカテゴリは、
6、2、1、0、1、 0、0、0、0、0(41)で、換算ポイント 84pt 。
「化学業界」「硝子業界」「グルコサミン」「e-radio」、
「Python」「FM COCOLO」「Firefox」がbg値変動のみ。
「C言語」「Perl」「FM青森」では全く変化無し。
・-・ - -・

さて、本文。

Avogadro”でも、
「分子構造の最適化」ができる。
--→<紙>さんLoG

これは、
MOPAC”のMO(Molecular Orbital:分子軌道)法と違って、
MM(Force Field:力場)法ですね。

そして「Avogadro」の、
Tutorials:Drawing molecules」にある如く、
MMFF(Merck Molecular Force Field)法などですね。


そこで、
Python パッケージに、構造最適化パッケージがないか探してみた。
MMFF atom」で検索したら、
上位に、
Getting Started with the RDKit in Python
があった。
RDKit」ですか!

チュートリアルには、

  ・・・・・
  ・・・・・

  Working with 3D Molecules
  ・・・・・
  ・・・・・
  Note that the conformations that result from
   this procedure tend to be fairly ugly.
  They should be cleaned up using a force field.
  This can be done within the RDKit using its implementation of
   the Universal Force Field (UFF).
  ・・・・・
  ・・・・・
  The RDKit also has an implementation of
   the MMFF94 force field available.

などとある。


早速導入!!!

ダウンロードのページから、
「RDKit_2015_03_1.win32.py27.zip」(21.9 MB) をダウンロード。

Python インストール場所の
  D:/TOOL/WinPython32_2763/
に展開した。
それから、
  /RDKit_2015_03_1/Docs/Book/Install.rst ファイル
の「Installation of RDKit binaries」節の記述に従って、
パス設定をした。

だが、以上の面倒な事はイラなかった。


何処かに展開して、
できた中の /rdkit/ 以下の 704 ファイル 33.8MBを
丸ごと、
  /WinPython32_2763/python-2.7.6/Lib/site-packages/
以下にコピーするだけでOKだった!


さて、動作確認:

日化辞Webサイトから、
“ベンゼン”をダウンロード:「J2.375B.mol」
これは、 'C' 6ヶのみ定義されているもので、
C-C間の距離が短い?

そこで、
(1)水素を付加し、
(2)構造最適化。
# -*- coding: utf-8 -*-
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem

m = Chem.MolFromMolFile('J2.375B.mol') # 入力
print Chem.MolToMolBlock(m) # 入力確認

m2 = Chem.AddHs(m) # 水素付加
AllChem.EmbedMolecule(m2)
AllChem.MMFFOptimizeMolecule(m2) # 構造最適化
print Chem.MolToMolBlock(m2) # 結果確認

OT = open( 'out.mol','w')
print >>OT, Chem.MolToMolBlock(m2) # ファイル出力
OT.close()


動作確認OK!!!


本日はここまで。


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