OpenBabel:Develop with Open Babel

2015-12-06 :  PCクリニック
本文の前に、
-・・・ -・-
現時点での blogramのランクインカテゴリは、
6、3、0、0、1、 0、0、0、0、0(41)で、換算ポイント 86pt 。
「FM COCOLO」が2位にアップした。
「Perl」「化学業界」「硝子業界」「e-radio」「グルコサミン」、
「Python」「Firefox」bg値変動のみ。「C言語」「FM青森」全く変化無し。
・-・ - -・

さて、本文。

OpenBabel」の如く、
10数件書いている。
最後は、昨年8月(2014-08-08)の記事:
プログラム設計:msi2mol」ですが、
これは意図して(OpenBabelを)使ったものではない、

改めて「ホームページ?」を見てみた。

下方左の“Navigation”に、
Develop with Open Babel
つまり、
Category:Developer
がある。

曰く:
  In addition to serving as a set of user-level tools,
  Open Babel offers a C++ library and interface in other languages
  (e.g., Perl and Python) for general chemical software development,
  both in-house and to encourage open source chemistry packages.
  ・・・・・
  ・・・・・
無理矢理訳したら、・・・
  ユーザー ・ レベルのツールのセットとして機能に加えて、
  一般的な化学ソフトウェア開発、社内と化学のオープン ソース パッケージ
  を奨励するを開くバベルの C ライブラリとその他の言語
  (Perl や Python など)でインターフェイス提供しています。
  ・・・・・
  ・・・・・
?????

ようするに、
「C++言語のライブラリ」を直接使うか、
Perl」か「Python」スクリプトから使う。

<紙>としては、化学系は“Perl”を使いたい。


Perl」リンクへ行ってみた。

Installation
には、

当然のことながら、

先ずは、“Linux”系

続いて、“MacOSX”

それから、・・・・・

あれ、“Windows”は???


「Open Babel v2.3.1 documentation」の
Perl - using the Open Babel library
には、

  The Perl bindings are available only on MacOSX and Linux.
  (We could not get them to work on Windows.)

とありました。

アチャ~


では、<紙>のメイン(スクリプト)言語「Python」では???

Python」リンクですネ。

Installationリンク先は、

Windows - Install Python bindings
ですか。

そこには、

  Install the bindings

  1.First you need to download and install
     the OpenBabelGUI version 2.3.1
  2.Next, download and install the OpenBabel Python bindings
     (version 1.7) for your Python version,
     either 2.5 2.6, 2.7 3.1, or 3.2.

つまり、
「OpenBabelGUI version 2.3.1」をインストールしておく。
それから、
使用しているPythonの版:2.5、2.6、2.7、3.1、3.2 に合った、
「Pythonバインディング(Ver.1.7)」をインストールする。

因みに、
Python 2.7 では「openbabel-python-1.7.py27.exe」
ですか。

いつもお世話になっている、
例の「Gohlke」さんのページでは?

OpenBabel」があった。

「openbabel-1.8.4-cp27-none-win32.whl」
ですね。



結論:

1.(正確には C++ だが) C 言語でライブラリを使う。

2.Pythonバインディングを導入して、Pythonで使う。

残念ながら、(Windows では) Perl からは使えない。


本日はここまで。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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