画像ファイルじゃない gif ファイル

2017-09-04 :  理科部 部活
Python、C言語、Perl、グルコサミン、Firefox
ひょんなことから、拡張子が.gifなるファイルを知った。

普通(?)だと、
 Graphics Interchange Format
  Graphics Interchange Format(グラフィックス・インターチェンジ・
  フォーマット、略称GIF)はCompuServeのPICSフォーラムで提唱された
  画像ファイルフォーマットの一つである。
  LZW特許を使用した画像圧縮が可能。一般的に用いられている拡張子は.gif。
  ・・・・・
  ・・・・・
ですよネ???

だが、
今回のファイルは、実体はテキストファイルで、
どうも、分子構造を表現するもの?


探してみたら、
“bioinformatics”→“タンパク質科学”→“構造解析”→“Gaussian”の
ファイルフォーマット」が見つかった。

  Gaussian で利用されるファイルの形式。

  拡張子

  .gif  Gaussian Input File の形式です。
     GaussianView で作成した分子構造を保存するとき、
     拡張子を .gif として保存される。
     中身は普通のテキストファイルである。
  .log  Gaussian で最適化計算を行うときのログ情報や・・・
  ・・・
  .pdb  PDB ファイル
  ・・・・・
  ・・・・・

と云うことですか。

“GaussianView”ですね。


フリーソフトで何か無いか?
探してみた。
こんなページが見つかった。
分子構造を表示できるフリーソフトでGaussian ・・・
 分子構造を表示できるフリーソフトでGaussian input ファイル
 (エンコードが .gjf)が開けるものを知りませんか?

で、その回答は:

 TEXT編集するだけであれば、そのままnotepadやtextエディタなどで開けますよ。
 GaussViewのようにグラフィックを使いたいのであれば、アカデミックであれば、
 Winmostar ( ***このURLはリンク切れ*** )があります。
 以前は完全にフリーでしたが、今ではアカデミック使用で無料です。
 日本のソフトなので色々と分かりやすいかもしれません。
 後は海外のソフトなどでありますよ。


確かに、Winmostar で扱える。
だが、
 ・商用版(有償)
 ・トライアル版(3か月間)
 ・無償版
とある。

調べてみると、
Winmostarの導入
 「無償版」は、以前に比べると機能が大幅に制限され、
 原子数が制限された組み込みのMOPAC Ver.6以外は利用できません。
 フル機能が利用できる「トライアル版」は利用期間が3か月間となっています。
だそうな。

また、
OpenBabel」では、変換出力のみで、
入力は非対応。


更に探してみた。

こんなツールが見つかった:
MolStat
 Gaussian Input/Output File Viewer
 MD Simulation Visualizer/Animator

  概要

   MolStatはGaussianの入力ファイル・出力ファイル中の分子構造、
  振動計算結果を可視化するためのソフトで、Ball&Stick、Space Filling、
  Wireといった3D分子モデルの表示と分子振動のアニメーション、
  赤外・ラマンスペクトル(JCAMP-DX形式)の読み込み、分子動力学計算結果から
  動画アニメーションを書き出す等の機能があります。

  このソフトウェアは開発中のものです。
  一部未実装、バグなどありますので自己責任での使用をお願いします。
  また、作者はソフトウェアの使用により生じた一切の損害に対する
  責任は持たないものとします。

  実行環境

  Windows95R2/98/Me/NT/2000/XPに対応と思われます。

そして、

  Ver.0.921, 1149KB, 2008/09/17

だそうな。


古すぎるけど、完全フリーなので、ダウンロードしてみた。

  MolStat-0.921.zip 1.12MB


D:/TOOL/MolStat-0.921/

に展開。


一応、読み込み・表示できた。
但し、ファイルの拡張子は '.gif' ではダメで '.gjf'でした。


本日はここまで。


理科部 部活動 も、思い出したように続いている???


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