dcm2niix:DICOM to NIfTI conversion

2017-10-06 :  PCクリニック
Python、C言語、Perl、グルコサミン、Firefox
前(2017-10-04)の記事「DICOM 学習:参考サイト」の最後に載せたサイト:
DICOM introduction and free software

の(ほぼ)最終段に、

  Links to DICOM image conversion
  ・ dcm2nii can convert DICOM images to the popular NIfTI file format
   (other excellent converters are also listed on the dcm2nii page).

が載っている ( この段落、最初に列挙されているリンクには載っていない? )


それで、飛んでみた。

 dcm2nii DICOM to NIfTI conversion

 Introduction

 Important note: dcm2nii is obsolete.
 While I hope it is generally robust and useful,
 active development has moved to dcm2niix.
 In general, dcm2niix is typically better suited for modern DICOM images.
 On the other hand, dcm2nii is useful for archival studies with
 legacy proprietary format that predated DICOM.
 This software is provided under the BSD 2-Clause license.

 ・・・・・
 ・・・・・

つまり、
dcm2niiは古いモノで、今ならdcm2niixを使う。


これは如何か?


ダウンロードした:
 「dcm2niix_19-Aug-2017_win.zip」 2017-08-19 付 609KB
  中身は実質 dcm2niix.exe 1つ。

これ、即実行可能ダ。

試しに、
カレントに“dcm2niix.exe”と、(例の)“x.dcm”を置いて、

dcm2niix.exe  .
と打ち込むと、
2つのファイルが出来た:
“___Vol_0.5_Vol._20170313150941_2.json”
“___Vol_0.5_Vol._20170313150941_2.nii”

“.json”はテキスト・ファイルで、“.dcm”の情報
“.nii”は、以前(2017-09-25)の記事:
… XMedCon:The project stands for Medical Image ・・・
で書いている“.nii”ファイルとは若干異なる。

画素の値は:-2048(=30720)~1965(=34733)
と、真の値。

だが、上下が反転している!

でも、「.exe」1つのみで済むのは good

二者択一だと、悩むナ。


因みに、コマンドusageは、
usage: dcm2niix.exe [options] 
Options :
-1..-9 : gz compression level (1=fastest..9=smallest, default -1)
-b : BIDS sidecar (y/n/o(o=only: no NIfTI), default y)
-ba : anonymize BIDS (y/n, default y)
-f : filename (%a=antenna (coil) number, %c=comments, %d=description, %e echo number, %f=folder name, %i ID of patient, %j seriesInstanceUID, %k studyInstanceUID, %m=manufacturer, %n=name of patient, %p=protocol, %s=series number, %t=time, %u=acquisition number, %v=vendor, %x=study ID; %z sequence name; default '%f_%p_%t_%s')
-h : show help
-i : ignore derived, localizer and 2D images (y/n, default n)
-m : merge 2D slices from same series regardless of study time, echo, coil, orientation, etc. (y/n, default n)
-o : output directory (omit to save to input folder)
-p : Philips precise float (not display) scaling (y/n, default y)
-s : single file mode, do not convert other images in folder (y/n, default n)
-t : text notes includes private patient details (y/n, default n)
-v : verbose (n/y or 0/1/2 [no, yes, logorrheic], default 0)
-x : crop (y/n, default n)
-z : gz compress images (y/i/n, default n) [y=pigz, i=internal, n=no]
Defaults stored in Windows registry
Examples :
dcm2niix.exe c:\DICOM\dir
dcm2niix.exe -o c:\out\dir c:\DICOM\dir
dcm2niix.exe -f mystudy%s c:\DICOM\dir
dcm2niix.exe -o "c:\dir with spaces\dir" c:\dicomdir
でしょうか?


本日はここまで。


DICOM 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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