nii ファイルとは何?

2017-10-11 :  PCクリニック
Python、C言語、Perl、グルコサミン、Firefox
このところ、“DICOM 学習”を行っている???

そこには、拡張子が“.nii”のファイルが出てくる。

ここで、
改めて“.nii”ファイルについて学習した。


以前(2017-09-25)の記事:
… XMedCon:The project stands for Medical Image ・・・」で、
変換先のフォーマットとして、
“nifti”即ち、NIfTI Analyze を指定すると
.niiファイルが出来た。


それで、手始めに
DICOM NifTI format」で検索してみた。

最初のページでは、・・・

 ・DICOM to NIfTI converter, NIfTI tool and viewer - File Exchange ...
 ・Siemens DICOM sort and convert to NIfTI - File Exchange - MATLAB ...
 ・dcm2nii DICOM to NIfTI conversion - Center for Advanced Brain ...
 ・SPM/DICOM - Wikibooks, open books for an open world
 ・NIfTI-1 FAQ - Neuroimaging Informatics Technology Initiative - NIH
 ・The NIFTI file format | Brainder.
 ・dcm2nii DICOM to NIfTI conversion
 ・Tutorial 2: Converting and preparing data - MRI-TUTORIAL.COM
 ・dicomnifti - converts DICOM files into the NIfTI format - Debian ...
 ・How can one convert Nifti to DICOM for DTI images? - ResearchGate

と云ったように、
“DICOM”から“NIfTI”への変換に関するモノが多い?


ならばと、
NIFTI file format」で検索してみた。

最初のページでは、・・・

 ・NIfTI-1 Data Format - Neuroimaging Informatics Technology Initiative
 ・NIfTI-1 header file - NIH
 ・NIfTI-1 FAQ - Neuroimaging Informatics Technology Initiative - NIH
 ・NIfTI: - Neuroimaging Informatics Technology Initiative
 ・NIfTI-1 File Format - NIH
 ・NIfTI-1 Test Data Sets - Neuroimaging Informatics Technology ...
 ・The NIFTI file format | Brainder.
 ・The NIFTI-2 file format | Brainder.
 ・the nifti-1 data format - NITRC
 ・NIfTI conversion (volumetric files) - BrainVoyager Support

と云ったようなページが見つかる。

中から適当に
The NIFTI file format | Brainder.」を選んで見てみた。

  The Neuroimaging Informatics Technology Initiative (nifti) file format
 was envisioned about a decade ago as a replacement to the then widespread,
 yet problematic, analyze 7.5 file format.
  The main problem with the previous format was perhaps the lack of
 adequate information about orientation in space,
 such that the stored data could not be unambiguously interpreted.
  Although the file was used by many different imaging software,
 the lack of adequate information on orientation obliged some,
 most notably spm, to include, for every analyze file,
 an accompanying file describing the orientation,
 such as a file with extension .mat.
  The new format was defined in two meetings of the so called
 Data Format Working Group (dfwg) at the National Institutes of Health (nih),
 one in 31 March and another in 02 September of 2003.
  Representatives of some of the most popular neuroimaging software agreed
 upon a format that would include new information, and upon using the new
 format, either natively, or have it as an option to import and export.
=== Google 翻訳
  Neuroimaging Informatics Technology Initiative(nifti)ファイル
 フォーマットは、10年ほど前に広まっているがまだ問題の多い7.5の
 ファイルフォーマットの代わりに考えられていた。
  以前の形式の主な問題は、おそらく、宇宙での向きに関する適切な情報が
 不足していて、記憶されたデータを明確に解釈できないことでした。
  ファイルは多くの異なるイメージングソフトウェアで使用されていましたが、
 オリエンテーションについての適切な情報が不足しているため、
 分析ファイルごとに、拡張子.matのファイルなど、
 オリエンテーションを記述する添付ファイルを含める必要がありました。
  新しいフォーマットは、2003年3月31日、9月2日に国立保健研究所(NIH)で
 開催されたいわゆるデータフォーマットワーキンググループ(dfwg)の
 2回の会議で定義されました。
  最も人気のあるニューロイメージングソフトウェア新しい情報を
 含むフォーマットと、新しいフォーマットを使用したときにネイティブに、
 あるいはインポートとエクスポートのオプションとして
 持っていることに合意しました。


イマイチ<紙>には理解できない点もあるが、

NIfTI とは、
“Neuroimaging Informatics Technology Initiative”
のことですか。


そして、少し下の方に、

 Overview of the header structure
  In order to keep compatibility with the analyze format,
 the size of the nifti header was maintained at 348 bytes
 as in the old format.
  Some fields were reused, some were preserved, but ignored,
 and some were entirely overwritten.
  The table below shows each of the fields, their sizes,
 and a brief description.
  More details on how each field should be interpreted
 are provided further below.
=== Google 翻訳
  分析フォーマットとの互換性を維持するために、古いフォーマットのように、
 niftiヘッダーのサイズは348バイトに維持されていました。
  一部のフィールドは再利用され、一部は保存されましたが無視され、
 一部は完全に上書きされました。
  下の表は、各フィールド、そのサイズ、
 および簡単な説明を示しています。
  各フィールドの解釈方法の詳細については、
 後で詳しく説明します。


<紙>が(ファイルダンプ)を見るに、
348バイトの後に、4バイトの未使用?領域があるようだ。

つまり、先頭から 352バイトのヘッダーに続いて
16ビット・データがあると見てとれる。


ヘッダー情報で欲しいのは、・・・・・

  TYPE  NAME   OFFSET SIZE  DESCRIPTION

  short  dim[8]  40B  16B   Data array dimensions.


ここの、次元数、サイズ(次元分) ですネ。
例えば、 3   512、512、1、・・・


本日はここまで。


DICOM 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


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