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Anaconda 学習:Atomic Simulation Environment(ASE)

2018-01-31 :  PCクリニック
3年前(2015-10-15)の記事「Python 学習:RDKit パッケージ」で、
  ・・・・・
  ・・・・・
  そこで、
  Python パッケージに、構造最適化パッケージがないか探してみた。
  「MMFF atom」で検索したら、
  上位に、
  「Getting Started with the RDKit in Python
  があった。
  「RDKit」ですか!
  ・・・・・
  ・・・・・
と書いていた。

今回、
「Python MOPAC」と検索していて、

1つ目「Atomic Simulation Environment - ASE
を見つけた。
これは、condaで簡単に入れられますネ:
conda-forge / packages / ase 3.15.0
  ASE is a set of tools and Python modules for setting up, manipulating,
  running, visualizing and analyzing atomistic simulations. Python 2.6-3.6

Documentation: http://wiki.fysik.dtu.dk/ase
にある“サンプル・コード”では“BFGS”法で最適化している。


2つ目「Python Library for Automating Molecular Simulations - PLAMS
では、これはconda cloudには無かった。
導入はpip install plams云うこと?

を見つけた。


それで、1つ目の ASEを入れてみた:
  conda install -c conda-forge ase

初めに、
  conda update -n base conda
で、condaをアップデート(4.4.2 → 4.4.7)し、
それから再度、目的のコマンド入力。
18ヶほどインストールされた。


いざテスト実行、・・・・・

上記の“BFGS”法による最適化の“サンプル・コード”では、
NWChem でエラーとなって、実行できない。


ドキュメントを眺めていて、見つけた
Structure optimization の例“H2O”の構造最適化

実行できた様だが?

結果は、
 O - H 間距離が、1.0987 と正解(?)の 0.9572 より大きい。
また、H - O - H 角度が、102度と正解(?)の 104度より小さい。


どうも、
MOPAC
とか、
CP2K
とか、
「Gaussian」
とかとか、のインストールが必要の様ダ?



本日はここまで。


Anaconda ( Python ) 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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