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Windows 版 OpenBabel v2.4.1 for 64-bit 導入

2018-06-13 :  PCクリニック

分子構造データファイルに関して学習していた。
思い出して、
Open Babel: The Open Source Chemistry Toolboxサイトを見た:
Open Babel: The Open Source Chemistry Toolbox

最新版は、v2.4.1 に成っている。


今使っているのは、
かれこれ3年前(2015-12-06)の記事「OpenBabel:Develop with Open Babel
の如く、「OpenBabelGUI version 2.3.1」

そこで、
Get Open Babel」ページから、

OpenBabel-2.4.1.exe 2016-10-11 付 21.9MB

をダウンロードして、
インストール:D:/TOOL/OpenBabel-2.4.1/ に。


改めて、ドキュメントを学習した。


1)「.msi」ファイルを読み込めたんだった

 “Supported File Formats and Options”

 「Accelrys/MSI Cerius II MSI format (msi)



2)コマンドで実行するには:

 “Open Babel v2.3.1 documentation”の
 「obabel and babel - Convert, Filter and Manipulate Chemical Data

  obabel and babel are cross-platform programs designed to
  interconvert between many file formats used in molecular modeling
  and computational chemistry and related areas.
  They can also be used for filtering molecules and for
  simple manipulation of chemical data.

  ・・・・・

  obabel is recommended over babel
  (see Differences between babel and obabel).

  ・・・・・
  ・・・・・

obabel を使うべし。

  obabel hogeA.msi -OhogeB.mol

の様に。


ところで、Python interface は無いのかナ?

探してみたら、
“Python Package Index”に、
openbabel 2.4.1」があった。
  This is a Python interface to the Open Babel chemistry library.

左ペイン(?)の
  Download files
から、
  openbabel-2.4.1-cp27-cp27m-win_amd64.whl
   (722.2 kB)  Py2.7  Jan 2, 2017
をダウンロードして、
解凍して、
(フォルダ内では無くて)直下にある3つを、
<紙>の場合、 D:/TOOL/Anaconda2/Lib/site-packages/ に格納した。

で、テスト実行してみたが、
 DLL が見つからない
と出て使えない。
・・・格納を取り消した。


Anaconda ( Python ) では?

openbabel / packages / openbabel 2.4.1
が見つかる。

  conda install -c openbabel openbabel

でインストール。
パッケージは1つのみ追加された。

これでも、
 DLL が見つからない
と出て使えない。

諦めた。
・・・インストールを取り消した。


Python からは、

 「subprocess」の「call」を使って obabel を実行する。

ことにする。


ところで、
OpenBabelGUIの起動方法は?

1)スタートメニューの「Open Babel GUI」から実行

2)コマンドプロンプトで、「obgui」と打ち込む

と云うこと。



本日はここまで。


OpenBabel と、Anaconda ( Python ) 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
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