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OpenBabel 学習:xyz2mol 処理

2018-06-18 :  PCクリニック
4年前(2014-08-08)の記事:
プログラム設計:xyz2mol
で設計し、

昨年(2017-10-27)の記事:
Python プログラム:xyz2mol.py
で、Python版を作り、

そして、
続(2017-10-30)く記事:
GSL Shell プログラム:xyz2mol.gsl
で、GSL Shell版を作った:

   座標データだけから成るファイルを元に、
   原子間の結合データを生成する

処理コード


これに関しては、・・・・・

結論として、
自作する必要は無かった。
OpenBabel
を使えば十分ダ。


DOS コマンドでは、

  obabel hoge.xyz -Ohoge.mol

これだけ!


Python からは、

「subprocess」の「call」を使って 上記コマンドを実行する。



1点留意事項がある。

mol形式だと、
標準では、V2000形式であって、99 原子まで。
100 原子以上の場合は、V3000形式に自動的に変わる。


これでは、不都合な場合もある。

強制的にV3000形式で出力させたい場合は、

  obabel hoge.xyz -Ohoge.mol -x3

とすれば良い。


あるいは、mol形式に拘らずに
Sybyl Mol2 format (ml2, sy2, mol2)
形式にした方が良さそうダ。



本日はここまで。


OpenBabel と、Anaconda ( Python ) 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


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