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OpenBabel 学習:ViewMol format ( vmol )

2018-06-20 :  理科部 部活
“Open Babel v2.3.1 documentation”の
Supported File Formats and Options
を見ていたら、
“3D viewer formats”の中に、
ViewMol format (vmol)
があった。

どんな形式なのか?

4年前(2014-02-03)の記事「NaNO3 を、JSmol で表示すると…
で使った、以下の「.xyz」ファイル形式のファイル:
5
NaNO3 : Sodium Nitrate
Na 2.170377 7.394214 0.000000
N 5.091654 7.394214 1.398583
O 4.016332 8.015051 1.398583
O 6.166976 8.015051 1.398583
O 5.091654 6.152539 1.398583
を変換してみた。

$title
NaNO3 : Sodium Nitrate
$coord 1.0
2.17037700000000 7.39421400000000 0.00000000000000 Na
5.09165400000000 7.39421400000000 1.39858300000000 N
4.01633200000000 8.01505100000000 1.39858300000000 O
6.16697600000000 8.01505100000000 1.39858300000000 O
5.09165400000000 6.15253900000000 1.39858300000000 O
$end
となった。

因みに、「.xyz」形式での出力では、
5
NaNO3 : Sodium Nitrate
Na 2.17038 7.39421 0.00000
N 5.09165 7.39421 1.39858
O 4.01633 8.01505 1.39858
O 6.16698 8.01505 1.39858
O 5.09165 6.15254 1.39858
ですネ。

どっちもフリー・フォーマット形式だが、
座標値表示桁数に決定的な差がある。
「.xyz」では、%.5f だが、
「.vmol」ではなんと、%.14f と成っている。

<紙>的には、%14.9f で十二分と思っていたが。


本日はここまで。



Anaconda ( Python ) 学習じゃなくて OpenBabel 学習(?)続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


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