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Anaconda 学習:BioPythonとPyMol

2018-07-06 :  PCクリニック
前回(2018-07-04)の記事:
Anaconda 学習:Gohlkeさんのサイトから
で、
8つのパッケージをピックアップした。

今回、

最初の Index by date: に載っている、
biopython」と「pymol」の2つについて調べた。


先ず1つ目。

Biopython, a set of tools for biological computation.
には、
  biopython-1.72-cp27-cp27m-win_amd64.whl
などがある。

Anaconda 5.0.1 : Windows 版 Python 2.7.14 ( 64bit 版 )
に、
含まれるパッケージ:「Packages for 64-bit Windows with Python 2.7
には、

 ・Version:1.71

 ・Summary / License:
 Collection of freely available tools for computational molecular biology
 / Biopython License Agreement

とあるが、
デフォルトでは、インストールされない。

Documentation
では、

 Introduction

  Biopython is a set of freely available tools for biological
 computation written in Python by an international team of developers.

  It is a distributed collaborative effort to develop Python libraries
 and applications which address the needs of current and future work
 in bioinformatics.
  The source code is made available under the Biopython License,
 which is extremely liberal and compatible with almost every license
 in the world.

  We are a member project of the Open Bioinformatics Foundation (OBF),
 who take care of our domain name and hosting for our mailing list etc.
  The OBF used to host our developement repository,
 issue tracker and website but these are now on GitHub.

  This wiki will help you download and install Biopython,
 and start using the libraries and tools.

===

 前書き

  Biopythonは、国際的な開発者チームによってPythonで書かれた、
 生物学的計算のために自由に利用できるツールのセットです。

  これは、バイオインフォマティクスにおける現在および将来の作業の
 ニーズに対応するPythonライブラリおよびアプリケーションを
 開発するための分散協調作業です。
  ソースコードはBiopythonライセンスの下で入手可能になっています。
 これは非常にリベラルなものであり、
 世界のほぼすべてのライセンスと互換性があります。

  私たちはOpen Bioinformatics Foundation(OBF)の
 メンバープロジェクトです。
  OBFは私たちの開発リポジトリ、Issue Tracker、Webサイトの
 ホスティングに使用されましたが、現在はGitHubにあります。

  このwikiは、Biopythonをダウンロードしてインストールし、
 ライブラリとツールの使用を開始するのに役立ちます。


それで、
 Get help
の、
 Cookbook (working examples)
を見てみると、・・・・・

どうも、タンパク質? 高分子? 有機分子? DNA?
無機・結晶 じゃなさそう???

当面、ペンディングです。



次に2つ目。

 ・PyMOL, a molecular visualization product for rendering
          and animating 3D molecular structures.
 PyMOL is a trademark of Schrodinger, LLC.
 Requires numpy+mkl and PMW. Excludes the web module.
 Conflicts with the chempy package.

===

 ・PyMOLは、3D分子構造のレンダリングとアニメーション化の
        ための分子視覚化製品です。
 PyMOLはSchrodinger、LLCの商標です。
 numpy + mklとPMWが必要です。 Webモジュールを除外します。
 うんざりしたパッケージと競合します。
 (うんざりじゃなくて、
  chempy:Python package useful for (physical) chemistry
  ですネ。)

それで、
  pymol-2.1.0-cp27-cp27m-win_amd64.whl
などがある。


Anacondaに含まれる「Packages for 64-bit Windows with Python 2.7
には、
載っていないが、
Anaconda Cloud
では見つかる:「pymol
例えば、
schrodinger / pymol 2.1.1
  ・・・・・
  ・・・・・
  Home: pymol.org
  ・・・・・
  ・・・・・

のリンク先は:
  PyMOL is a user-sponsored molecular visualization system
  on an open-source foundation,
  maintained and distributed by ・・・

  We are happy to introduce
  PyMOL 2.1!
  ・・・・・
  ・・・・・

で、
本ブログ内でも“PyMol”検索で、
 十数件の記事
が見つかる。



本日はここまで。


Anaconda ( Python ) 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


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