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VMD:Visual Molecular Dynamics

2018-09-12 :  理科部 部活
Web検索を行っていたら、・・・・・

VMD - Visual Molecular Dynamics
を見つけた。

これは、
NIH ( National Institutes of Health : 国立保健研究所 )で提供されている?
アプリで、「What is VMD?」にある如く:
  VMD is designed for modeling, visualization, and analysis of biological
  systems such as proteins, nucleic acids, lipid bilayer assemblies, etc.
  It may be used to view more general molecules, as VMD can read standard
  Protein Data Bank (PDB) files and display the contained structure.
  VMD provides a wide variety of methods for rendering and coloring
  a molecule: simple points and lines, CPK spheres and cylinders,
  licorice bonds, backbone tubes and ribbons, cartoon drawings, and others.
  VMD can be used to animate and analyze the trajectory of a molecular
  dynamics (MD) simulation.
  In particular, VMD can act as a graphical front end for an external
  MD program by displaying and animating a molecule undergoing simulation
  on a remote computer.
===
  VMDは、タンパク質、核酸、脂質二重層アセンブリなどの生体系のモデリング、
  ビジュアライゼーション、および分析のために設計されています。
  VMDが標準のタンパク質データバンク(PDB)ファイルを読み込み、含まれる構造。
  VMDは、単純な点および線、CPK球および円柱、甘草結合、バックボーンチューブ
  およびリボン、漫画図面など、分子のレンダリングおよび着色のための
  さまざまな方法を提供します。 VMDを使用して、分子動力学(MD)
  シミュレーションの軌道をアニメーション化および解析することができます。
  特に、VMDは、リモートコンピュータ上でシミュレーション中の分子を表示
  およびアニメーション化することによって、外部MDプログラムの
  グラフィカルフロントエンドとして機能することができます。

そして、
  Key features of VMD include:
  ・Support for all major computer platforms
  ・Support for multicore processors
  ・Support for GPU accelerated computation
  ・・・・・
  ・・・・・
===
  VMDの主な機能は次のとおりです:
  ・すべての主要なコンピュータプラットフォームのサポート
  ・マルチコアプロセッサのサポート
  ・GPUによる高速計算のサポート
  ・・・・・
  ・・・・・


これは面白いナ と思ったが、・・・・・


色々調べてみると、

 高分子がメイン対象?

 ほぼ表示のみ?

 MD 計算用のソフトも提供されているが、
 当然ながら、実行時間が掛かるもの。



<紙>的には、ダメだ(イラナイ)ナ。



と云うことで、
本日はここまで。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒ blogram投票ボタン


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