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mol2 の Du はネオ元素では無い!

2019-01-23 :  理科部 部活
以前(2018-10-24)の記事「Du:ネオ元素」は、
勘違いから記事にしたものだった。


別件の作業から、・・・・・

改めて .mol2 (Sybyl Mol2 format)形式について調べていたら、

Working with MOL2 Structures in DataFrames
を見つけた。

このページを読み(?)進めていたら、

  A list of all the allowed atom types that can be found in
  Tripos MOL2 files is provided below:
===
  Tripos MOL2ファイルで見つかることができるすべての許容された
  原子タイプのリストは以下に提供されます:
???

と云うことで、

中に

  ・・・・・・・・・・・
  ・・・・・・・・・・・
  Du   dummy atom
  Du.C  dummy carbon
  Any   any atom
  Hal   halogen
  ・・・・・・・・・・・
  ・・・・・・・・・・・


と有った!!!



Materials Studio
では、
1 Ag1 -1.82334 -0.00025 0.00000 Du 0 **** 0
の様に Du が現れるが、


OpenBabel
では、
      1 AG         -1.8233   -0.0003    0.0000 Ag      1  UNL1        0.0000
とキチン(?)と出力されている。



ネオ元素なんて別世界のものではなかった。



本日はここまで。


化学(?)の学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒

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