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OpenBabel:構造最適化を行える

2019-02-13 :  理科部 部活
OpenBabel」って、
機能的には、ファイル形式の変換が殆どだと思っていた。

ところが、
ふとしたことで「chaperone」なる、サイトの記事を見つけた。


分子構造の最適化も行えるのだった:
OpenBabel
  本家様 http://openbabel.org/wiki/Main_Page

  各種分子フォーマットの変換ツールだと思ってたのですが、
  構造式検索やら、構造最適化(エネルギー極小化計算)、
  配座解析な事もできるそうな。
  記述子演算も可能で、、まぁーすごいです。

  ・・・・・
  ・・・・・

とあった。


そこで、「OpenBabel Optimize」で検索してみたら、・・・・・
Obminimize - Open Babel」が見つかった。

Obminimizeと云うコマンドですネ。

  Name
  obminimize -- optimize the geometry, minimize the energy for a molecule

  Synopsis
  obminimize [OPTIONS] filename

  Description
  The obminimize tool can be used to minimize the energy for molecules
  inside (multi-)molecule files (e.g., MOL2, etc.)

  Options
  ・・・・・
  ・・・・・


GUI版ではどうする?

いい加減に定義した「~.xyz」を入力として、
「~.xyz」で出力してみる:

中間にあるオプション選択ペインで、

  Generate 3D coordinamte

にチェックを入れる。

すると、
分子構造の最適化がなされた。

キャプチャ画像:




Obminimizeコマンドの使い方は、別途。



本日は GUI での使い方
と云うことで、ここまで。


化学系 学習は続く。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒

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