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Open Babel 学習:原子間の結合計算

2021-05-19 :  理科部 部活
2年前(2019-10-23)の記事:
OpenBabel 学習:xyz2mol」では、

結論的に云って、

  なんと、Open Babelでは、
  いろいろ手の込んだ(?)処理を行っていたのだ。

  基本的に、結合有無は、
    共有結合半径の和に、0.45Ang加えたもので、判定する。
  但し、
    0.63Ang未満の距離は結合させない。
  また、
    原子価規則を適用し、例えば、水素は結合は1本までとする。
  などなど!

  そうすると、
  原子間の結合有無判定、即ち xyz2mol は、
  Open Babel に任せるのが一番だ。

と纏めていた。



今回、
これに補足事項を追加する。

と云うのも、

上記の事項は、
Open Babel に入力するファイルに依って異なる。
と云うことでした。


具体的には、

入力ファイルが“XYZ形式”など、結合を定義できないものでは、
上記の通りの“原子間の結合有無判定”処理を行う。
しかし、
“mol形式”や“pdb形式”など、結合を定義できるものでは、
定義がなされているものと見なして、それが正しいか否かの判定もせず、
たとえ全く定義されていなくても、そのままで、出力ファイルを生成する。

と云う現実を知りました。



いや、正確には、
思い出しました。

と、云うべきです。



今回書いたことは、
3年前(2018-07-30)の記事:
OpenBabel 学習:原子間結合の計算」で、
書いていることと同じですかネ?



お粗末でした。



本日はここまで。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒

210215
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