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Perl 学習:CIF2Cell 四度目

2021-07-21 :  PCクリニック
2年前(2019-11-13)の記事:
Perl 学習:CIF2Cell 三度目」で、

  ・・・・・
  ・・・・・

  今回、
   “Anaconda”版CIF2Cellを作り、
   これを使って、“Perl”スクリプトで、XYZ形式ファイルに変換する。
  プログラムを作った。


  CIF2Cell は、Python スクリプトなので、
  Perl だけでの処理では無いのだが、・・・・・

  そこは、
  昨年(2018-02-09)の記事:
  「Anaconda 学習:スクリプトを exe ファイル化」で書いている手段で、
  exe化してしまう?(出来るものは巨大サイズだが)

  と云うことで、Perl だけでの処理と考える。


  それで、
    "Python cif2cell $file.cif --no-reduce --supercell=[1,1,1]"
  として起動したCIF2Cell の出力は、
  以下のような構造となっている。

  初めの方に、結晶格子情報があり、
  終わりの方に、基本セル内の原子位置情報がある:

  ・・・・・
  ・・・・・
  ・・・・・


これを作った時は、基本セルと云うことに気が取られていたようだった。


よくよく眺めていたら、

  --supercell=[1,1,1]

なるパラメータを指定している。


と云うことは、--supercell=[2,2,2] とか指定した場合の、
CIF2Cell の出力は、どうなる?

実行してみた:
CIF2CELL 1.1.0
2021-07-21 12:00
Output for Al2 O3 (Aluminium oxide - Cr-doped)
CIF file exported from Crystallography Open Database.
Database reference code: 5000092.

BIBLIOGRAPHIC INFORMATION
Finger, L W and Hazen, R M, Journal of Applied Physics 49, 5823-5826
(1978)

INPUT CELL INFORMATION
Symmetry information:
Trigonal crystal system.
Space group number : 167
Hall symbol : -R 3 2"c
Hermann-Mauguin symbol : R-3c:H

Lattice parameters:
a b c
4.7607000 4.7607000 12.9947000
alpha beta gamma
90.0000000 90.0000000 120.0000000
Representative sites :
Atom a1 a2 a3
Al 0.0000000 0.0000000 0.3521600
O 0.3061000 0.0000000 0.2500000

OUTPUT CELL INFORMATION
Symmetry information:
Trigonal crystal system.
Space group number : 167
Hall symbol : -R 3 2"c
Hermann-Mauguin symbol : R-3c:H

Bravais lattice vectors :
0.8660254 -0.5000000 0.0000000
0.0000000 1.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 2.7295776
All sites, (lattice coordinates):
Atom a1 a2 a3
Al 0.0000000 0.0000000 0.3521600
Al 0.6666667 0.3333333 0.4811733
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
O 0.6394333 0.6666667 0.9166667
O 0.0272333 0.6666667 0.4166667

Unit cell volume : 255.0577470 A^3
Unit cell density : 2.3984921 u/A^3 = 3.9827893 g/cm^3

SUPERCELL INFORMATION
Bravais lattice vectors :
1.7320508 -1.0000000 0.0000000
0.0000000 2.0000000 0.0000000
0.0000000 0.0000000 5.4591552
All sites, (lattice coordinates):
Atom a1 a2 a3
Al 0.0000000 0.0000000 0.1760800
Al 0.3333333 0.1666667 0.2405867
~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
O 0.5136167 0.3333333 0.7083333
O 0.0136167 0.8333333 0.2083333


  終わりの方に、基本セル内の原子位置情報

の更に、

  終わりの方に、拡大セル内の原子位置情報があった。


これは、拡大セルでない場合でも、同じ形式で、存在している。
つまり、
どちらの場合でも、2つ目のものを抜き出せばよい。


と云うことで、
拡大セルを指定した場合でも使えるPerlスクリプトを
前回のものの僅かな修正で作れた。



本日はここまで。


見ていただいた序でとは厚かましい限りですが、
お帰りに投票して頂けるとなお嬉しいです。 ⇒

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