PyMOL って、どうかな ?

2009-08-01 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。  昨日までの状況は右下の「アクセス状況」にあります。


andLinux」は、OSである。
つまりインフラであって、アプリケーションが無ければ唯の箱。
初期設定し、ディスク容量拡大も行ったので、
何か使い道がないかと思案投げ首(?)であった。

andLinux:Mozilla が使える!」で参考としたサイト
andLinuxをインストールしてみた」の下の方に、
「とりあえず勢いでPymolのコンパイルしてみた」という記述があった。

調べてみたところ、本家「PyMOL」では、
  PyMOL runs on: Linux & Unix and Windows
とありますね。

Wikipedia「PyMOL」では、
  PyMOLはオープンソースの分子グラフィックスツールである。
  ウォーレン・デラノにより開発され、個人経営のソフトフェア会社である
  デラノ・サイエンティフィック (DeLano Scientific LLC) によって営利化された。
  小さな分子に加えてタンパク質など生体高分子の3Dイメージを作成できる。
  構造生物学の分野ではオープンソースで利用できる
  数少ないソフトフェアのうちの1つである。
とあります。

また、「04年08月01日 更新」と古いけど、「PyMOLの使い方」というサイトもありました。
  PyMOLはタンパク質をWindows上でも表示できるソフトである。
  特徴として (1)RasMol等と比較して非常に美しいグラフィック表示。
  (2)Raster3D形式のファイルを読み込むことができる。
  (3)電子密度図(ccp4形式)を表示することができる。
  (4)振動や、回転などの表示が可能。 といった点が挙げられる。
とあります。

「RasMol」より美しいグラフィック表示???
RasTop」と比較するとどうかな?

と云うことで、「PyMOL」をダウンロードしてインストールしました。

フリーで使えるのは、旧版ですね。
Windows で動く実行形式ファイル(pymol-0_99rc6-bin-win32.zip)をダウンロードし、
解凍して出てくる“SETUP.EXE”でインストール。

FAQには、Windwos XP SP2 では動かない(?)ような注意事項・解決策が
ありましたが、特に問題は出ませんでした。

動きましたが、・・・・・<紙>にとっては“ショボイ”ものです!

「RasMol」より美しいグラフィック表示・・・・・とはとても思えない???

RasTop」と比較するレベルではない(?)と思いますが・・・・・

表示形式では、<紙>が何時も選ぶ、「Ball and Stick」が無い!

ひとつ、(例によって、酢酸) CH3COOH を表示してみました。(「Stick」形式)
(読み込めるのは、ほぼ PDB 形式だけ?ですね。)





こんなものです。・・・・・ 要らないナ。
RasTop」の方が良い。

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。  



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Holy night さんへ

お久しぶりですね。

このソフトもプロ向けなのでしょうか?
表示形式には他に、lines があります。
さらには、ribbon なんかもあります。
<紙>には良く解らないものです。

lines は、これまでのソフトにもありますが・・・・・使いません。

今後とも、宜しくお願い致します。

分子式

お久しぶりです。
分子式で一番重要なのは、その分子の立体的な安定と、不安定部位とおもいます。
そういった観点からみても・・・・
そのソフトは・・・
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