3DMET の元 COMPOUND DB

2009-10-17 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。


3DMET」を良く良く調べてみると、
  All structures of this version of database (release 2.0) is based on
  the COMPOUND database, a part of the LIGAND database in GenomeNet,
  including 2D structure files written by MDL mol (SD) format.
すなわち、
  このバージョンのデータベース(リリース2.0)のすべての構造は、
  「GenomeNet」の「LIGAND database」の一部である「COMPOUND database」に
  基づいていて、MDL mol(SD)形式で書かれた2次元構造を含んでいます。
とありました。


それで「KEGG LIGAND Database」とは?

5つのデータベースから成っていて、
その1番目が「COMPOUND database」ですね。




そして、「COMPOUND database」は、
Kyoto University Bioinformatics Center の検索サイトですね。




これで、「ginkgolide」を検索してみました。
すると、3DMETより1つ多い、5件見つかりました。




そこで、「Ginkgolide B」の「Jmol」をクリックすると構造が、
Jmol で表示されるが、平面的(2D)ですね。





「3DMET」では、これを3D化して格納しているとのことでした。
だから、数が少ないのカナ?

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。     



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