2D表記を3D構造化

2009-10-18 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。


3DMET の元 COMPOUND DB」に続き、「3DMET」からです。

3DMET」では、
  Two dimensional mol files of the COMPOUND database were
  transformed to three- dimensional structures
  (SYBYL mol2 format) by CONCORD standalone.
すなわち
  「COMPOUND database」の2次元「mol files」を、スタンドアロンの
  「CONCORD」で、3次元構造(SYBYL MOL2形式)に変換している。
とありました。

でも、「CONCORD」は有償ソフトですね。(30日間体験版がありますが)
これは、「SYBYL」の一部なのかナ?


さらに、「3DMET」には、
  CORINA is also used to convert 2D structures to 3D structures.
すなわち、
  2D構造を3D構造化する為に、「CORINA」も使っている。
とありました。

「CORINA」も基本的には有償ソフトですが、
Molecular networks/inspiring Chemical Discovery」の
ホームページには「demos」タブがある。

この「demos」タブをクリックすると、
「Online Demonstrations and Services」が現れる。
この中の、
「Software」の1番目
 ・ CORINA: 3D structure generation
でオンラインだと「CORINA」が使える。

2Dで表現した分子構造から3D構造を作り出してくれる。
スバラシイ!




「CORINA」リンクをクリックすると、
「Online Demo - CORINA」ページになり、
“SMILES”表記文字列を入力し、「Submit」ボタンを押すと、
3D構造が「Jmol」で表示される。



Symyx Draw と Winmostar」で知った「SMILES 表記」は、
正に2D構造の表記ですね。
それを、「CORINA」は3D化してくれる。

結果の構造は、Jmolで表示できる。
そして、PDB形式ファイルでのダウンロードもできる。


(これは、Demo 例:L-alanine です。)


残念ながら、「InChI 表記」には対応していないようですが。
「SMILES 表記」も捨てたものでない(?)ですね。

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。     



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