JMEエディタ?

2009-10-21 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。


2D表記を3D構造化」に続き、またまた「3DMET」からです。


3DMET」のドキュメントの最後にある「Acknowledgement」=謝辞 に、
  JME editor, using to exchange from drawing picture to SMILES string
  in this page, was kindly provided by Peter Ertl, Novartis AG.
すなわち
  画像からSMILES文字列への変換に用いたJMEエディタは、
  ノバルティスAGのピーターエルトル氏から提供を受けた。
(でイイのかな。)
とあります。


JMEエディタ って?
JME Molecular Editor」これ、ですか?
  JME Molecular Editor is a Java applet which allows to draw / edit
  molecules and reactions (including generation of substructure queries)
  and to depict molecules directly within an HTML page.
  Editor can generate Dayligh SMILES or MDL mol file of created structures.
つまり
  JME 分子エディタは、分子と反応(クエリの生成を含む)の描画/編集が出来る
  Javaアプレットであり、HTMLページ内で直接行える。
  さらに、出来た構造に対するSMILES文字列またはMDL molファイルを生成する。
と云うことのようです。

Symyx Draw」とはまた違った構造図作成ツールですネ。

そして、
  非営利目的に限り無償で入手できる。
  作者の Peter Ertl さんに要求すると、アプレットがメールで送られてくる。
とのことです。

でも、オンライン状態で、試用できますね。

Molinspiration WebME Editor」で、
「Try the WebME Molecular Editor」をクリックすると、使える!


但し、
  This is a Molinspiration server side molecule editor based on Ajax technology.
  We would highly appreciate your feedback, error reports and suggestions.
  Mail please to info[at]molinspiration.com or use the feedback form under the WebME.
つまり、
  これは、Ajax技術に基づいて、Molinspiration サーバで動くエディタです。
  皆様のフィードバック、エラー報告、ご提案を、切に希望します。
  電子メール又は、WebMEの下にあるフィードバックフォームを使って下さい。
とのことです。


キャンバス(?)で“お絵かき”し、(これは、例によって「酢酸」です。)


「Submit」ボタンをクリックすると、
「SMILES文字列」が生成され、その他情報が表示されます。


さらに、BETA版のようですが、「Get 3D geometry」リンクもあります。
クリックすると、「Jmol」様の画面で、3D構造が見られます。



そして、「Molfile」ボタンで3D座標データがダウンロード出来る!

この「WebME Molecular Editor」は、「Clear」ボタンを押さない限り、
過去に描いた構造を記憶しています!(上の構造図がそうです。)

と云うことで、今日の 部活動 は終了です。     



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