物質構造表示ツール一覧改

2009-12-24 :  理科部 部活
ご訪問ありがとうございます。


物質構造表示ツール一覧」を若干加筆しました。

当該ツールの入力ファイル形式は何か? に対して、
物質DBサイト一覧改」から得られる形式を中心にして、情報を追記しました。

ツール名(とそのサイト)に、ほんの「一言」を加え、
それについて書いた記事もリンクしておきます。
                                         <順不同>
************************************
ツール名 : 一言
      ・・・・・・・・・・ 記載した記事
------------------------------------

Zeobuilder : 英語。ビューア
     XYZ、PDB、zml(固有)
      ・・・・・・・・・・ 「Zeobuilder 導入:再挑戦」

Pc3D : 英語。ビューア
     XYZ、pc3d(固有)
      ・・・・・・・・・・ 「PubChem PC3D ビューア」

PyMOL : 英語。ビューア
     PDB
      ・・・・・・・・・・ 「PyMOL って、どうかな ?」

RasTop : 英語。ビューア
     PDB、CIF(基本構造のみ)
      ・・・・・・・・・・ 「Rasmol なら RasTop かナ?」

RasMol : 英語。ビューア
     mol、PDB、CIF(基本構造のみ)、MOPAC形式
      ・・・・・・・・・・ 「Chime、Rasmol は老舗?」

Chime : 英語。ビューア
     mol、PDB
      ・・・・・・・・・・ 「Chime、Rasmol は老舗?」

PCW : 英語。結晶構造ビューア
     cell(固有)、txt(ICSD)
      ・・・・・・・・・・ 「PCW って、なに?」

POVRAY : 英語。描画ツール
     --- 画像
      ・・・・・・・・・・ 「POV-Ray って、なに?」

ICSD_Jmol : 英語。ICSDが使っているビューア
     mol、CIF(完全)
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」

Molekel : 英語。ビューア
     mol、XYZ、PDB、car、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」

Diamond : 英語。結晶構造ビューア 有償:機能制限体験
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールどれそれ」

Mercury : 英語。ビューア 有償:機能制限体験
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

VESTA : 結晶構造ビューア
     mol、XYZ、PDB、CIF(基本構造のみ)、多数
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

Jmol : 英語。ビューア
     mol、PDB、CIF(基本構造のみ)
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

Ascalaph Quantum : 英語。構造作成・最適化(スイート)
     mol、XYZ、PDB、hin
      ・・・・・・・・・・ 「Ascalaph Quantum」

Oscail : 英語。構造作成・最適化(スイート)
     構造作成。MOPAC包含。
      ・・・・・・・・・・ 「Oscail、Moilin って?」

SCIGRESS MO Compact : 構造作成・最適化(スイート) WinMOPAC から改名
     PDB、car、mop(固有:MOPAC相当包含)
      ・・・・・・・・・・ 「SCIGRESS MO Compact」

Facio : 構造作成・最適化(スイート)
     mol、XYZ、PDB、CIF(限定)、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

Winmostar : 構造作成・最適化(スイート)
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(限定)、多数、MOPAC入出力、GAMESS入出力。
      ・・・・・・・・・・ 「Winmostar これ1本!」

Materials Studio : 英語。構造作成・ビューア+α 有償:期間限定体験
     mol、MDL、XYZ、PDB、CIF(完全)、多数。
      ・・・・・・・・・・ 「ツールあれこれ」

MOPAC 2009 : 構造最適化計算ツール(半経験的MO)
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「MOPAC 2009 導入」

PC GAMESS/Firefly : 構造最適化計算ツール(非経験的MO)
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「PC GAMESS を導入しました。」

CP2K : 構造最適化計算ツール(非経験的MD)
     固有入出力形式。
      ・・・・・・・・・・ 「“とある”ソフト:CP2K」

JME Molecular Editor : 英語。2D構造エディタ
     エディット。出力として、SMILES、mol
      ・・・・・・・・・・ 「JMEエディタ?」

Symyx Draw : 英語。2D構造エディタ(Isis Draw の後継)
     mol、SMILES、skc(固有)
      ・・・・・・・・・・ 「Symyx Draw 導入」

CORINA : 2D構造3D化
     SMILES
      ・・・・・・・・・・ 「2D表記を3D構造化」

PerlMol : 計算化学用 Perl モジュール
     各種:形式変換。
      ・・・・・・・・・・ 「PerlMol」

Open Babel : 構造データ形式変換ツール
     各種:形式変換。
      ・・・・・・・・・・ 「OpenBabel for Win GUI」

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何かの参考になるようでしたら、嬉しいです。       



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竹田 奈津子 さんへ

いらっしゃいませ。

こんな、自己満足なブログですが、
ご贔屓に願えれば嬉しいです。

今後とも、宜しくお願い致します。

すず(Mayou) さんへ

いらっしゃいませ。

こちらこそ、
いつも見ていただき、有り難うございます。

今後とも、宜しくお願い致します。

Unknown

あし@を辿ってお邪魔しました。

素敵なブログですね。

山本ヨガ研究所と言うヨガ道場の生徒数人でブログを始めました。

ヨガに関係ない内容が多くなりそうな気もしますが、楽しくできれば良いかな。

そう思っています。

よろしければ遊びに来て下さい。

http://blog.livedoor.jp/enjoy_blog_55/" target=_blank>http://blog.livedoor.jp/enjoy_blog_55/

Unknown

いつも足跡を残して下さって
ありがとうございます。

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